Season 3

ギャラクターの影の支配者・総裁Xは、科学忍者隊によってついに倒された。だが残された一つのパーツが自我を持ち、総統Zとして復活する。新型メカ・ガッチャスパルタンで戦いに挑む科学忍者隊は、かつてない激闘を繰り広げることになる。

After Leader X is seemingly destroyed for good at the end of Gatchaman II, a fragment of him that survived grows and mutates into Z. With the head of the Egobossler family, Count Egobossler (and his two subordinates Mechandol and Kempler), Z is bent on destroying the Earth, and the Science Ninja Team, once more.

Nella Terza serie, la parte meccanica del cervello del Generalissimo X è sopravvissuta allo scontro finale e riesce a rigenerare un corpo gigantesco, una specie di piramide levitante chiamata Generalissimo Z(Leader Z nell'edizione giapponese). Decide poi di aiutare il conte Ego Bozler, capo di una potente famiglia che ha sempre sostenuto i Galactors da dietro le quinte, nel suo desiderio di conquistare il mondo. Di nuovo si riaccende la guerra tra i Gatchaman ed il Generalissimo, che questa volta insanguina l'intero pianeta, sconvolto dalla guerra di conquista del conte. Ma ben presto i veri piani del Generalissimo Z vengono alla luce: senza più un pianeta a cui fare ritorno, avendo fallito la sua missione precedente, e senza più nemmeno la sua parte biologica, il computer alieno ora intende unicamente vendicarsi distruggendo la Terra con una massa di antimateria proveniente dallo spazio profondo.