Phineas und Ferb heften sich gemeinsam mit Perry, dem Schnabeltier, an die Fersen des bösen Dr. Doofenschmirtz und landen mittels dessen Erfindung, dem „Dimension-Inator“, in einem Paralleluniversum. Dort treffen sie auf ihre Doppelgänger und Perry muss sein Doppelleben als Geheimagent zu erkennen geben. Nur so kann er seine Freunde Phineas und Ferb vor dem bösen Dr. Doofenshmirtz und seinen fiesen Machenschaften beschützen. Der Wissenschaftler hat nämlich noch viel weitreichendere Pläne. Er möchte neben der 2. Dimension auch noch die 1. Dimension in seine Gewalt bringen. Dies müssen die Jungs unbedingt verhindern. Gemeinsam mit ihren Freunden von der geheimen Widerstandtruppe, denen sie in der Parallelwelt begegnet sind und unter der Führung von Candace, ihrer großen Schwester, versuchen sie, gegen die finsteren Pläne des Wissenschaftlers anzugehen. Wird es ihnen mit ihren cleveren Ideen gelingen, die Pläne des skrupellosen Wissenschaftlers Dr. Doofenshmirtz zu vereiteln
Perry's worst fear comes true when Phineas and Ferb finds out that he is in fact Secret Agent P, but that soon pales in comparison during a trip to the 2nd dimension where Perry finds out that Dr. Doofenshmirtz is truly evil and successful.
Phineas, Ferb, Candace, Perry y el Dr. Doofenshmirtz han sido capturados por el Dr. Doofenshmirtz de la segunda dimensión; se encuentran encadenados siendo llevados hacia una criatura peluda llamada Goozim. La escena retrocede, en el día en que Phineas y Ferb acaban de despertar.
Pour fêter en grandes pompes le cinquième anniversaire de Perry, Phinéas et Ferb mettent au point une incroyable catapulte qui, contre toute attente, les propulse directement au cœur de la "Doofenschmirtz Maléfique Anonyme", l’organisation secrète du vilain Dr. Doofenschmirtz. Ils découvrent alors que ce dernier travaille sur le "Project’Autre Dimensioninator", un sombre projet destiné à ouvrir les portes des différentes dimensions...
Phineas e Ferb, attiratti dal dottor Doofenshmirtz, vengono catapultati in un'altra dimensione, dove incontrano i loro alter ego.
