「その服が着られるぐらいになったら、迎えは来る」という言葉を信じて、たった独りで生きてきた少女・こはる。17歳になった春、その言葉通り、彼女の前に球体の船“ノルン”は現れた。こはるを迎えに来た青年・駆に、船に招き入れられ、特殊な能力を持った１０人の男女に出会う。「この能力を、平和のために活かす。それが『世界』から与えられた私たちの使命」――こうして、11人の新たな旅が始まった。
突如襲撃を受けるノルン。 深琴の張った結界に守られていたはずのノルンだったが、なぜか襲撃犯・夏彦の侵入を許してしまう。 自らの能力に異常がないことを確認した深琴は、襲撃犯と内通する者がいるかもしれないと口にする。 「この中に、あの男とつながっている人物がいるかもしれない」 疑心暗鬼になるメンバーに、駆はある提案を出す。
襲撃から一夜、ノルンに現れた少年・空汰は、自分は未来から来たという。 突然の訪問者にも、襲撃への対処を優先することにしたメンバーたちは船の修理を続けていた。 そんななか、駆は耳飾りに触れたこはるの手を振り払ってしまう。 "いつも"の笑顔でごまかした駆だったが、初めて見た駆の表情にこはるは言葉を詰まらせる。
屋上から落ちそうになっていた七海と暁人。 何があったのかと問う駆をよそに、二人はケンカを始める。 見かねた駆は「これで仲良くなって…」と二人を手錠で繋いでしまう。 一方、深琴と朔也は、補給のため降り立った上海で襲撃犯の情報を探っていた。 雨が降り出す中、突然視えた"未来"の断片に、朔也は思わず深琴を呼び止める。
手を重ね、心を通わせたこはると駆だったが、耳飾りがなくなったことで、駆は再び心を閉ざしてしまう。 駆のために何かできないかと思い悩むこはる、ペアとの微妙な関係に頭を悩ませる深琴と七海、3人のため息が重なる。「口に出さなくても、全部相手に伝わったらいいのに…」そんな悩める3人に、一月は突然あみだくじを差し出した…。
夢の中、駆への気持ちを言葉にすることができたこはる。 「あれは、本当に夢だったんでしょうか…」 目が覚め、駆のもとへ行ったこはるは、駆が同じ夢を見ていたこと、思いが伝わったことを知る。 一方、結界内で起こった爆発、駆の耳飾りの行方を探っていた正宗は、能力を使い内部犯の手掛かりをつかんでいた。
「『世界』から通達が来た…」 朝食をとるメンバーに、正宗は旅の終わりが近いことを告げる。 旅が終われば、離れ離れになってしまうかもしれないと、不安を募らせる一同に平士は思い出作りに肝試しをやろうと提案する。
肝試しの後、いなくなった深琴を探すなか、駆がノルン外壁にひっかかるスカーフを見つけた。 「深琴は生きている…」 無事を願うこはるに、朔也は確信するかのように答える。 ノルンに張られた結界が消えていないことに気付いたメンバーは、深琴の無事を信じ、手掛かりを探すため地上に降りることにした。
戦渦に巻き込まれた街で、旅人・史狼と再会したこはるは、自らの能力で戦車部隊を制圧し、史狼と共に姿を消してしまう。 ｢俺がこはるを連れ戻すまで、お前が面倒をみるんだ｣ 責任を感じ落ち込む千里に、駆は桃の木を託し、こはるを探すため再び街へ向かった…
こはると深琴が共にいる場所を突き止め、『世界』のある島へと向かった一行だったが、そこに二人の姿はなかった。 「こはるが父さんと一緒なら、見つけられる…」 そう言い残し、駆はひとり史狼の元へ向かう。そんななか、史狼の命を狙う夏彦はある計画を実行に移そうとしていた。
「明日の正午、『リセット』を行うか否か、決めていただきます」 旅の終着地へ集まった能力者たちに、決断の時が来たと告げるアイオン。戦争、本当の歴史、文明初期化計画『リセット』…、自分たちが負うことの大きさ、そして失うものに戸惑うなか能力者たちの能力が発動する。
突如始まった『リセット』。人々が幸せそうに生きる未来を垣間見たこはるだったが、そこは駆と共にいられない世界だった。駆への思いを断ち切ることができないこはるは、その気持ちに耐え切れず、能力を暴走させてしまう。『リセット』、そして暴走した能力、ノルンはその莫大なエネルギーを受け、最後のプログラムを発動させる。
