筋金入りのオタクである加納慎一は、就職活動中に面接会場で突然気を失って倒れてしまう。再び目を覚ますと、ファンタジー世界・神聖エルダント帝国に連れてこられてしまっていた。慎一の身の回りの世話をするというメイドのミュセル・フォアランや、身辺警護を務める自衛官・古賀沼美埜里と出会うが、一向に事態を飲み込めず、困惑したままの慎一の元へ、入社試験の面接官だった男が訪れ衝撃の事実を告げる。
神聖エルダント帝国皇帝ペトラルカ・アン・エルダント三世への謁見を無事（？）に済ませ、総合エンタメ商社＜アミュテック＞の活動許可を直々に得た慎一。具体的な指示を的場に問うものの、「ぶっちゃけ、我々にもよく分からないんだよ」という如何ともしがたい答えが…。ひとまずエルダントの人々が熱狂するような作品選びをしつつ、ミュセルへの日本語教室を行って過ごしていたところへ、ペトラルカが視察にやってくる。
慎一が異世界に来てから早一ヶ月。屋敷での勉強会だけでは手狭なため、エルダントではオタク文化を伝える学校の建設が着々と進んでいた。一見順調に進んでいるかに見えた＜アミュテック＞の活動だったが、学校の完成日に不穏な影が迫っていた・・・。
テロリスト発生事件で負傷したミュセルは一命をとりとめ、事態は無事収束し開校日を迎えた。しかし、慎一の心にはテロの首謀者・アレッシオの言葉がひっかかり続けていた。「自分は侵略者なのだろうか？」と自問自答するものの、答えが出ないまま授業を続ける日々。ある日の夕方、学校から屋敷への帰り道の途中、美埜里の持つスマートフォンから異常を知らせる警報音が鳴り響いた。隣国のスパイであるエルビア・ハーナイマンが侵入していたのだ。
エルビアの才能を見抜き、＜アミュテック＞のお抱え絵師として雇うことに成功した慎一。学校ではエルダントの子どもたちの吸収力の早さに驚きつつも、得意分野である美少女ゲームについて熱弁を振るい、教師としての喜びを感じていた。美埜里もBLものへの反応の良さに意気揚々。そんな中、いつものように教室に向かう慎一だったが、エルフとドワーフたちが喧嘩する声が聞こえて…。
学校での種族間問題を解消したい慎一は、日本からの物資の中にサッカーボールを発見し、スポーツを通じて親睦を深めることを閃く。「全力を尽くした末の『なかなかやるな』『お前もな』」的な熱い展開を期待する慎一。ペトラルカ公認のもと、着々と準備は進められ、遂にエルフとドワーフの親善試合当日を迎えた。
慎一がオーダーしたアニメのBlu-rayやDVDを日本政府が買い間違えるケースが頻発。しびれを切らした慎一は、必要な教材を自分で回収するため遂に日本への一時帰国を決めた。ところが何かと、こっそりミュセルがついてきてしまい、思いも寄らず二人きりの時間を満喫することに…。
皇帝としての仕事に追われ多忙を極めているペトラルカ。ついに限界が来て、結界を張り引きこもってしまう。側近のガリウスが「我々は陛下に背負わせすぎてしまった」と語ったのはペトラルカが背負う皇帝という立場の重さだった。慎一は引きこもりの大先輩としてペトラルカの救出を任されるが、なぜか一緒になって引きこもりライフを謳歌してしまい…。
「すごいや、水着回は本当にあったんだ……」。有給休暇がたまった美埜里のためにガリウスが手配してくれた御料所で、慎一は水着の女子たちに囲まれていた。そこには美しい湖があり、泳ぐことも出来るという。一方、ペトラルカは大量の執務を懸命にこなしつつザハールに頼んだ「例のモノ」を心待ちにしていた。それを得て、自分も「ミズギカイ」に参戦しようというのだ。
自衛隊が活動報告用に親善サッカーを録画していたものが流出してしまい、顔面蒼白の的場。すでに日本ではインターネット上で一部のマニアが装備や部隊章を手がかりに、部隊の特定に動いているらしい。神聖エルダント帝国の存在が日本中に知られれば、プロジェクト全体が白紙になってしまう。このピンチを脱するために慎一は意外な方法を提案する。
日本政府の持ち込んだオタク文化が浸透し、ついに自らライトノベルを書き出す生徒が現れたり、日本から輸入された新作を生徒が奪い合う事態にまで発展していた。需要と供給のバランスが崩れてしまっている、もっと多くの作品を仕入れて欲しいと的場に依頼する慎一。しかし的場からこの計画の真実が明かされる。
エルダント内でのオタク文化の自給自足を提案した慎一に対し、日本政府は遂に暗殺を仕掛けることになった。しかし、エルダント側の護衛により暗殺は失敗に終わり、平和な日常が戻ってきた。課題であった作品の供給不足問題も日本政府のはからいにより解消していた。そんな中、バハイラムからの侵攻と思しきエルダントへの攻撃や学校での爆破事件が同時多発する。
