龍馬（福山雅治）は伏見の船宿・寺田屋で、亡き母・幸（草刈民代）にそっくりの女将・お登勢（草刈民代＝二役）に出会い、思わず泊まることに。そして、お登勢に励まされ、新たな気持ちで神戸海軍操練所に戻っていく。 池田屋で多くの同志を殺された長州藩は、再起をかけて京に攻め入り、会津藩との戦いが始まる。後に蛤御門の変と呼ばれる戦いである。勢いに乗った長州軍に押される会津兵を助けたのは薩摩軍だった。長州藩は総崩れとなり、久坂玄瑞（やべきょうすけ）も自刃する。海軍操練所にも京の戦が知らされ、龍馬は自らの目で戦場となった京を見に行く。焼け野原となった京で龍馬は復讐を誓う桂小五郎（谷原章介）と出会う。龍馬は焼け出されたお龍（真木よう子）を、お登勢に託す。 幕府の内部では、長州を徹底的に叩くべきだという一橋慶喜（田中哲司）と、内戦は避けるべきだという勝麟太郎（武田鉄矢）が対立。勝は海軍操練所閉鎖を命じられてしまう。