After the signing of a peace treaty, one of our heroes gets captured by the Bacterians, can the military might of Gradius and our remaining heroes save the prisoner from a fate worse than death?
ダーン達グラディウスの勇者とロード・ブリティッシュ王子の活躍により、バクテリアン軍の脅威から開放された惑星ラティスは惑星グラディウスとの長きに渡る国交断絶状態を解消。両惑星は友好国家として結ばれることになった。しかしその記念式典の当日、出席していたステファニィが突如閃光に包まれ、バクテリアン軍により人工太陽の内部にとらわれてしまう。グラディウス軍は彼女の奪還を図り、同軍の主星バクテリアンへ総攻撃を仕掛ける。攻撃の最中、人工太陽内部に侵入したダーンとロードブリティッシュ王子は首尾よく彼女の救出に成功する。
バクテリアンの斥候・パオラはステファニィを開発中の生体兵器「ゴーファー」に組み込もうとしていたが、やむなく自らがゴーファーと合体。巨大な火の鳥となってダーンたちに襲い掛かった。
Die Planeten Latis und Gradius Frieden geschlossen, der jedoch nicht von langer Dauer ist. Bakterian haben Stephanie entführt, um aus ihr ein Cyberbrain zu machen. Prinz British und Dan machen sich auf den Weg, ihre Freundin zu retten.
