ニビジムの元ジムリーダーにしてトップリーダーをめざす男・タケシ。長かったジョウトの旅を終え、サトシと別れたタケシは、ひさしぶりに故郷ニビシティに帰ってきた。 旅のつかれをいやすべく家にもどってみると、ニビジム内は大変なことになっていて大さわぎ！ 家族にあたたかく出むかえられるどころか、タケシは家族内のバトルにまきこまれてしまう。
サトシたちと別れたカスミは、お姉さんたちが旅行に行って留守になったジムにもどるため、ハナダシティへの道を急いでいた。 そして、ハナダジムに到着してみると、コイキングがギャラドスに進化して大あばれ！ ギャラドスが苦手なカスミだったが、ポケモン監察官にジムを閉鎖されないよう必死でがんばるのであった。
ピカチュウの電撃を受けて、吹き飛ばされた後のロケット団たちにどんな運命が待ち受けているのか・・・？ ロケット団たちは吹き飛ばされた先で困っている村人たちに「正義の味方」と間違えられてしまう。ロケット団は悪人であることを村人に分からせるため、色々と手を尽くすが、村人になかなか理解されず困ってしまう。
さまざまな子供たちのポケモンをあずかっているオーキド博士の研究所は、いつもたくさんのポケモンたちがのんびりとくらしている。そこに突然あらわれたのは、ロケット団のコサブロウとヤマト。２人は研究所にしのびこみ、あずけられているポケモンを一気に大量ゲットしようと考えているのだ。 いち早く異変に気づいたフシギダネは、博士と助手のケンジにこのことを知らせようとするが、思うように伝わらない。そうこうしているうちに、ポケモンの着ぐるみにかくれた２人は、まんまとモンスターボールを盗んでいってしまった。 はたして、オーキド博士と研究所のポケモンたちは、うばわれたモンスターボールを取りかえせるのか?!
姉たちが旅行に出てしまったため、カスミがハナダジムのジムリーダーをつとめていた。 しかし、大切に保管してあるはずのハナダジムのバッジがなくなっていて一大事！ 旅行中のサクラ姉さんに確認すると、リフレ村の職人さんにバッジを作ってもらっていることが判明し、カスミはリフレ村に向かうのだった。
オーキド研究所に、レオンというニックネームのピカチュウをつれたヒロシがあそびに来た。ところがざんねんなことに、オーキド博士はテレビ出演のため外出中。ヒロシとレオンは博士のかえりをまつことにした。 しかし、そのヒロシとケンジたちのもとに「オーキド博士、しっそう！」との電話が入る。いそいでテレビ局へむかう彼らであったが、オーキド博士のピンチをすくうことはできるのか？
水ポケモンマスターのカスミは、ハナダジムのジムリーダー。るすの多いお姉さんたちをたすけ、ジムをまもっている。 そんなカスミのもとに、ナナコがやって来た。どうやらナナコは、愛する野球チーム・エレブーズのおうえんのために、ハナダマリンスタジアムにむかうらしい。たまたまいあわせたケンジもくわえ、ひさしぶりの再会によろこぶ一同だった。 ところがそのすぐあと、カスミあてにナゾの男から挑戦状（ちょうせんじょう）がとどく。そこには、命をかけたバトルをしたいと書いてあった。もちろん、ジムリーダーのカスミはにげるはずもなく、その男に会いに行くことにする。 そして、ようやく「命をかけた」バトルのスタート。しかしそこへ、ロケット団のヤマトとコサブロウがあらわれた。ナナコもくわわり、バトルは大さわぎに…。
ムサシとコジロウ、そしてニャースの出会いは、ロケット団員の養成訓練所（ようせいくんれんじょ）である。そのころのムサシは、かなりの天才ぶりをはっきしていたのだが、せいかくにちょっともんだいがあり、いっしょに組むチームメートはすべて彼女についていけずリタイヤしてばかりだった。そしてそんな彼女の最後のパートナーとしてえらばれたのがコジロウである。「どんなコトからもにげたことがない！」と言い切る男前のコジロウは、なんとかムサシの足をひっぱることもなく、課題（かだい）をクリアしていく。 いっぽう、そのころすでにしゃべることができるポケモンとしてまわりをおどろかせていたニャースは、幹部（かんぶ）のサカキ様からのとくべつなめいれいをうけ、ムサシ・コジロウチームといっしょに行動することになるが…。
ポケモンマスターをめざすヒロシと相棒（あいぼう）のピカチュウ・レオンは、旅のとちゅうでマリオンシティという大きなまちにやってきた。ヒロシが古びたポケモンセンターにつくと、そこはちょうど、さぎょういんたちによって強引（ごういん）にとりこわされそうになっていた。ヒロシは必死（ひっし）に、とりこわしを止めようとするジョーイを助ける。 ヒロシがジョーイに聞くところによると、このポケモンセンターはとりこわす必要がないうえ、若くして命をうしなった友達“ニック”との大事な思い出がつまった場所なのだと言う。むちゃなとりこわしを何とか止められないかとなやむヒロシ。その目の前にとつぜん、緑色につつまれたポケモンがあらわれた。
今日はオーキド研究所に新人トレーナーがやって来る日。オーキド博士は新人トレーナーにわたす、フシギダネ、ゼニガメ、ヒトカゲの健康診断（けんこうしんだん）をしていたのだが、アクシデントによって３匹は研究所の外へにげ出してしまう。あわてているところにやって来たのは、新人トレーナーのハジメだった。しかしハジメは、「３匹の中にはいない、アチャモがほしい」などとわがままを言いはじめた。にげ出した３匹にはまったくきょうみがないようすである。オーキド博士に言われ、ハジメはしかたなくケンジやサトシのママといっしょにポケモンさがしのてつだいをはじめるが…。
サトシのライバルであるシゲルがポケモン研究者（けんきゅうしゃ）になるためのたびに出てから、ずいぶんの月日がたった。そんなある日、彼のおじいさんでもあるオーキド博士とケンジのもとへ、一通の手紙がとどく。それは、シゲルからふたりへの招待状（しょうたいじょう）だった。げんざい自分が研究をおこなっているサイダ研究所で見てほしいものがあるというのだ。 さっそくサイダ研究所のあるサイダ島にむかうオーキド博士とケンジに、かせきポケモンのプテラがおそいかかってきた。シゲルの研究とかんけいがあるらしいこのプテラは、だいぶ気むずかしいようす。そしてそこに、すっかりせいちょうしたシゲルがむかえにやって来た。だが、さらにロケット団のヤマトとコサブロウがプテラをつかまえるためにあらわれて…。
カスミの姉・サクラは、ハナダジムめいぶつの水中ショーをもりあげようと、「ランデブーポケモン」のラブカス２体をとうじょうさせるけいかくをたてる。さらに、そのショーに、カスミとケンジもしゅつえんさせ、それぞれ人魚姫（にんぎょひめ）と王子様のやくをさせることに。 そんななか、そのラブカスをねらって、ロケット団のヤマトとコサブロウが動き出し…
黄色と黒のたてじまをチームカラーとする人気野球チーム・エレブーズ。この球団をこよなく愛するポケモントレーナー・ナナコがしゅやくの、とってもあつい物語だ。
ヒロシとあいぼうのピカチュウ・レオンは、船の上で強そうな中年・シルバーと出会う。シルバーは、ともしび山ででんせつのポケモン・ファイヤーをゲットすることをねらっているという。きょうみをもったヒロシは、シルバーといっしょにともしび山にむかうことに。その山は、とてもけわしいところだったが…。
