「モンスター甲子園」で優勝したゲンキは、「モンスターファーム200X」のCD-ROMを入手。ゲンキが早速試すと「モンスターファーム」の世界に召喚されてしまい、この世界が悪の権化・ムーに脅かされていることを知る。
ゲンキたちはある町に着くが、ムーを恐れる人々に冷たくされて宿にも泊まれない。しかし、親切な老夫婦が家に招いてくれた。ゲンキはこの先の危険を案じて、モッチーを老夫婦に引き取ってもらおうとするが...。
森の不気味な城までたどり着いたゲンキたち。恐る恐る中に入ると、そこには巨大な岩のモンスター、ゴーレムの姿があった。彼は、LOST=死亡したモンスターたちの墓を守る心優しいモンスターだった。
ワルモン・ジャアクソウとの攻防の末に1人を倒し、新しい円盤石を手に入れたゲンキたち。だがそこに謎の少年・アランが現れ、円盤石を奪い去った。ゲンキとモッチーが追うも、アランの操るワームに邪魔をされる。
旅の途中のゲンキたちは、野良のモンスターの盗賊「疾風のライガー」に遭遇し、ガイア石を奪われてしまった。疾風のライガーたちがアジトに帰ると、ワルモン軍団が襲来し、ライガーの弟がムーにさらわれてしまう。
お金がなくなったゲンキたち。ライガーがモンスターバトルに出場して賞金を稼ぐことになるが、決勝戦でハムの「おなら攻撃」に倒されてしまう。その帰り道、ハムがゲンキたちにディナーをごちそうすると言う。
ゲンキたちはきれいな水田の村に到着。そこにワルモン四天王の1人、ピクシーが差し向けたダークハムが出現。池の堰を破壊し、ゲンキたちを村ごと流してしまおうとする。一同は何とかダークハムを撃退するが...。
元の世界に戻っていたゲンキ。モッチーもホリィもスエゾーたちもそこにはいない。しかし、それは夢だった。みんなに夢のことを語るゲンキだったが、話をしているうちに、次第にホリィの過去が気になりだす。
旅を続けていたゲンキたちの前に、巨大な谷・ヘブンズキャニオンが出現。そのあまりの深さに一同はぼう然とする。そこにボロ飛行機が現れる。乗っていたのはヘブンズキャニオンの向こうから来た男・エディだった。
飛行機が壊れ、ゲンキたちがたどり着いたのは、ワルモン四天王・ピクシーの支配エリア。岩山の麓でワルモン・マグマグミが人間たちを使い、遺跡の発掘を進めていた。一同は、人間たちへのひどい仕打ちに憤る。
何とか無事に崖からはい上がってきたゲンキとモッチーは、ノースタウンへ向かう。発掘場で働かされている人間たちを洞窟の牢屋から解放するが、そこに再びピクシーとブルーマウンテンが立ちはだかる。
久々に円盤石を見つけ出したゲンキたち。神殿のモンスターゲートにそれをセットすると、石柱のモンスター、モノリスが誕生し、古代モンスターファームの歴史を語り始めた。ゲンキたちはその壮絶な歴史を知る。
浮遊城が現れ、ムーが行く手を阻む。ゲンキたちの攻撃にもムーは動じない。そして、ホリィを浮遊城へと連れ去ってしまう。ゲンキたちはライガーの仲間のハヤブサに協力を仰ぎ、ホリィを救うため浮遊城に向かう。
ホリィ救出のため浮遊城へ向かったゲンキたち。その頃、ムーと対峙するホリィは、自分の父親がムーであることを知らされる。否定するホリィだったが、ムーに父の思い出である短剣を投げ渡され、戦いを強いられる。
浮遊城からの脱出を果たしたゲンキたち。ガイア石の指し示す方向を見ると、海の向こうだった。一同は小さな港を見つけ、船を探し始めるが、ワルモン・ロードランナー軍に囲まれて窮地に立たされる。
ゲンキたちが乗ったツノマルの海賊船を、ワルモン・グジラが襲撃。海賊船の砲撃で一度は撤退させたが、さらに巨大なグジコーンが襲いかかってきた。グジコーンはホリィを捕まえ、握り潰そうとするが...。
新大陸に来たゲンキたちは、崖に覆われた入り江に到着。洞窟を発見し、一同は崖を越えるため中に入る。ところがライガーとハムが口論し、ハムがどこかへ行ってしまったなか、そこに魔人ジョーカーが現れた。
ジャングルを歩いていたゲンキたちは、ヘンガーの腕を発見。「もしかしたら全身のパーツを見つけられるかもしれない」と意気込み、一同は進んでいく。やがて目の前に、未来都市のような街が現れる。
ハムやライガーに「戦闘能力が低い」とばかにされたスエゾーは、ゲンキやモッチーと共に新必殺技の練習を開始。ところが失敗ばかりで、スエゾーはますます落ち込む。そこへ、ワルモン・ドクドク軍団が襲来する。
ジャングル地帯を歩いていたゲンキたちを、ワルモン・ウロコゲル軍団が襲撃する。ピンチに立たされたゲンキたちは、ピクシーとブルーマウンテンの協力により難を逃れたが、崖下へ突き落とされてしまう。
砂漠に囲まれたシルクシティにやってきたゲンキたちは竜巻に吹き上げられ、ある古城にたどり着いた。そこにワルモン四天王の1人であるガリが現れ、あるたくらみからゲンキたちを食事に招くのだが...。
ゲンキたちはライガーの弟・ギンギライガーがワルモン四天王の1人になっていることを知る。そんな時、戦いでホリーが毒に犯される。ゲンキとライガーは薬草を採りに急ぐが、ワルモンの刺客がしつこく彼らを襲う。
ワルモン・モックンの軍団に捕まってしまったゲンキたちを救うため、モッチーが地下に住んでいる野良モンのダックンに協力を請う。しかし臆病なダックンは困惑。このままではゲンキたちがやられてしまう。
ゴーレムが湖で出会った美しい妖精・ウンディーネ。孤独な彼女はゴーレムに「友達になって」と願い、ゴーレムは承諾するが、これはウンディーネの策略だった。ワルモン・ウンディーネの水攻撃がゲンキたちを見舞う。
ワルモン・サラマンドラに追われるゲンキたちがある廃墟に逃げ込むと、何者かが現れ、間一髪でワルモンを撤退させる。その正体はケンタウロス、シリウス、サバットの3人のワルモン戦士たちだった。
雷雨に遭うゲンキたちは古代の兵器工場に入った。するとそこにワルモン・ジャガーノートが現れ、一同に襲いかかる。しかし一体のロボット・メルカーバが、瞬く間にジャガーノートたちを全滅させるのだった。
ゲンキたちの前にギンギライガーの手下・ケルベロスが現れ、ライガーに伝言を伝えた。「兄弟2人だけで決着をつけたい」と望むギンギライガー。怪しむ一同は一緒に行くと言うが、ライガーは断って山頂へと向かう。
森を行くゲンキたちを次々とトラップが襲う。ゲンキとハムがその仕掛け人を追い詰めると、正体はワルモンではなく、なんとコロペンドラだった。お互いに拍子抜けしたその時、本物のワルモン・ジハードが現れる。
イエローリバーに着いたゲンキたちが川岸のレストランに入ると、そこにジムとミミニャーがいた。川を渡るため、ジムにお金を払って船に乗る一同。ゲンキは船を操るジムの男らしさに父性を感じ、彼に魅かれていく。
ジャングルを行くゲンキたちは、象形文字の書かれた謎の石版を発見。叩いてみると、なんと地下神殿が現れ、赤い色をしたたくさんの円盤石があった。「今度こそ火の鳥かもしれない」と、早速再生してみるが...。
廃墟の遊園地にやってきたゲンキたちはたくさんの乗り物を見て、遊びに夢中になってしまう。ところがそこにワルモン・クロロマンが現れ、モッチーをさらってしまった。ゲンキたちはモッチー救出へと動く。
ゲンキたちの前に謎の商売人・ナイトンが現れた。ホリィの短剣に目をつけたナイトンは、「火の鳥の円盤石」と交換してくれると言う。ホリィは悩んだ末に交換し、その円盤石を神殿へ持っていく。
四天王のナーガの指令で、ゲンキたちの前にクーロン兄弟が出現。その特殊な攻撃にひるむゲンキたちは、二手に分かれて逃げるが、ゲンキとモッチーが谷底に落とされてしまう。ゲンキたちは意識を取り戻すのだが...。
四天王のナーガの指令で現れたランプの巨人のようなモンスター、バジャールが、モッチーとホリィ以外のみんなを壺の中に吸い込んでしまった。モッチーとホリィは、巨大な一枚岩の麓にあるゴーストタウンに逃げ込む。
ついにゲンキたちが最後の四天王・ナーガの城に向かう。ナーガは、ホリィとスエゾーにとって故郷のみんなを殺した敵だ。城に潜り込んだゲンキたちはナーガのいる最上階へ行き、ナーガとの必死の攻防を始める。
とうとうムーが本体を手に入れ、ゲンキたちを探して飛び立つ。一方、ゲンキたちは雪に覆われた小さな村に到着。村には「鬼の日」という伝説があり、毎年昼が最も短い日に鬼が現れ、子供たちをさらっていくという。
ムーが本体を手に入れたことを知り、浮かない顔のホリィ。それを見たスエゾーがあることを思い出す。今日はホリィの誕生日なのだった。ハムはみんなに、ホリィに内緒で誕生日パーティをしようと提案する。
太陽の肌に焼かれて衰弱したムーは、東の大陸を支配していた魔将軍・デュラハンを呼び寄せ、ゲンキたちを倒すよう命令。そしてデュラハンはエンドブリンガーを目覚めさせ、ゲンキたちを倒すよう命じた。
チャリオット率いるカッチュウロード軍団に襲われ、森に逃げ込んだゲンキたち。そこで白い毛むくじゃらのモンスター・バクーと出会う。バクーはなぜかすごく懐いてきて、ゲンキたちについてきてしまう。
古代の遺跡跡に来たゲンキたちの前にコルトという女の子が現れた。古代の研究をしているコルトは、ゲンキたちに古代モンスターファームの歴史を語り、そこでムーの出生の秘密に関わる重要な事実が明らかになる。
食料を探しに森へ入ったゲンキとライガーたちを、ヤクトハウンドが襲撃。しかし、その胸にワルモンの紋章はない。不審に思ったライガーが逃げ去るヤクトハウンド追いかけると、ある事実を掴む。
デュラハンによってアストロ軍団が差し向けられ、ゲンキたちが追い回される。洞窟に飛び込んだゲンキたちは巨大な宇宙船の残骸を発見。その中に逃げ込むが、そこにアストロ軍団の隊長が現れた。
腹を空かせて森の中を歩いていたゲンキたちは、リンゴもどきの木を見つける。木には実がひとつしかなく、みんなが争ううちに偶然、実がモッチーの口の中に落ちてしまった。それを見たゲンキは怒りに震えるが...。
魔獣本体を手に入れたムー。しかし合体はまだ完全ではなく、ガイア石の力が必要だと判明し、刺客のガトリングブローがガイア石を狙ってゲンキを追う。ガトリングブローは、いくら破壊しても何度も復元する強敵だ。
ガイアをデュラハンに奪われたゲンキたちは、エスゾーのテレポートでガイアを取り戻しにいこうとするが、うまくいかない。一方、デュラハンとリリムはガイアを手にムーのもとへ行き、渡そうとするのだが...。
ガイアを奪われたゲンキたちはガイアが示していた北へ向かい、そこで毛むくじゃらのモンスター、ジールと出会う。一方、ガイアを得たムーはガイアの力を吸収し、完全な肉体を手に入れてゲンキたちの前に現れた。
火の鳥の場所を隠しながらムーと戦うゲンキたちだったが、ゲンキがムーに捕まり、絶体絶命の危機に瀕する。そこに、ピクシーやドラゴンたちが現れてムーに攻撃するも、ピクシーがムーに捕まって瀕死の重傷を負う。
ムーが暴れ狂う一方で、ハヤブサがモノリスを見つけ出し、ゲンキたちのもとへ連れてきた。ムーの暴走は止まらず、モノリスがゲンキたちに火の鳥を目覚めさせる方法を教えるが、それはあまりにも残酷なものだった。
雨降る森でムーの石版を発見したホリィとモッチーだったが、ワルモン・ゲルたちに石版を奪われてしまう。邪悪な魂の復活を試みるゲルたち。この危機を受け、ゲンキは再びモンスターファームの世界へ向かう。
トーブルの町にやってきたゲンキたち。この町では今、モンスターバトルの最高峰であるレジェンド杯が行われていた。その優勝賞品を知ったことで、ゲンキたちはホリィの父を蘇らせるヒントを得る。
ゲンキたちは、ルーキー杯の行われるホラートの町にやってきた。順調に大会を勝ち進み、ついにライガーの封じられた円盤石を懸けた決勝戦に進出。しかし一同の前に、あるモンスターが立ちはだかる。
タマの果樹園でゲンキたちはハムと再会。だがハムはゲンキたちに同行せず、果樹園に残る道を選んだ。ハムはゲンキたちの旅立ちを見送ったが、ゲンキたちに迫るワルモンの姿を見て、思わず後を追う。
マンディー杯が開催されるマンディーの町へ向かう途中、ゲンキたちはカラコルム兄弟に遭遇。ゲンキたちがマンディー杯のライバルと知ったカラコルム兄は、ゲンキたちを足止めするべくムーの円盤石を隠してしまう。
マンディー杯に参加するゲンキたち。順調に勝ち進んでいく一方で、プライドの高いライガーはゲンキの作戦を聞こうとしない。だが、決勝で大苦戦を強いられたライガーは、ついにある行動を起こす。
ハムが再会したかつての盗賊仲間、ヴァージニアハピは孤児院を営んでいた。さらに、もう1人の仲間だったトルクレンチとも出会う。そこでハムたちは、孤児たちのためにワルモンの倉庫から食料を奪おうとするが...。
ゲンキたちはワルモンに襲われ、黒い円盤石を海に落としてしまう。潮の流れが激しい海底は生身では潜れない。取り戻すためには、財宝発掘に熱中するゴーディッシュ博士の潜水艇に乗せてもらう必要があった。
いじめられっ子のガンバを助けたスエゾー。「痛いし負けると格好悪いから戦いは嫌い」と言うガンバに、スエゾーは過去を思い出す。喧嘩で負傷したスエゾーだが、仲間たちのために無理をして試合に出場したのだ。
広大な沼を越えるため、サンドラのホバータクシーに乗ったゲンキたち。サンドラは途中で料金をつり上げる悪質な運転手だったが、「父を救うために旅をしている」と話すホリィの言葉がサンドラの心を動かした。
ゲンキは、「今以上に勝利を重ねるには、どんな指示であろうと自分の言うとおり戦うように」と主張し、身勝手な作戦を考え始める。だが、かつて一緒に戦ったアランとのバトルで惨敗してしまう。
好意を寄せる少女・ミッシェルの病気が手術をすれば治ると知ったゴーレムは、その費用を得るため、ウィナーズ杯での優勝を誓う。順調に勝ち進むゴーレムだが、苦手なゲル族のモンスター相手に決勝戦で苦戦する。
ワルモンの仕事を続けていくことに自信をなくしたピンクジャムは、悪事をやめようと決意したが、堅気の仕事はうまくいかない。そんななか、ピンクジャムはワルモンに襲われているゲンキたちに遭遇するが...。
ゲンキたちが次の試合会場に行くには、海を越えなければならない。一行はある寂れた港に到着し、偶然再会した海賊のツノマルの船に乗せてもらおうとするが、船は何者かに奪われてしまったと言うのだ。
ワールドモンスターズ杯に出場するゲンキたちは登録をしようとするが、規定のモンスターがモッチー以外いないことが判明。そんななか、ゲンキは町で偶然、あのワルモン四天王のナーガと再会する。
いよいよレジェンド杯に挑むことになったゲンキたち。これに優勝すれば、ホリィの父が封じ込められている魔法石「ガイア」を手に入れることができるのだ。しかし、試合の相手は強敵ばかりだった。
ママニャーが間違って目覚めさせてしまった最強の戦士・ショーグンには、若い女が大好きという弱点があった。ゲンキたちとの戦いに向かう途中、ショーグンは偶然ゲンキたち一行と出会い、ホリィに一目惚れする。
グレイテスト4杯に出場するため、トーブルにやってきたゲンキたちは、あのライガーの弟・ギンギライガーと遭遇。円盤石になっていたギンギライガーは少女・ニナに拾われ、今は人間と共に暮らしているのだった。
デュラハンが送り出した刺客・ニャーの奇襲を受けたゲンキたちだが、あっけなく撃退。だが、その最中にゴーレムが放った竜巻アタックで、通りかかった老婆・ロゼッタをぎっくり腰にしてしまい、家まで送り届ける。
旅をしていたゲンキたちはあのビーナスと再会。一同は喜び、一緒に夜を過ごす。だがそこに、デュラハンからの最強の刺客・メタルナーが現れ、小さくなってビーナスに取りつき、心を支配してしまった。
デュラハンに手紙を残して出ていったママニャー。度重なる失敗に反省し、自らゲンキたちの持つ黒い円盤石を奪いにいくと手紙にあった。一方、ゲンキたちは最後のモンスターバトルに向け、順調に旅を続けていた。
レジェンド杯に向けて特訓するモッチーの前に、次の対戦相手の1人・ポリトカが現れ、「貴様ごときに私のしっぽアタックは破れない」と言う。ゲンキたちは悔しがり、腹を立てたスエゾーがポリトカの屋敷に忍び込む。
レジェンド杯の第2試合はモッチーとモストの戦いだ。試合に向けてトレーニングを重ねるモッチー。そして試合当日、控え室にいるモッチーたちの前に対戦相手のモストが現れ、「試合を棄権しないか」と持ちかける。
モストとの戦いに敗れたモッチーは気を取り直し、次のレジェンド杯に挑戦することを決意。一方、ママニャーとゴビはデュラハンの指示で、モストの滞在するアイアンバードに忍び込み、ガイアを盗み出そうとする。
蘇ったホリィの父は記憶を失っていた。黒い円盤石の中にはまだ邪悪な魂が残っており、ゲンキたちはこれをどうするか迷う。そこに、デュラハンたちが現れて円盤石とガイアを奪い去り、ゲンキたちが追いかける。
