As the crew congratulate Shinn on his job well done, Kira takes the Freedom out into battle once more to take out the assassins that are after Lacus.
Grâce aux prouesses de Shinn, le Minerva est parvenu de justesse à échapper aux forces terriennes. Outrée du comportement de Yuna, Cagalli le confronte ouvertement, mais elle est vite mise face à ses responsabilités. Pendant ce temps, un commando de coordinateurs attaque l'orphelinat du révérend Marchio...
Mentre l'equipaggio si congratula con Shinn per il suo lavoro ben fatto, Kira porta la Freedom in battaglia ancora una volta per eliminare gli assassini che stanno dietro a Lacus.
シンの活躍によってミネルバは絶体絶命の危機を脱し、カーペンタリアへ進路を取った。
一方、物思いに沈むカガリの前に現れたユウナは、彼女へ結婚を迫っていた。この不安定な情勢下であればこそ、二人の結婚は国を結集するのに役立つだろうし、コーディネイターであるアスランやキラは、今や国の母となる彼女とは住む世界が違うのだ……。ユウナの言葉に、カガリは思い悩む。
その頃、キラたちも決断のときを迎えようとしていた。オーブと大西洋連邦との同盟が締結されれば、コーディネイターであるキラたちはオーブに留まれなくなるのだ。
その夜キラの家を、コーディネイターの特殊部隊が強襲した。彼らの目的は、ラクスを暗殺すること――キラらは地下のシェルターへと避難するが、特殊戦使用ＭＳアッシュの火力が、ついにシェルターの外壁を破壊する。
なだれ込む、アッシュの部隊……そのとき、突如現れた白い機体が、アッシュの部隊を瞬く間に一掃した――。
ようやく昇り始めた日の光を浴びながら、封印から解き放たれたフリーダムガンダムが姿を現す。搭乗するキラの瞳には、強い決意の光が宿っていた。
在损失了包括2艘航空母舰在内的6艘战舰之后，地球联合军舰队的残余部队被迫撤退，密涅瓦号成功突围。 归舰的真因其不可思议的战绩而得到了威诺等人的欢呼，而同为MS机师的雷也对真的出色表现加以肯定；塔丽亚和阿瑟也逐渐明白了杜朗达尔议长将脉动高达交由真驾驶的用意。 另一方面，尤拉加紧了对卡嘉莉的控制。他表示将在与大西洋联邦签署协议的同时举办婚礼；卡嘉莉虽然并不甘心，但在尤拉以方方面面的“大义”劝说之下，并无他法可想。 由于政局的变动，寄居在玛尔基奥导师家里的安迪和玛琉敏锐地感觉到暴风雨即将到来，奥布不再是个能够容身的地方。 果然，就在一天夜里，一支神秘的队伍突袭了玛尔基奥导师的家。由于哈罗的预警，基拉等人得以事先察觉，逃到了避难所里。在双方的交火中，安迪和玛琉发现这支神秘的队伍竟然是ZAFT的部队，而他们的目标则是拉克丝。 看到普通武器无法对避难所造成威胁之后，神秘部队的指挥官下令使用MS对避难所进行攻击。面对千钧一发的危急状况，吉良驾驶自由高达出击，并发动了种能力轻易破坏了敌方所有MS的战斗力；神秘部队的指挥官只能选择自爆来销毁自军的痕迹。
