ハットリくんのもとに、伊賀のお父さんから、春休みにお友だちを連れて里帰りをしなさいという手紙が届いた。ハットリくんは弟のシンゾウ、ケン一、夢子ちゃんたちと伊賀に出発する。その一行を、忍術の力を科学の力に置きかえた科学忍者メカマロの手下が見つめていた。メカマロは科学忍者の強さを証明するためにハットリくんと対決するため、そして伊賀の里を占領するために偽の手紙でハットリくんをおびきだしたのだ。しかし、機械だけを信じ、人間を信じようとしないメカマロは、友情を、人間を信じようとするハットリくんの敵ではなかった。