Naruto befindet sich nach wie vor auf dem Berg Myoboku und hat keine Ahnung, was sich in Konoha abspielt. Er fürchtet sich allerdings davor, dass Akatsuki dort eindringen wird, aber Fukasaku beruhigt ihn, indem er ihm erklärt, dass es in Konoha so viele hervorragende Ninjas gibt, dass die Organisation es nicht wagen wird. Wenn er nur wüsste … Pain und seine Gestalten marschieren unaufhaltsam voran und verursachen ein nie dagewesenes Chaos im Dorf. Niemand scheint sie stoppen zu können, denn die Ermittlungen, welche Fähigkeiten Pain eigentlich hat, laufen viel zu langsam voran, als dass sie für die Gegenwehr verwertbar wären.
When Kakashi falls against Pain, the situation only grows worse for Konoha. Shizune and Inoichi are close to unraveling the mystery of Pain, but when the Animal and Human paths of Pain appear before them, can they escape with the truth about Pain?
Inoichi découvre que les avatars de Pain sont des cadavres. Chikushodô détruit le centre de détention et affronte Ibiki tandis que Shizune, Ino et son père partent au centre de décryptage pour connaître le secret de Pain. Pendant ce temps, Fukasaku essaie de fusionner avec Naruto mais Kyûbi l'en empêche.
Konoha sigue siendo atacada, mientras Inoichi busca información en la mente del ninja; en ella se descubre que el le da un cadáver a Konan. Ese cadáver resulta ser el nuevo cuerpo de Pain, que irrumpe en la sala donde se encontra Inoichi y otros ninjas, Inoichi se da cuenta que ese cuerpo lo había visto cuando buscaba en la mente del ninja desconocido.
静音带着佩恩遗体解剖的情报现身，与亥一的情报进行整合，就在接近佩恩之谜的真相时，畜生道与人间道开始对情报部发动攻击。为了揭发佩恩的真面目，亥一与静音急着前往暗号部，而伊比喜所率领的暗部菁英，则自告奋勇地挡在畜生道的面前…
A Vila da Folha continua sob o cruel ataque da Akatsuki. Porém, a despeito do perigo que a vila corre, Danzou começa a agir seguindo seus próprios interesses. Enquanto isso,
Inoichi Yamanaka consegue descobrir preciosas informações sobre os ninjas da Vila Oculta da Chuva.
A Vila da Folha continua sob o cruel ataque da Akatsuki. Porém, a despeito do perigo que a vila corre, Danzou começa a agir seguindo seus próprios interesses. Enquanto isso, Inoichi Yamanaka consegue descobrir preciosas informações sobre os ninjas da Vila Oculta da Chuva.
暁の猛攻にさらされる木ノ葉の里。その地下ではダンゾウが己の野望のため、行動を開始していた。一方、情報部にて雨忍の脳内を探っていた山中いのいちは、重大な情報をつかもうとしていた。
