患有「人格解離」的葉勁峰是貪財好色的臥底，他拖延上司江政勳收網，同時阻止社團老大尹彪犯案，想舔盡兩邊好處。副人格朱璣善良體弱，是一名筆跡專家，他以「榨菜詐彈」阻止尹彪犯案，引來拆彈專家游雁星調查，對她一見傾心……楊碧芯離家多年，因思念女兒葉朗晴偷偷回港，竟發現兒子勁峰替她立了龕位。雁星拆解汽車炸彈，救出正在幽會的勁峰和社團大嫂莫希欣。勁峰收到朗晴被血字殺手襲擊受創的消息，此時第二個炸彈爆炸……
朱璣被雁星誤當「雙重炸彈案」主謀，又發現政勳與希欣關係曖昧，遂向精神科醫生韋睿傑求助。睿傑獲邀到醫院助朗晴錄口供，他診斷朗晴患上「餘光恐懼症」。睿傑推斷勁峰因內疚才躲起來，朱璣唯有裝成勁峰，去說服雁星，並指政勳才是炸彈案疑兇。政勳抓捕朱璣，勁峰及時出現，但為救雁星受傷昏迷。碧芯為照顧朗晴，到精神病院工作，惜女兒認不出她。碧芯見院友馬詠騷擾朗晴，便警告她遠離朗晴。朱璣探望朗晴，遇到碧芯……
朱璣知道勁峰和碧芯的心結難解，唯有誘導朗晴回想「血字案」細節，查到兇手左眼是綠色。朗晴意外打破單面鏡，始知哥哥對她隱瞞警察暗中窺看，崩潰暈倒。朱璣為追求雁星，以破案利誘政勳，聯同睿傑組成四人專案小組。朗晴回復穩定，但碧芯阻止朱璣見她。朱璣想幫勁峰與母親破冰，怎料主動擁抱碧芯時，勁峰竟重奪身體主導權，母子不歡而散。希欣突然墮樓身亡，屍體更被神秘偷走焚毀。及後，勁峰被雁星突然怒摑……
政勳爭取成立特案組，邀請睿傑等專家調查奇案。勁峰扮作筆跡專家想吸引法醫人類學家方菀芊，差點被雁星識破，幸好朱璣及時出現，準確分析血字。馬詠非禮朗晴，碧芯盛怒下與她爆發衝突……勁峰意外吻上雁星，引出朱璣求雁星接受有限期的愛情，雁星方知朱璣的存在。睿傑建議為朗晴進行家庭治療，碧芯唯有暫時與兒子和解，終令朗晴認出她是母親。菀芊彙報焦屍極似希欣，但仍未能定斷。馬詠陳屍於度假屋附近，似是血字殺手所殺。
碧芯坦承馬詠曾來騷擾朗晴，但不知馬詠被她驅趕離開後慘遭毒手，政勳對此存疑。勁峰與碧芯透過保護朗晴，徹底和解，但朱璣因而灰飛煙滅。勁峰驟失兄弟，痛心錯愕，雁星也感哀傷惘然。貼心的朱璣早已安排勁峰學習字跡分析要點，取信政勳，但政勳查出勁峰與碧芯竟是母子，以包庇為由拘捕勁峰，並將矛頭再次指向碧芯。不過，朗晴的口供，加上雁星的追查所得，以及菀芊的驗屍報告，都似乎對洗脫碧芯的嫌疑有利……
馬詠死後，碧芯開始看見她的幻象。原來碧芯曾患精神分裂，受幻象唆使才想毒殺子女和自己，她多年來都在馬來西亞治病。朗晴康復回家，勁峰邀碧芯回來一家團聚。碧芯發現馬詠的死亡時間有異，開始懷疑睿傑。睿傑以碧芯有被逼害妄想症為由，說服她相信自己……尹彪落網，堅稱沒有放炸彈及謀殺希欣。菀芊經額竇比對，發現焦屍不是希欣。勁峰認為政勳最有可疑，請雁星查他的手機，自己則犯險走進內在世界尋找朱璣，怎料卻被困……
雁星發現政勳想入侵菀芊電腦銷毀焦屍的驗屍證據，馬上拘捕他，但政勳堅稱自己無辜。實驗室遭炸彈襲擊，菀芊和勁峰險死還生。勁峰認為這次也是雙重炸彈，警署內還有另一炸彈。勁峰想拯救同僚時，遇到逃犯尹彪，竭力追捕。政勳接報指尹彪逃到槍房，與勁峰一同趕至，卻找到一個不能停下的走珠炸彈。雁星負責拆彈，但飽受創傷後遺症困擾，生死一線間，一個對她最重要的人出現了……炸彈案主謀以炸彈背心脅持拆彈組探員，威脅政勳自殘。
朱璣從筆跡分析出姜耀坤只想揚名，其實怕死，與雁星、政勳成功制伏他。碧芯害怕朗晴愛上睿傑，想帶女兒轉看另一位精神科醫生。碧芯質問睿傑是否綠眼殺手，睿傑否認，反指碧芯歧視瞳孔異色患者。碧芯偷走睿傑的手機調查，在資料被遙控刪除前，僅得到睿傑的結婚照，以及三張風景照。朱璣與睿傑推斷綠眼殺手將再次行兇，曾經暫緩殺人或因得到愛情，睿傑不禁想起亡妻……碧芯憑風景照尋至郊外，特案組也在附近發現四具血字女屍……
碧芯長留幽閉問話室，瀕臨崩潰，睿傑以心理暗示令她精神病發。朱璣分析出綠眼殺手的心理變化，睿傑見朱璣接近真相，更覺刺激。朱璣從朗晴手機殼上的合照，勘破殺手因認識自己而放過她，馬上找睿傑對質。睿傑露出真面目，想扼死朱璣，卻見勁峰沖了出來；睿傑反指朱璣令碧芯患上精神病，更想霸佔勁峰的身體。碧芯再見馬詠幻象，勁峰趕至卻見碧芯正在扼着自己。勁峰隨着閃電不停與朱璣轉換人格，非但不能安撫碧芯，更令她崩潰暈倒。
碧芯醒來，見勁峰累極仍緊握她的手，遂決意治好精神病。勁峰誤信睿傑，把朱璣當成母親的精神病源，竟「趕走」朱璣。政勳以為雁星回心轉意，誰知雁星堅決分手，請他搬離居所。睿傑失去勁敵朱璣後，索然無味，偶遇朗晴，竟覺她有亡妻的影子。特案組從四具女屍的特點，發現綠眼殺手犯案手法不僅不再高調，更像是要隱藏一切，勁峰對血字分析也有突破。勁峰請菀芊回家見碧芯，雁星難抵思念，逼令勁峰讓朱璣出來卻不果，心痛不已……
碧芯突然找雁星自首，坦白殺了馬詠，原來她決心治好精神病，是想令供詞可信……朗晴擔心碧芯精神病發出事，急着找睿傑，誰知睿傑帶她到天臺邊緣，並自揭是綠眼殺手……勁峰與菀芊來到，見精神病人阿超墮樓。勁峰認為睿傑想將所有罪名嫁禍給自己的病人，惟朗晴推翻口供，否認血字兇手有綠眼，阿超居所亦找出罪證。勁峰冒險找睿傑幫忙尋回朱璣，但他再次醒來竟變成饞嘴搗蛋的14歲少年Matt……
碧芯得知兒子患有人格解離，終明白他為何性格反復無常。新人格Matt最愛跟碧芯對着幹，菀芊為免碧芯抓狂，便帶Matt吃東西，誰知二人被希欣擄走，並綁上「鏡子炸彈」。在囚的耀坤承認是炸彈設計者，藉機到現場解釋炸彈結構時逃走，還想槍殺尹彪……雁星成功為勁峰和菀芊拆彈，但另一隱藏炸彈隨即爆炸……「刑偵之父」聶山獲警務處長邀請回港調查跨國「幽靈斷腳案」，想不到某斷腳上的球鞋，竟似是自己失蹤的妻子所有。
兩年前，聶山因公忘私失約於妻子梁日思，日思留下字條出走，不知所蹤。聶山現時擔心「斷腳案」的球鞋屬於日思，勁峰即聯絡菀芊列印腳骨查驗，但二人的越洋戀若即若離。朗晴答應了碧芯和特案組合作，要將睿傑繩之於法……聶山找勁峰分析日思字條上的筆跡，朱璣發現日思看似決絕離開，實則希望丈夫找她，聶山又悔又急。碧芯在醫院遇到聶山，竟裝作扭傷，坐上他的車子，原來想看清楚其手機套上的照片……
《血謎圖》小說上架後，獲得熱烈反應。朗晴回到大學，被同學Jenny私下欺凌。Jenny陳屍校園，死法竟與血謎圖小說一樣。碧芯偷換了聶山車上的充電寶，令他的手機和日思的照片一同焚毀。聶山施計喚出朱璣和Matt的人格，證實勁峰患有人格解離，豈料政勳懷疑Matt是小說殺手，拘捕了他，幸而碧芯喚出朱璣解困。碧芯母子在追查小說殺手時險些喪命，勁峰發現網站編輯海藍中毒昏迷，救她時亦中了毒；睿傑突然現身……
法醫昆蟲學家張曉蔓驗證A17腳骨有新發現，聶山接獲菀芊報訊……聶山鍥而不捨，獲醫生通融檢查舊物，竟找到印有日思照片的刊物，日思身旁赫然是碧芯……碧芯主動找聶山，要他反省自己錯在哪裡。聶山回想昔日因公事忽略了日思，他及後在攀山時跌下山坡，嘗到日思當日的絕望無助。聶山被碧芯救起，哀求能見日思作出補償……政勳認定睿傑是小說殺手，睿傑為證清白，提出用腦區溝通法向昏迷的海藍問話，她竟回應兇手是一男一女……
海藍醒來後卻推翻口供，令「小說殺手案」徒添變數。聶山邀請睿傑做特案組顧問，睿傑卻要求先見朱璣及病人蘇國城。朱璣透過血字，剖繪出睿傑如何走上連環殺手之路。睿傑受刺激下大反擊，揭出勁峰只是人格，又喚出Matt，以漢堡包利誘他助自己逃獄。Matt裝作朱璣成功騙過聶山，國城以手機造成「大塞車」假象逼使囚車改道，又駕車撞停囚車……特案組想以腦區溝通法喚醒雁星，可惜不果……
朗晴向睿傑道歉，表白會等他出獄，睿傑語帶深意說必定與朗晴重聚。馬來西亞沙灘再現新的斷腳，聶山協助當地刑警Parker調查，差點發現碧芯在日思故居清除證據。碧芯為阻止聶山追查下去，便向他道出日思的消息……菀芊追問下，朱璣說出勁峰因不堪自己只是副人格而躲起來。警司陳笑安密謀重返重案組，決以身作餌，要海藍配合他假扮《血謎圖》作者，誘捕小說殺手。雁星聽着朱璣錄播的小說，夢見與他的甜蜜點滴，終於甦醒……
笑安找政勳結盟，欲向聶山奪權；政勳得知雁星醒來即不顧而去，可惜雁星心中只有朱璣。朱璣收到雁星來電，決定馬上回港，但臨行前見菀芊似有異狀。菀芊獨自深潛尋找斷腳案線索卻遇險，幸勁峰及時趕到救援……雁星不見朱璣，不禁失望，政勳乘機勸她放棄朱璣。碧芯為讓聶山放下往事，帶他到日思舊居。Matt裝作朱璣回港，見笑安逼虛弱的雁星為警隊拍宣傳片，想替雁星解圍，怎料反令她暈倒。朱璣內疚，與勁峰和Matt發生內訌……
曉蔓分析斷腳案部份殘肢來自非法人體農場，但日思的斷腳來源仍然未明。海藍到特案組協助調查，聶山和睿傑發現Matt假扮朱璣，且和海藍有聯繫……碧芯認得小說《同行》的插畫是Matt當年所繪，聶山讓她調查Matt以證兒子清白。碧芯拆穿Matt假扮朱璣，並告訴朗晴他患有解離症。母子交心，碧芯答應不再叫朱璣和勁峰出來，但待Matt熟睡後卻喚朱璣出來，讓他找雁星修好。雁星與朱璣相依靜看星辰後，忍痛提出分手。
朱璣看着漫天飄絮，想出辦法，向雁星承諾能解決三人四角戀的困局……碧芯帶Matt到遊戲中心，誘他說出與海藍的秘密。聶山想再見妻子幻象，向睿傑求助卻遭出賣，指他的躁鬱症未癒，令特案組被助理處長程孝輝強行接管。碧芯密晤聶山，對睿傑是否小說殺手持不同意見；又提到當年幻覺下見Matt被撞死，竟會鬆口氣……Matt在暗處偷聽後，欲上天臺自殺，幸被海藍勸阻。Matt煮可樂煲薑給碧芯，碧芯喝後猛然吐出一口鮮血。
碧芯吐血原來只是Matt的想像，他根本不忍心傷害母親。碧芯趁Matt熟睡，又偷偷喚出朱璣。朱璣教雁星與菀芊隨時喚出朱璣和勁峰人格的方法，成功破解三人四角戀的困局。碧芯受聶山所托監視Matt，她反遭當面揭破曾想毒殺子女，碧芯大為震慄，不只被Matt逃去，自己更被幻象纏擾……聶山和菀芊追蹤到Matt，成功喚出勁峰，三人趕往營救失聯的笑安卻不成功。笑安被小說殺手脅持，點名要曾欺凌耀坤的政勳同行赴死……
雁星從小說中猜到殺手會用頸環炸彈行兇，並得知能製造頸環炸彈的人只有耀坤亡父，遂要求獄中的希欣提供線索卻不果。聶山從錄影中放大笑安的瞳孔，發現疑兇的身影。另邊廂，笑安違拗症發作，疑兇向他開槍，生死未卜……孝輝突然拘捕勁峰，並即時接管特案組，聶山頓失查案權力。聶山想找碧芯喚出Matt來查明真相，但見碧芯被幻象困擾，只好另謀他法。碧芯回想當日與好友高敏一同照顧日思，而高敏就是一直纏擾她的貴婦幻象……
孝輝逼勁峰吃漢堡，但無法誘出Matt。碧芯含淚懇求勁峰和朱璣永遠消失，好讓Matt現身，勁峰、朱璣萬般不捨，但終向菀芊和雁星道別，在內在世界靜待灰飛煙滅……Matt終於出現，碧芯訴說當年煮毒湯是被精神分裂的幻象唆使，並為免悲劇發生，忍痛離開香港十七年。Matt原諒了碧芯，即交代笑安被綁架所知的事情，令政勳找到另一個頸環炸彈。聶山循線索救出笑安，但頸環炸彈已開始倒數，雁星拆彈時創傷後遺症發作……
雁星幸得朱璣幻象鼓勵，回復冷靜拆彈。Matt從小說猜出救人方法，不理阻攔戴上另一頸環炸彈，笑安頸上炸彈果然鬆開。Matt怕傷及他人，跑到無人海邊，聶山追上。Matt以視像向警方自首，承擔一切罪責……聶山道出Matt無故昏迷前，曾留言向碧芯道歉，指碧芯最愛全家福中的兒子並不是他。碧芯因錯認兒子令Matt傷心沉睡，痛苦自責，被幻象困擾更甚。菀芊驗出日思墳墓泥土有異，聶山懷疑碧芯隱瞞日思死因……
(大結局)聶山在日思故居找到蛛絲馬跡，曉蔓亦驗出日思骸骨另有異常，應是被謀殺。Parker查出關鍵證據，並發現疑兇牽涉多宗老人院命案，即隨聶山回港追捕。Matt在醫院醒來偷走，行為古怪，睿傑判斷這是新人格Michael。碧芯受刺激病發，上天臺尋死。眾人叫Michael假扮Matt勸止碧芯，危急之際……聶山及後趕至，終於解開日思遇害之謎……