Ayato Kamina was separated from the girl he loved, Haruka Mishima, when an event occurred that was thought to have killed everyone outside of Tokyo. But one day three years later, invaders suddenly attacked the city. It was then that he meets an agent of TERRA, Haruka Shitow, who tells him that she will give him the truth about the world. It is the beginning of a series of strange events, which involve him activating a giant mecha, the RahXephon and finding out that many people, including his own mother, has blue blood, and that he was actually living in a self-encased dimension where time moves slower than that of the outside world.
異次元からの侵略者「ＭＵ」は、東京を外界と隔てる絶対障壁で包み込んでしまった。３年後、高校生・神名綾人の前に、紫東遥と名乗る29歳の女性が現れる。ＭＵ戦略研究員である彼女は、実は、かつて離れ離れになった綾人の恋人、遥だった。壁の内側は時間の流れが遅れていたのだ。そして綾人は、自分が世界を変える能力を持った「時間調律師」であることを知らされる。時間調律師が神像ラーゼフォンと一体化すれば、世界は崩壊する。果たして、遥と綾人はそれを食い止められるのか？
미지의 존재인 '무'는 쥬피터 형태의 장벽으로 도쿄를 감싸 점령힌다. 도쿄에 남아있는 카미나 아야토는 어느 날 하루카라는 여인을 만나고, 자신이 세계를 변화시킬 사람이라는 말을 듣게 된다. 그녀의 도움으로 능력을 자각한 아야토는 절대 장벽 밖으로 나가려고 시도하는데...
TV판이 종영된 이듬해인 2003년 4월 13일에 극장판 '라제폰 다원변주곡'이 공개되었는데, TV판의 감독이었던 이즈부치 유타카는 총감독의 위치로 물러나고 실제 감독은 쿄다 토모키가 맡아 진행하였다. 극장판은 TV판의 편집, 확장판이 아니라 또 하나의 새로운 가능성을 제시한 엔딩으로 끝맺었기에 팬들 사이에서는 논란이 일기도 했다.
自己所認知的世界與他人所認知的世界是一樣的嗎？一個普通的高中生神名綾人，
某天發現他一直被灌輸的觀念全都是錯的，並且還成為ラーゼフォン的駕駛！？
獻給被物質慾望束縛而失去愛的現代人，究極的SF LOVE STORY！
La ville de Tokyo a été conquise, par des envahisseurs qui ont dévasté le reste de la planète: les Muliens. Depuis lors, les survivants de la race humaine se sont regroupés, afin de livrer pour leur survie un combat qui paraît perdu d'avance contre les gens de Mu et leurs machines géantes, les Dolem. Les fils ténus d'une difficile victoire semblent se croiser dans Tokyo-Jupiter, ville désormais coupée du reste du monde, et où le temps s'écoule dans une autre direction, à l'insu de ses habitants... qui ne savent même pas que la ville est aux mains de Mu.
L'opera è una versione alternativa della serie tv. La storia si sviluppa in un arco di tempo inferiore e molti elementi sono raccontati in modo diverso. Lo stesso approccio di Haruka nei confronti di Ayato, il ruolo marginale di Helena, Itsuki e Makoto, la scomparsa totale di personaggi quali Futagami, Sayoko e Kim, sono soltanto alcuni degli elementi che differiscono rispetto alla controparte televisiva. Alcune scene sono recap, sebbene abbiano dialoghi diversi, ma quelle nuove aggiungono nuovi elementi e chiariscono cose che si sapevano superficialmente. Tuttavia l'elemento centrale della storia rimane immutato, ovvero: la storia d'amore tra Haruka e Ayato
