ゾンビっ娘との萌えシチュエーションを夢見る高校生・降谷千紘。 彼はこの数日、街外れの廃墟に籠もって怪しげな実験に没頭していた。 目的は交通事故で死んだ愛猫ばーぶを生き返らせること。 だが深夜になるとコツ…コツ…と近づいてくる足音が。 現れたのは長い黒髪の美少女。 隠れて見ている千紘の目の前で、彼女は井戸に身を乗り出すと突然叫び出して…！？
千紘が廃墟で出会ったお嬢様・散華礼弥は、人には言えない悩みを吐き出す為、夜な夜な井戸に向かって叫んでいたのだ。 お互いの秘密を知った二人は、協力して蘇生薬を作り、ばーぶを生き返らせようとする。だがアジサイの毒を使っても実験は不成功…。 千紘が蘇生を諦めようとする中、礼弥は毒入りの秘薬をこっそりと持ち帰っていた。 一体何のために!?
礼弥の無断外出に激怒した父・団一郎は、一切の外出を禁止してしまう。 その上、千紘を「去勢」するとまで言い出して……!? 慌てた礼弥は家を飛び出し、千紘を捜して街中を駆け回る。一方その頃、千紘の家である紫両寺でも騒ぎが起きていた。 なんと、正真正銘のばーぶが生き返って、元気な（？）姿を見せたのだ！ これはつまり、千紘と礼弥の作った蘇生薬が成功していたということ？ 喜ぶ千紘だが、ばーぶの様子がどこか変で……。
父との口論の末に、礼弥は崖から転落して、はかなくもその命を散らしてしまう。その礼弥が今、何故か千紘の部屋にいた!! こっそり持ち帰った蘇生薬を飲んでいたため、無事に（？）ゾンビとして蘇ったようなのだが……。いろいろ心配する千紘だが、当の礼弥は自分の傷口を自分で縫ったり、初めて男の子の部屋に入ったことで頬を赤らめたりと、死んだと思えないほど明るい表情。こうして始まった２人の秘密の同居生活、一体どうなる!?
ゾンビになった礼弥の身に、いきなり降りかかってきた大問題！ 死後硬直が始まってしまい、体がだんだんと動かなくなってきたのだ!!ろれつの回らない礼弥との会話＝ゾンビっ娘との萌え会話に一瞬テンションが上がる千紘だったが、これは一刻を争う事態。 はたして、千紘は家族に礼弥の存在を隠し通したままで、礼弥の体を維持する方法を見つけられるのか？ そして、何も知らずに千紘の部屋へと入っていった蘭子の運命やいかに!?
正気を失い蘭子に襲いかかった礼弥は、そこへ飛び込んできた千紘の唇を奪ってしまった!! 夢にまで見た「ゾンビっ娘との萌えシチュエーション」がいきなり叶ってしまった千紘だったが、もちろん浮かれている場合ではない。なんとかして礼弥の意識を取り戻さなくては。蘭子に蘇世丸の開発者（らしい）茹五郎じーちゃんを連れてきてもらうが……。はたして千紘はゾンビを作り出してしまった責任をとって、礼弥を救うことができるのか!?
左王子蘭子は、いとこで幼なじみの千紘のことが好きだ。しかしゾンビオタクで人間の女の子には見向きもしなかった千紘が、責任取りの為とはいえゾンビっ娘・礼弥と同居を始めたことで蘭子の心中は穏やかではない。しかも目の前でキスまでされて……。思わぬ強敵の出現に、もやもやする蘭子の脳裏によぎる千紘との過去。最高だった初めての出会いは2人がまだ幼稚園の頃だった。幼なじみは2度恋をする!! 蘭子＆千紘のアーリーデイズ。
アジサイの葉を食べることで礼弥の腐敗を遅らせることが出来ることはわかったが、本当に礼弥を救う方法を見つけるためには地道な観察を続けなければならない。 ──というわけで、礼弥の観察記録を撮るようになった千紘。 撮ってもいい代わりに自分の言うことも聞いてほしいと、礼弥は千紘にショッピングへと連れていってもらう。“普通の女の子”としての時間を楽しむ礼弥と千紘。 そんな２人を監視する怪しい影……。礼弥に危機が迫る!?
千紘と白黒つけたがっているラスボスとの直接対決の前に、今回は閑話休題。降谷家の家事全般をクールにこなすしっかり者の妹・萌路は、新たな同居人である礼弥との距離感にやや戸惑っている。学校ではクラスメイト・忍田一恵が雑誌ムォーのゾンビ目撃情報にすっかり夢中。 親友の八坂御子と萌路を誘いゾンビを発見すべく行動を開始する。……家にはホンモノがいるのだが、何か問題でも？ 降谷萌路、ゾンビとの第4種接近遭遇に成功!?
さらわれた千紘が連れていかれたのは散華家だった。千紘を出迎えたのは妖艶な美女――礼弥の母、亞里亞だ。 しかし亞里亞はゾンビになった娘を心配するどころか、体が腐って醜くなることを喜んでいるかのような様子。 「自分で産んだ娘をよくそんな風に言えるな」咎める千紘に、亞里亞は自分と礼弥の関係、そして散華家の秘密を語って聞かせる。 その上で「慰めてくれない？」と千紘に迫る亞里亞！ 千紘は大人の階段を上ってしまうのか!?
亞里亞の誘惑から逃れたのも束の間、今度は礼弥の父にして散華家当主の団一郎に呼び出された千紘。礼弥に偏執的な愛情を抱く団一郎はどちらが礼弥に相応しいか、千紘にフェンシングでの決着を望むのだった。その頃、千紘を追ってきた礼弥も散華家に到着。出迎えたメイドたちは団一郎に礼弥の足止めを命じられており、抵抗する礼弥にきつい“お灸”を据えようとして……？ 追いつめられた礼弥、そして千紘をつらぬく剣。勝負の行方は!?
壮絶な決闘の末、「治療方法が見つかるまで」という期限付きとはいえ、礼弥を連れて帰ることを認められた千紘。これでまた降谷家に平和な日常が戻ってきた。そんなある日、花火を見てみたいという礼弥に、千紘は花火大会に連れていってやると約束する。しかし雨が降ってしまい花火大会は中止。がっかりする二人だったが、蘭子の提案で自分たちだけの“ちっちゃい花火大会”をすることに――。初夏の夜は、ゾンビに浴衣に線香花火!!?
舞台は、とある鄙びた村。山々が紅葉に染まる季節のお話。別荘で父の求めるままに被写体となる礼弥。蘭子や萌路達と親戚の家に手伝いにきた千紘。まだ中学生だった2人は不思議な縁に導かれ……！？原作未登場の重要シーンも描かれた、はっとり先生原案プロットの完全オリジナルストーリー！！
千紘と礼弥、ゾンビ猫のばーぶが過ごす穏やかな生活。千紘は礼弥の肉体が徐々に腐敗するのを防ぐべく日々思案するが、そんな千紘にお構いなく、礼弥は学校に通い、「普通の女の子」の生活を楽しんでいた。礼弥が今を大切にしたいという気持ちと、千紘が彼女の肉体を守りたいという気持ち。相反する思いに戸惑いながらも、千紘は彼女の運命を受け入れる覚悟を新たにする。そんなある日、フクロウを連れた謎の金髪美少女がやってきて…。
