デューオの危機が去って1ヶ月が過ぎた頃…。 各地の電脳世界では異常な温暖化現象が確認され始めた。その影響で氷漬けから解かれたバブルマンは、謎の赤ん坊ナビを発見、さらに電脳世界にできた光の裂け目と、その奥に広がる異世界（＝ビヨンダード）で暴れる数々のウイルスの姿を目撃する。 一方、現実世界では、半実体化した2体の電脳獣グレイガとファルザーが出現、争いながら街を破壊し始めた。ネットセイバー光熱斗、炎山、ライカは、クロスフュージョンで立ち向かうが歯が立たない。 そして電脳世界に戻って暴れ続ける2体にロックマン、ブルース、サーチマンが絶体絶命となったその時、謎の赤ん坊ナビがロックマンと融合、獣の姿へと変貌したロックマンは超絶な力を発揮し2体の電脳獣を一蹴する。この出来事をきっかけに、獣化したウイルスやゾアノロイドと名乗る者達による謎の事件が多発し始めるのだった。 果たしてビヨンダードとはどんな世界なのか？2体の電脳獣、ゾアノロイドらの目的は何か？謎の赤ん坊ナビの正体は？そして獣化したロックマンにはどんな秘密が？渦巻く数々の謎の中、熱斗とロックマンの新たなる戦いが始まった！！
| Season | From | To | Episodes |
|---|---|---|---|
| All Seasons | |||
| Specials | 0 | ||
| Season 1 | October 2005 | April 2006 | 25 |
| Unassigned Episodes | 0 |
| Season | From | To | Episodes |
|---|---|---|---|
| Unassigned Episodes | 25 |
| Season | From | To | Episodes |
|---|---|---|---|
| Season 1 | October 2005 | April 2006 | 25 |
| Unassigned Episodes | 0 |
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