トラウマから笑えなくなった少年・多仲忍者は、ある日、同じアニメが好きなサラリーマン・輝村極道と出会う。意気投合する二人だが、二人は江戸時代より殺し合う二つの勢力――忍者と極道だった！そうとは知らず、忍者は拉致された知事を救うため、単身、極道のアジトへ乗り込む。「裏社会で悪事かますと忍者が来襲る」決めようか…忍者と極道、何方が生存るか死滅るか!!!
忍者の抹殺を謀る極道の集会――そこへやって来たのは"帝都八忍"が一人・璃刃壊左。その暗刃が極道たちの首を刎ね、料亭は真っ赤に染まっていく！しかし、極道は一切動じない。「待望っていたぞ忍者!! 目視えるぞ忍者!!」目を爛々と輝かせる極道に沸き立つ極道たち。極道と壊左、二人の強者が忍者を思い、殺し合う――!!
歌舞伎町秘密地下倶楽部跡地――通称「カブチカ」。"帝都八忍"が一人・祭下陽日は、カブチカに乗り込み、"破壊の八極道"夢澤恒星と対峙。 勝利に希望が灯るのは、忍者か極道か!?一方、カブチカへ急行する忍者は、極道の見習い小僧・恵介に遭遇。殺人未経験の恵介を見逃すつもりだったが、その本気に覚悟を決める……!!「全身全霊で殺り合おうか……」
カブチカの一件を受け、忍者の心に燃えるは極道への憎悪！だが、それは極道もまた同じだった!!不意に誘われた夜のドライブ。『フラッシュ☆プリンセス！』の話題を通じて、互いの喪失を知り、互いの奮起を誓い合うのだが……。
“黄金時代”を目指す“暴走族神”殺島飛露鬼のひと声で、3万台の極道車集団が帝都高速道路に突入。帝都高が血と炎に染まる――！だが、惨蔵は、忍者は……売られた喧嘩を全て買う!!「忍者“5人”で全殺しよボケがァ!!!」忍者たち“帝都八忍”は帝都高の5ヵ所で“暴走師団 聖華天”を待ち構え、暴走族たちと対峙する！
殺島の"狂弾舞踏会"に翻弄され、頭蓋骨を突かれた忍者。しかし、忍者は間一髪のところで生存ていた!!彼を救ったのは、生か死かの賭け――。「忍者、てめー真実化物だなァァ!!」殺島は忍者の強さに興奮するも、忍者に自身の抱える挫折と逃避を見透かされ、苛立ちを募らせていく！非実在ェ強さに、追い詰められる殺島。その脳裏に浮かぶのは、最愛の娘で……。
亡き仲間を偲ぶ忍者と極道、そして“ママ”に寄り添うガムテ――。それぞれに湧き上がるは、消せぬ怒りと殺意！「オレは必ず…忍者と一緒に極道も殺す。ママを棄てたあのクソ野郎は…必ず殺す！」一方、烏合の巣ではガムテの能力が解析されていた。色が遺してくれた情報に、決意を新たにする忍者たち。そんな中、忍者はプリンセスストアで、素性を隠した総理大臣・愛多間七に遭遇し……!?
内閣総理大臣賞の授賞式に臨む忍者。極道もその栄誉を祝福するのだが……祝祭の場が地獄と化す!!「はい☆ 殺っちゃえ」“割れた子供達”が突如乱入し、ガムテが“死亡遊戯”の開幕を宣言！忍者たちは“割れた子供達”の“狩り”を避けながら、総理官邸に仕掛けられた爆弾を探さなければならない。「この総理官邸にて 第一終幕 を迎えるだろう」忍者と極道の運命の歯車が回り出す――。
助けを求める女性の声を聞き、独断専行で救出に向かう右龍。待ち構えていたのは、天使と毒だった。「じゃー早殺り勝負でっ!!」「了解～～」右龍はなぜか攻撃を読まれ、二人が繰り出す“機関銃”と“酸”の合わせ技に追い詰められてしまう。少女の苦難を理解しながらも、自身が窮地に陥りながらも……なお闘志を燃やす右龍。そこへ現れたのは、左虎だった!!
素性を隠しながらも、互いを信じて黄金球と対峙する忍者と極道。「てめーら…人生終了の時間だぜ！」息を合わせた二人は、極道技巧“蹴球地獄変”を見切り、極道の“偉大ェ”一撃で“鋼鉄球”を破壊！激昂した黄金球を前に、極道は忍者を逃そうとするのだが……。忍者は自ら黄金球に立ち向かっていき、友達の胆力に極道の疑念が膨らんでいく。
絶体絶命の忍者を救おうと、日本刀を構えてガムテに立ち向かう愛多総理。忍者との約束を果たそうと、臓腑を抉られながらも舞踏鳥に挑む極道。「すべては――友達のため!!!」だが、極道は舞踏鳥の極道技巧が“幻”だとわかりながらも、その脅威に翻弄され、再び深い傷を負ってしまう。 乱された思考の中、脳裏によぎるのは夢澤の幻影で――!?「無我になって…前進みましょう！」
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