陽気な賞金稼ぎの青年ファバロは、実直な騎士カイザルに追われていた。カイザルを煙に巻きながら、いつものように賞金のかかった荒くれ者退治に向かう。時を同じく空から一人の少女が落ちてくる。 少女の名はアーミラ。謎の少女アーミラは酒場で極北の地「ヘルヘイム」への近道を知ると豪語していたファバロを見つけ、道案内を頼むが……。
悪魔の尻尾が生えてしまったファバロ。それは、ヘルヘイムへの近道を教えてもらう代わりにとアーミラがした口づけ、つまりは契約の魔法のせいだった。近道を教えれば、その魔法を解くと言うアーミラ。近道など知らないファバロは、アーミラの隙を狙って元の体を取り戻そうとするのだが……。
ネブルビルにやってきたファバロとアーミラ。アーミラはファバロに、たったひとりで聖域から神の鍵を奪ったことを話す。一方、霧の森で行き倒れたカイザル。目覚めた部屋の中には、リタという名のひとりの少女がいた。
バッカスの「ヘルヘイムに行く船がある」という言葉を頼りに、ファバロはアーミラと共にセレファレス号に乗り込む。その船の船長をしていたのは、ファバロの父親の友人、アモンであった。一方カイザルは、リタと共にファバロを追うのだが……。
アーミラと、彼女をかばったカイザルは、堕天使アザゼルに捕まってしまう。誰の命令で神の鍵を奪ったのか、アーミラを詰問するアザゼル。かばおうとするカイザルにアザゼルは、アーミラがしでかしたことを教えてやるという。一方、ファバロとリタは二人を取り戻しにアザゼルの城に向かうのだが……。
アザゼルの城から逃れたファバロたち。しかし、ジャンヌ・ダルク率いる騎士団に捕えられてしまう。シャリオス王の前に引きずり出された彼らは、死罪になるかと思われたが……。
軟禁されたアーミラとともに、アナティ城に留まることになったファバロとカイザル。そこへアザゼル、パズズたち魔属の大群が神の鍵を奪いに襲撃してくる。ジャンヌたち騎士団が戦闘態勢に入る一方、アーミラは空腹を訴えて城の食糧を貪っていた。
アザゼルはファバロたちによって倒された。その頃、アーミラは夢を見ていた。とある人物から、特別な存在だと告げられるアーミラ。一方ファバロとカイザルは、ジャンヌの計らいで騎士の称号を与えられるのだが――。
ファバロとアーミラはアナティを後にし、ブロドシアへと向かっていた。一方カイザルはラヴァレイから、アーミラを追いかけ導くようにと頼まれる。その頃アナティでは、ジャンヌがシャリオス王によって魔女の汚名を着せられ、捕えられていた。
シャリオス王の手により、ジャンヌは魔女として火あぶりの刑に処されようとしていた。それを止めようとする民衆は、容赦なく騎士に切り捨てられる。罪なき民が傷つくことに涙するジャンヌ。一方、ファバロ、カイザル、アーミラは、アーミラの母親を探してブロドシアへと向かっていた。そこへ激しい地割れが起き――。
マルチネの手によりファバロはダークファバロと化し、神魔の鍵と融合したアーミラは、ベルゼビュートの手中に落ちてしまう。一方、リタとバッカス、アザゼルを乗せた馬車は、バハムートの眠る聖地エイボスへと向かっていた。
神魔の鍵と融合したアーミラを取り込み、バハムートが復活の咆哮をあげる。世界が破滅へと向かう中、不敵な笑みを浮かべるもの、運命に抗おうとするもの、様々な想いが交錯する。そんな彼らの想いをよそに、ひとつの終わりが訪れようとしていた。
王都に出稼ぎにきた少女ニーナは、街の人たちと触れ合いながら、田舎に仕送りをするために一生懸命働いていた。その頃、王都では包帯悪魔と言われる正体不明の悪魔が、人間を虐殺する事件が多発していた。その噂を聞きつけたニーナは、その包帯悪魔を自分で捕まえようとするのだが……。
リタの診療所で目覚めたニーナは、その後も王都で一生懸命に働いていた。そんなニーナに、赤い竜の力を利用しようと、人間への復讐を目論むアザゼルが近づこうとする。王宮では、シャリオス17世に、カイザルは包帯悪魔を捕り逃した責を問われ、自ら包帯悪魔に接触しようと試みる。
発動されたムガロの力を追い、神は王都へと潜入していた。 何事もなかったように王都の生活を楽しむニーナは、ひとりのイケメンな若者と出会うことになる。王宮では、シャリオス17世が自ら指揮をとり、包帯悪魔（アザゼル）討伐へとのり出すことになるのだが。
包帯悪魔（アザゼル）は、人質になった魔族を救うため、シャリオス17世率いる軍勢ににひとりで立ち向かっていた。 ニーナはそんな包帯悪魔（アザゼル）を助けるべく、王都の中を全力で走り回っていた。 そして、ニーナの秘密がついに明かされることになるのだが……。
ニーナにより救われた悪魔アザゼルは、ニーナを利用して人へと反旗を翻そうとする。一方、ニーナはそんなこととは露知らず、ムガロと一緒に街での買い物を楽しんでいた。時を同じくして、カイザルもリタとふたりで、食事をすることになるのだが……。
戦勝記念の前夜祭の準備で買い出しに行くニーナ。街でシャリオス扮するイケメンな若者に再び出会い、リタ達とやっている前夜祭の出店に来るよう誘ってしまう。一方、悪魔アザゼルは戦勝記念パレードを狙い、反逆の狼煙を上げる計画を企てていた…。
オルレアン騎士団長のカイザルは、アザゼル率いる魔族の動きに不安を感じ、シャリオス17世に戦勝記念のパレードへの参列を取りやめるよう進言する。その頃、ニーナはそんなことともつゆ知らず、リタ達と共に街で出店の店番をしていた。
怒りに燃えると悪魔アザゼルと人間の王シャリオス17世が火花を散らす中、オルレアン騎士団長のカイザルは自分の信念を貫こうと奔走する。そして、争いに巻き込まれただけのニーナであったが、駆け付けた惨状に何を見るのか。
ニーナは投獄されても、相も変わらず元気に働いていた。一方、同じく投獄されたカイザルは、 すでに投獄されていたファバロと牢で会い、ニーナを知っているというファバロ に、ニーナとの出会いについての話を聞くことになる。
オルレアン騎士団長であったジャンヌ・ダルクは、新たに王に即位したシャリオス17世との意見の相違から、王都を追われることになった。すべてを失ったジャンヌ・ダルクに、ひとつの奇跡が舞い降りる。
地下牢獄に投獄されているニーナとジャンヌは、ムガロに会うために脱獄を決行する。王都では、エルの力を手に入れた神が、シャリオスに対して神より奪いし力を返却するよう要求するのだが。
脱獄に失敗したニーナとジャンヌだったが、リタが助けにきたことにより、再び脱獄を試みる。その頃、ガブリエル率いる神の軍勢が、シャリオスの待つ王都へと進軍をはじめる。戦いの火蓋が切られようとしていた。
人と神の戦争がはじまり、神の軍勢が優勢に戦いを進めていた。その状況を打開しようと、シャリオス17世は地下深く眠っていた兵器を稼働させる。一方、脱獄の真っ最中だったニーナ達は、その争いの渦中に投げ出されることになるのだが。
戦場を後にしたニーナとジャンヌは、神の国へ行く方法を探る為に、ニーナの故郷である竜の里へ族長に会いにやってくる。ふたりを温かく迎えてくれる里の人たち。そして、ニーナの母親も、やさしく受け入れてくれたのだった。
神の国を目指して飛び立ったニーナとジャンヌは、嵐を抜けて神の国へと辿りつく。そこで再会するジャンヌとエル。その頃、王都の闘技場では、人間に捕まっていたアザゼルが悪魔同士の殺し合いをさせられていた。
神の神殿に軟禁されていたエルは、ニーナやバッカスの目を盗み逃走を試みようとする。一方、王都アナティでは、牢に入れられていたカイザルが闘技場に連れて来られ、ひとりの悪魔と戦わされることになるのだが。
神の国を抜け出そうとしたエルと共に王都へと戻ってきたニーナ達は、カイザルを救出したリタとファバロと合流する。そして、街へと情報収集に繰り出したニーナは、変装したシャリオス17世と再び出会うことになるのだが。
シャリオス17世に再び会ったことにより、自由に赤い竜に変身できるようになったニーナ。闘技場より抜け出したアザゼルは、そのことを知ると悔しさをにじませる。そんなアザゼルを見つめるエル。そして、シャリオスが身につけている腕輪を奪うための作戦会議が開かれる。
エルを探しに天界を出たジャンヌとソフィエルは何も情報をつかめずにいた。一方、シャリオス17世が身につけている腕輪を奪うため、ニーナはアレサンドの手引きにより、王宮で開かれる舞踏会に潜入する。
シャリオス17世が開いた舞踏会から逃げ出したニーナ達は、後を追ってきた漆黒兵に命を狙われることになる。アザゼルと行動を共にしていたムガロは、追いかけてきたジャンヌに神界に戻るように促されるのだが。
アレサンドに刺されたエルの命を救おうと奮闘するリタ。母親であるジャンヌはただそれを見守ることしかできない。怒りを露わにするアザゼルは、雨の中へと静かに消えていく。アレサンドはエルを刺したことを手土産に、漆黒兵部隊への入隊を改めて隊長に懇願するのだが。
シャリオス17世は10年前にバハムートが復活した地、エイボスにて不穏な動きを見せていた。ニーナはシャリオス17世の暴挙を止める為に、エイボスへと向かう。エルを刺殺されたジャンヌは、シャリオス17世を討つため、同志を引き連れて王都へと攻め入ろうとしていた。
シャリオス17世はバハムートを引き連れて王都へと向かっていた。 そこにアザゼルと一緒にルシフェル率いる悪魔の軍団が攻め入る。 ジャンヌ率いる反乱軍も加わり、人神魔が入り乱れた戦いがはじまる。 そんな最中、戦場を彷徨うアレサンドをディアスは見つける。
シャリオス17世をジャンヌとアザゼルの手から守るため、身を挺してかばったカイザルは死の淵に立っていた。 その間にも、復活したバハムートが世界を破壊していく。終焉に向かう世界の中で、それぞれが決断を迫られる。
