歴代最強の陰陽師・玖峨晴嘉は、その強大すぎる力を朝廷に危険視され謀略によって命を落とした。しかし、死の直前に“転生の呪い”を使い、異世界へと転生することに成功し、剣と魔法の世界にセイカ・ランプローグとして生まれ変わる。そうして“狡猾に生きて幸せになる”ことを目標として２度目の人生を歩み始めた彼は魔術の才能を一切持たない代わりに前世から受け継いだ記憶と式神、そして強力な呪力を持っていた。
セイカは陰陽師としての力を使い自身の活躍を“演出”して父を説得。自分を敵対視する兄のグライを決闘で打ち負かし魔法を学ぶための学校である学園都市ロドネアへの入学を認められた。学園にたどり着いた２人は入学の手続きをはじめるが、周囲からは奇異の眼差しが向けられていた。そんな２人の前に平民の生まれでありながら全属性の素質を持つ赤髪の少女「アミュ」が現れる。
いよいよ始まった学園への入学試験において、魔力の代わりに呪力を駆使するセイカと精霊の力を借りたイーファの魔法は凄まじく、実技試験の会場は騒然となっていた。セイカとイーファ、アミュの入学が決定し、アミュによる新入生代表のあいさつが行われることとなったが、そこには異形の影が迫っていた。
魔族が率いるデーモンの軍団を退けたセイカは、特別な力を持ったアミュを利用しようと思い声をかけるが、なかなか距離を縮められずにいた。そんな中、セイカとアミュは開校記念日の式典として学園にある森の中の神殿を訪れることになった。しかし、謎の魔法陣により正体不明のダンジョンへと飛ばされてしまった２人の目の前にはゴブリンやナーガといった強力なモンスターたちが立ちはだかっていた。
デーモン騒動から１年が経ち２年生となったセイカは、ダンジョンでの出来事からアミュとも打ち解け平穏な学園生活を送っていた。そんな中、突然、学園長から呼び出しを受けたセイカは帝都で開催される総合武術大会に出場して欲しいと依頼される。セイカと共に出場することになったのはイーファでも、アミュでもなく、謎の新入生「メイベル・クレイン」だった。
アミュと同じ赤髪を持ち、彼女を模擬戦で負かすほどの戦闘能力を持つメイベルと共に総合武術大会を勝ち進むセイカ。だが、視線に呪いを込め容易く命を奪うことのできる邪眼を使う青年・カイルという危険な相手の登場により楽勝だと思っていた大会が一気に雰囲気を変えていた。さらに大会の裏で暗躍する組織の存在も明らかになり、多くの人々が集まる総合武術大会の場で様々な思惑が交差していく。
大会決勝の前夜、突如、メイベルに寝込みを襲われたセイカは、彼女の真意を聞くために自らメイベルに再接触することを決める。メイベルの口から語られた、カイルとの因縁と、その残酷な真実を知ったセイカは、決意を新たにカイルとの決勝戦へと出場する。邪眼と陰陽道、重力魔法と式神、ぶつかり合う互いの力と技。これまでにない激しい戦いの先でセイカはひとつの決断を迫られることになる。
セイカやアミュたちともすっかり打ち解けたメイベル。そして、季節は夏休みに突入しようとしていた。生徒たちが思い思いに休暇を過ごすなか、セイカは父からの依頼でアスティリア王国に住むというドラゴンの調査へ赴くことになった。そんな矢先、アスティリア王国の王子であるセシリオが学園を訪れセイカを尋ねる。だがセシリオはイーファのことを気に入ってしまい…？
イーファに一目惚れしたというセシリオ王子は、イーファを後宮（ハレム）に誘うが、セイカを想うイーファは困惑する。だがそれだけではなく、王子の側近であるエルフの女性・リゼは、イーファに「セイカという男は危険だ」と忠告するのだった。それぞれの想いがすれ違う中、セイカは問題のドラゴンを調査するため、単身、ドラゴンが棲む山へと向かう。そこで、セイカはドラゴンの意外な真実を目にすることとなる。
アスティリア王国のドラゴン事件を解決したセイカはアミュやメイベルと共に里帰りをする。久しぶりに再会する父や長兄ルフト。そして軍での研鑽によりアミュをも凌ぐほどに大きく実力を伸ばしていた次兄グライは、聖皇女と称されるウルドワイト帝国の姫・フィオナの護衛である聖騎士となっていた。世間知らずなためか、周りの物事に興味津々で接するフィオナにセイカたち一同は振り回されることとなるが…。
１人テラスで過ごすフィオナに話しかけたセイカは「未来視」の力を持つという秘密と彼女の真意の一片を聞かされる。あやふやに、だがはっきりとした意思で語られる崩壊と破滅の未来。その未来を裏付けるかのように魔族の精鋭による脅威もすぐそこまで迫っていた。そんな中、セイカたちはフィオナの馬車に同行し学園への帰路を目指すのだった。
新学期を迎えた学園でセイカは入学式での在校生総代を任されることになる。わざわざ目立つ役割を引き受けたことに疑問を呈するユキにセイカは今までのように神経質に欺くように生きるのではなく、普通に、自然に過ごしたいという想いを語る。だがそんなセイカの思いとは裏腹に学園へと迫る脅威。襲撃者である魔族パーティのリーダー・ゾルムネムは勝利を確信していた。だが…。
突如、学園内に乱入してきた騎士たちによりアミュが連行されてしまう。身に覚えのない帝国への反逆という罪。学園長に話を聞いたセイカは帝国内に渦巻く政治の派閥争いを知る。勇者の生まれ変わりという立場と力に振り回され、目の前から奪われたアミュ。生前に経験した、自身の結末を知る男はその理不尽を前に１つの決断を下す。ついにセイカは最強と謳われた陰陽師の力を解き放つ。
