| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S03E01 | ワカバタウン! はじまりをつげるかぜのふくまち! |
October 14, 1999
TV Tokyo
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| S03E02 | ルーキーのチコリータ! |
October 21, 1999
TV Tokyo
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| S03E03 | げきとつ! へラクロスVSカイロス!! |
October 28, 1999
TV Tokyo
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| S03E04 | ドンファンのたに! |
November 4, 1999
TV Tokyo
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| S03E05 | ホーホーとあやしいもり! |
November 11, 1999
TV Tokyo
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| S03E06 | キレイハナのバトルダンシング! |
November 18, 1999
TV Tokyo
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| S03E07 | イトマル! だいそうさせん!! |
November 25, 1999
TV Tokyo
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| S03E08 | ブルーのかれいなせいかつ!? |
December 2, 1999
TV Tokyo
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| S03E09 | オドシシ! まぼろしのもり!? |
December 9, 1999
TV Tokyo
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| S03E10 | いじっぱりのチコリータ!! |
December 16, 1999
TV Tokyo
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| S03E11 | ヌオーとGSボール!? |
December 23, 1999
TV Tokyo
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| S03E12 | レディバのふえ! |
January 1, 2000
TV Tokyo
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| S03E13 | ハピナスのハッピーナース! |
January 6, 2000
TV Tokyo
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| S03E14 | だいピンチ! マダツボミのとう! |
January 13, 2000
TV Tokyo
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| S03E15 | キキョウジム!おおぞらのたたかい!! |
January 20, 2000
TV Tokyo
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| S03E16 | なきむしマリル! |
January 27, 2000
TV Tokyo
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| S03E17 | ばくそう! オタチ＆トゲピー!! |
February 3, 2000
TV Tokyo
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| S03E18 | リザードンのたに!またあうひまで!! |
February 10, 2000
TV Tokyo
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| S03E19 | だいパニック! キマワリコンテスト!! |
February 17, 2000
TV Tokyo
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| S03E20 | チコリータはごきげんななめ!? |
February 24, 2000
TV Tokyo
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| S03E21 | ハネッコはねた! だいそうげんのたたかい!! |
March 2, 2000
TV Tokyo
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| S03E22 | なぞのスーパーヒーロー! グライガーマンとうじょう!! |
March 9, 2000
TV Tokyo
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| S03E23 | メリープとまきばのしょうじょ |
March 16, 2000
TV Tokyo
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| S03E24 | バトルしようぜ! ハッサムVSへラクロス!! |
March 23, 2000
TV Tokyo
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| S03E25 | ヒノアラシ! ゲットだぜ!! |
March 30, 2000
TV Tokyo
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| S03E26 | ヒワダタウン! ヤドンのいど!! |
April 6, 2000
TV Tokyo
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| S03E27 | クヌギダマとボングリのみ!うらやまのたたかい!! |
April 13, 2000
TV Tokyo
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| S03E28 | ヒワダジム! もりのバトルフィールド!! |
April 20, 2000
TV Tokyo
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| S03E29 | ウバメのもり!カモネギをさがせ!! |
April 27, 2000
TV Tokyo
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| S03E30 | ソーナンスとポケモンこうかんかい!! |
May 4, 2000
TV Tokyo
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| S03E31 | もえろゼニガメだん! ほのおのように!! |
May 11, 2000
TV Tokyo
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| S03E32 | ウパーがいっぱい! |
May 18, 2000
TV Tokyo
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| S03E33 | プリンVSブルー! |
May 25, 2000
TV Tokyo
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| S03E34 | ダークポケモン・デルビル |
June 1, 2000
TV Tokyo
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| S03E35 | ワニノコはだれのもの!? サトシVSカスミ! |
June 8, 2000
TV Tokyo
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| S03E36 | エアームドVSヒノアラシ! はがねのつばさ!! |
June 15, 2000
TV Tokyo
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| S03E37 | おどれワニノコ! あいのステップを!! |
June 22, 2000
TV Tokyo
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| S03E38 | いろちがいのヨルノズク! ゲットだぜ!! |
June 29, 2000
TV Tokyo
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| S03E39 | リングマでドッキリ!! |
July 6, 2000
TV Tokyo
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| S03E40 | キリンリキ! エスパーポケモンのむら! |
July 13, 2000
TV Tokyo
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| S03E41 |
ポケモンうらない!? だいらんせん!
season finale
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July 27, 2000
TV Tokyo
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