記憶を失った少年・ユウキは見知らぬ世界で目を覚ました。彼の従者となるべく現われた小さなガイド役・コッコロとともに、２人は美しき大地「アストライア大陸」を旅していく。王都「ランドソル」に到着した彼らは宿代を稼ぐため、ギルド管理協会の仕事を引き受けてキノコ狩りのクエストに出かけるのだが……。
とある食堂で行われていた大食い大会の様子を覗いたユウキとコッコロ。数々の挑戦者を制して優勝したのはキノコ狩りのクエストで出会った腹ペコの剣士・ペコリーヌだった。大事な剣をなくしたというペコリーヌのため、２人は一緒に剣を探してあげることに。そんな彼らの前に猫の獣人・キャルが現われて……。
今日もランドソルの美味しいご飯を食べ歩いているペコリーヌ。そんな彼女のもとにユウキ、コッコロ、キャルがやってきた。お腹を空かせたキャルたちが食堂のメニューを注文しようとするも、すでにお店の食材はペコリーヌによって食べつくされた後だという。そこでペコリーヌが注文したのは禁断の「裏メニュー」だった！
キャルも加わり、美食殿を結成した４人は、ギルド管理協会から「ギルドハウス」と呼ばれる活動拠点を借りることができた。憧れのギルド生活に胸を踊らせる一同。しかし、長年放置された建物の中には凄惨な光景が広がっていた。彼らは力を合わせてギルドハウスの大掃除を進めていくが……。
ギルドハウスでの生活も慣れてきたある日、ユウキがひどい風邪を引いてしまう。コッコロたちはユウキを献身的に看病するが、風邪は一向に治る気配がなく、病状は悪化していくばかり。仕方なくユウキを近くの診療所へと連れていくペコリーヌたちだが、そこで彼らは衝撃的な経験をすることになるのだった。
ギルド管理協会の依頼により、スパイスの原料を収穫するクエストに出かけたユウキたち。ペコリーヌは美食殿の本格的なギルド活動がスタートできたことに心を弾ませていた。一方、ペコリーヌたちの目的地であるタルグム村の周辺では「シャドウ」と呼ばれる謎の存在により村人が行方不明となる怪奇現象が起こっていた。
タルグム村周辺の森でシャドウと接触したギルド・エリザベスパークの面々。戦闘の最中、メンバーの一人であるシオリはシャドウに身体を飲み込まれてしまう。シオリの姉・ハツネやエリザベスパークと出会ったペコリーヌたちは、シオリの身に起きた出来事を知らされると彼女を取り戻すため、シャドウとの戦いに挑む。
ペコリーヌたちは新たなクエストを求めギルド管理協会へとやってきた。様々な内容が書かれた張り紙に目を通していく中、彼女たちは風変わりな依頼書を見つける。それはミミたち３人の子どもが結成した非認可のギルド・リトルリリカルが書いたものだった。子どもたちの依頼を引き受けることにしたユウキは……。
商店街の福引きでコッコロが一等を当て、美食殿の一同は景品で海水浴に出かけることになった。とある海岸へとやってきた彼女たちは、海の家で働くサレンディア救護院のサレンやスズメと再会する。昼時にも関わらず閑散としている海の家を心配するキャル。しかし、それにはとある理由があるというのだが……。
馴染みの食堂・コカトリス亭にお土産を届けにやってきたユウキとコッコロ。しかし、コカトリス亭のマスターは何かに取り憑かれたように一心不乱にプリンを作り続けていた。どうやら、何者かがマスターにプリンを作るように追い詰めているらしい。そんな中、コカトリス亭に占い師の少女・シノブがやってくる。
寝坊をしてなかなか部屋から出てこないキャルを心配するペコリーヌ。何かあったに違いないと部屋に飛び込んだところ、キャルの大事にしていたぬいぐるみをボロボロにしてしまった。裁縫が得意なコッコロがぬいぐるみの修理を申し出るが、肝心の補修するための布が見つからない。さっそく街へ繰り出す彼女たちは……。
美味しそうな朝食が並ぶ食卓になぜかパンが用意されておらず憤るキャル。どうやら農村と市街とを結ぶ街道に強い魔物が住み着いてしまったようで、いろんな作物の流通が滞っているのだという。市場の人々の困った姿を目の当たりにしていたペコリーヌは、キャルやコッコロたちを伴って危険な討伐クエストへ挑むことに。
ラビリスタの助力によって強大な敵・シャドウＸの攻撃を免れたペコリーヌたちは、ラビリスタの能力で作られた仮初めのランドソル王宮へと導かれていた。宮殿内に飾られたペコリーヌの肖像画に驚くコッコロ。神妙な面持ちで彼女の前に現れたペコリーヌは、これまでずっと胸に秘めてきたある重大な秘密を打ち明けるのだった。
いつもの穏やかな朝食の時間、コッコロがとある地図を取り出した。それは究極の調味料「海の雫」の在り処を示したものらしい。管理協会も扱いあぐねていたほど不確かな情報のようだが、【美食殿】の活動目的のために行くべきだと力説するペコリーヌ。彼女の気迫に押されたメンバーたちも感化され、新たな冒険に出発するのだった。
ある日、依頼主の許へアイテムを届けに向かったユウキ。ペコリーヌたちが彼を迎えに行くと、なんと依頼主は大人気アイドル【カルミナ】のメンバー・ツムギであり、ユウキは彼女に言われるがまま店でかわいい衣装を着せられていた。事態が飲み込めず混乱するペコリーヌたちだったが、これにはなにやら事情があるようで……。
ランドソルのとあるお店で、見慣れぬ制服を纏ったアオイと再会したユウキとコッコロ。聞けば彼女は今、ランドソルでも有数のお嬢様学校「聖テレサ女学院」に通っているのだという。キラキラとした女子校の雰囲気に馴染めないと悩みを打ち明けるアオイを助けるため、ユウキたちは彼女と一緒に「聖テレサ女学院」へ向かうことに。
怪獣島にやってきた【美食殿】は、カスミとマコトと出会う。強い魔物が多いこの島では最近シャドウがよく出没するらしく、カスミ達【自警団（カォン）】はその調査で島内を見回っているのだという。以前の戦いでシャドウをよく知る【美食殿】も【自警団（カォン）】の調査に協力することにするが……。
怪獣島に出現していたシャドウはゴーレムとともに群れを形成すると、島民を襲撃すべく進攻を開始する。忽然と姿を消したペコリーヌ。カスミたち【自警団（カォン）】のメンバーとユウキたちは島を守るため必死の抵抗をするが・・・。窮地に追い込まれるなか、カスミはシャドウの進行を食い止めようとある秘策を打ち出す。
最近、ランドソルの市街で神出鬼没の謎の騎士が、住民たちに危害を加える事件が多発しているという。みんなが美味しいご飯を食べられなくなると憤るペコリーヌ。そんな彼女に鼓舞され、【美食殿】のメンバーは謎の騎士の討伐クエストを受けることになり、ひょんなことから彼女たちは自称軍人の小さな女の子と出会う。
【美食殿】で育てているお米「プリ米」の農作業を終えた一同は、その帰り道、道端に倒れている一人の少女を発見。彼女を保護してみると、なんとその少女は【カルミナ】のメンバー・チカだった。同じギルドメンバーのノゾミを呼び寄せ、介抱するユウキたち。だが、ようやく目を覚ましたチカはなにやらいつもと様子が違うようで……。
手紙を出すために郵便局へとやってきたコッコロ。ところが運悪く、押し入ってきた強盗団と居合わせてしまう。お金や貴金属とともに自分の手紙も盗まれたコッコロは、同じく大切な手紙を奪われてしまった【ルーセント学院】の生徒・スズナとミサキとともに強盗団を追跡し、彼らのアジトにたどり着くが……。
ランドソル商店街のお祭りにやってきたペコリーヌたちは、賑わう会場で様々な屋台グルメを堪能したり射的で遊んだりと楽しい時間を過ごしていた。そこにはクレープ屋を出店していた【ラビリンス】の姿も。【美食殿】の楽し気な姿を温かい目で見守るラビリスタの胸中にはある思いがあり……。
【美食殿】のギルドハウスに傷ついたミヤコとシノブが逃げ込んできた。聞けば、彼女たちのギルド【悪魔偽王国軍（ディアボロス）】の拠点が襲撃され、イリヤたちがさらわれてしまったのだという。驚くペコリーヌたちに対し、シノブはその襲撃者が意外な人物だったことを告げる。その時、ランドソル中を震撼させる大きな地響きが起こり……。
ペコリーヌは国民たちに自分が名前を奪われた王女・ユースティアナであることを告白。自身の名と王位を奪還するため、偽りの王女・カイザーインサイトの打倒を誓う。だが、彼女の前に立ちはだかったのは【王宮騎士団（NIGHTMARE）】の団長・ジュンだった。洗脳されているジュンの猛攻にペコリーヌは苦戦を強いられ……。
ついにカイザーインサイトと対峙するペコリーヌ。加勢に現れたコッコロやユウキと力を合わせて戦っていく。カイザーへの忠誠と【美食殿】の絆の狭間で苦悩するキャル。それぞれの思いが交錯するなか、戦いは最終局面をむかえる。ユウキ、ぺコリーヌ、キャル、コッコロ。【美食殿】が選択する未来とは・・・・。
