Στο 3ο επεισόδιο, με τίτλο «Αίμα στις σόλες», βρισκόμαστε στη δεκαετία του 1990, όταν η «17 Νοέμβρη» κλιμακώνει ολοένα και περισσότερο τη βίαιη δράση της. Η αστυνομία έρχεται αντιμέτωπη με την τρομοκρατική οργάνωση δύο φορές, στα Σεπόλια και στην υπόθεση Ριανκούρ και χάνει τους τρομοκράτες μέσα από τα χέρια της. Την ίδια περίοδο, η δολοφονία του Θάνου Αξαρλιάν σηματοδοτεί μια καθοριστική στιγμή, καθώς η κοινή γνώμη στρέφεται πλέον ανοιχτά εναντίον της «17 Νοέμβρη». Με φόντο την ανάληψη των Ολυμπιακών Αγώνων του 2004 από την Ελλάδα και την επίσκεψη του προέδρου Κλίντον στην Αθήνα, η διεθνής πίεση αυξάνεται, ενώ η νέα ηγεσία του υπουργείου Δημόσιας Τάξης διαπιστώνει το αδιέξοδο των ερευνών.
Στο 4ο επεισόδιο, με τίτλο «Η αρχή του τέλους», αποκαλύπτεται ο κρίσιμος ρόλος που έπαιξε ο κύριος “Χ” για να ξετυλιχτεί το “κουβάρι” «17 Νοέμβρη». Πρόκειται για ένα σημαντικό στέλεχος της ελληνικής τρομοκρατίας που άρχισε να συνομιλεί με τον Μιχάλη Χρυσοχοΐδη και τον Φώτη Νασιάκο, αποκαλύπτοντας πολλά για τον τρόπο λειτουργίας της τρομοκρατικής οργάνωσης.
Στο 5ο επεισόδιο, με τίτλο «Το μοιραίο λάθος», παρακολουθούμε λεπτό προς λεπτό το θρίλερ της εξάρθρωσης της τρομοκρατικής οργάνωσης, μετά την έκρηξη της βόμβας στα χέρια του Σάββα Ξηρού στον Πειραιά, το βράδυ της 29ης Ιουνίου του 2002. Για πρώτη φορά στην ελληνική τηλεόραση, βλέπουμε τα βίντεο που τράβηξε η αστυνομία μέσα από τις δύο γιάφκες της 17Ν και πως ξεκίνησε ένας μαραθώνιος στα εγκληματολογικά εργαστήρια, που οδήγησε στη δημοσιοποίηση της πρώτης φωτογραφίας που έβαλε ένα πρόσωπο στο φάντασμα της εγχώριας τρομοκρατίας.
Στο 6ο επεισόδιο, με τίτλο «Αντίστροφη μέτρηση», παρακολουθούμε την επεισοδιακή αναζήτηση και σύλληψη του Αλέξανδρου Γιωτόπουλου, λίγο πριν επιβιβαστεί στο δελφίνι με το οποίο προσπάθησε να φύγει από το νησί των Λειψών. Βλέπουμε ακόμη πως ο Γιωτόπουλος, από ένας οργανωμένος πολιτικά φοιτητής στο Παρίσι, έγινε ο "Λάμπρος" της 17Ν και ζούσε μια διπλή ζωή ως Μιχάλης Οικονόμου. Για πρώτη φορά αποκαλύπτεται το άγνωστο σχέδιο των βρετανικών μυστικών υπηρεσιών για τη σύλληψη των μελών της τρομοκρατικής οργάνωσης.