2020年、日本国首都の新東帝都で、巨大企業M・B・I社長の御中広人により、極秘プロジェクト「鶺鴒計画」が発動される。 それは、新東帝都に放たれた108羽のセキレイとそのパートナーである葦牙が、生き残りをかけて闘うというものだった。 そんなある日、大学受験で２度目のサクラチル緑ノ少女を味わった平凡でさえない主人公・佐橋皆人に、空から謎の美少女が落ちてきた! その少女の名前は結。彼女は不思議な少女たちに追われていた。そんな結を必死に助けようとする皆人。 すると、皆人の優しい姿に胸の高鳴りを感じた結は、突然、皆人にキスをする！ そして結の背中に浮き上がる鶺鴒紋。 実は結は、新東帝都に放たれた108羽のセキレイの1羽。そして、結が皆人とのキスで羽化したことにより、皆人は彼女の葦牙に選ばれたのであった！ 果たして皆人の運命は！？
アパートを追い出された皆人と結は、偶然行き着いた下宿先「出雲荘」に住む事に。 大家さんの浅間美哉や住人たちの世話になりながら、二人は新生活をスタートさせる。 そんな中、皆人は庭の樹に不思議な少女の幻影を見るが…。
アルバイト先で出会った瀬尾香は、以前結を追っていたセキレイ・光と響の葦牙だった。そんな瀬尾に、半ば強制的に連れられて訪れた植物園で、皆人は彼の夢の中で助けを求めて泣いていた幼い少女・草野と出会う。しかし彼女は、タチの悪いセキレイに襲われていたのだった。
結に続いて草野を羽化させ、皆人は2羽目のセキレイを得た。そんなある夜、出雲荘の大家である浅間美哉といっしょに寝ていたはずの草野が、オバケを見たと皆人の部屋に逃げ込んでくる。髪が長くて眼鏡をかけた女性が鏡の中で笑っていたと怖がる草野の言葉に、美哉は心当たりがある様子を見せるのだが……。
いまだに葦牙と出会っていない未羽化のセキレイである月海は、近ごろ胸の奥にじれったいような感覚を感じていた。それは葦牙が近くにいるという証拠。だが葦牙を下等なサルとして見下す月海は、葦牙と出会い羽化する事を頑なに否定するのであった。
葦牙を嫌っている月海に、皆人は自分のセキレイになってほしいと申し込む。その言葉に怒りをあらわにする月海だったが、光と響の攻撃や瀬尾の脅威から身を挺して月海を守る皆人に心揺れて…！？
皆人の「妻の座」をめぐり、今日も結・月海・草野の３人が張り合う出雲荘。昼メロばりの愛欲の宴(?)に、松は大喜びだ。 そんなある日、結のもとに鴉羽と名乗るセキレイが訪ねて来る。 「黒のセキレイ」と呼ばれ恐れられる鴉羽だが、結はそんな彼女とも親しげだ。 一方、皆人たちは「鶺鴒計画」が新たな局面を迎えたことを知らされ……。
帝都がM・B・I私設軍によって封鎖され、「鶺鴒計画」は第弐段階に移行。ついに帝都を舞台とした、セキレイ達のバトルロイヤルが始まった。 時を同じくして、勝ち名乗りを上げることなく、対戦相手を放置して消える謎のセキレイが出現。 皆人達が警戒を強める中、同居人のうずめは、病の床にある葦牙・千穂がいる病院を訪ねていた。
勝利宣言をしない違反者「比礼のセキレイ」の次なるターゲットは、最弱のセキレイこと久能。 そこに比礼を追う結と月海が現れ、さらに風花と名乗る新たなセキレイが乱入、場は大混乱となってしまう。比礼と風花を取り逃がした結達は、久能とその葦牙・ハルカから事情を聞き、二人の「帝都脱出計画」に協力することになるが…。
久能を守るため、帝都を脱出すると決意したハルカ。だが、外へと続く橋はことごとくM・B・Iに封じられている。そこで瀬尾は「般若」が護る帝都北部からの脱出を提案。問題は、ルール違反者を処罰するセキレイ「懲罰部隊」の存在だ。皆人の願いに応え、ハルカらに協力する結達。だが、月海だけは不戦のセキレイ・久能を認めることができないでいた。
掟破りの帝都脱出計画がいよいよ始まった。松がM・B・Iの監視衛星をハックできるのは約１時間。 その間にハルカらは外へと続く橋を渡りきらなくてはならない。一度は検問所を制圧する草野達だが、 作戦を予期した御中が私設兵を派遣。M・B・I軍に包囲された草野を救うべく、ついに松が立ち上がる！？
懲罰部隊の猛攻に結の鶺鴒紋が消失！ 久能の「ふにゃふにゃのうた」もその場しのぎにしかならず、駆けつけた月海も懲罰部隊に追い詰められてしまう。 ひとり敵に立ち向かおうとする皆人だが、その時、機能停止したはずの結が再起動！？ その身体がまばゆく輝き、腹部に鶺鴒紋が浮かび上がる…！！
草野が初めてお買い物勝負（初めてのお使い）に参戦するエピソード。
「鶺鴒診断」 鉄橋崩壊後、復興作業に追われる新東帝都。 そんなある日、戦闘不可の中立地帯でM・B・Iによるセキレイの健康診断と体力測定が行われる。 会場に続々と集合するセキレイたち。 そこには巨乳合戦で盛り上がる結や月海、風花らの姿と、言い知れぬ怒りを燃やす小さな胸の紅翼がいた―。 「鶺鴒余暇りぞーと」 M・B・I社員専用の豪華保養所を一日限定で葦牙と関係者に解放する、という素敵な招待メールが届く。 海水浴に温泉、身も心も解放されたセキレイたちは羽を伸ばして余暇りぞーとを楽しむ。 しかし、そこには結や月海、風花らの嬉し恥ずかし玉肌巨乳合戦を目撃し、計り知れぬ憤りに震える微乳の紅翼がいた―。
M・B・I主導による厳戒態勢が続く新東帝都。 灰翅に調べさせていた、旧懲罰部隊、謎のセキレイ「結女」の存在にイラつく紅翼。 秘密を知りながら、多くを語らない鴉羽。 鶺鴒紋が反応しながらも、皆人を見守り続ける風花。 千穂のため、ある決意を固めた鈿女。 セキレイの命運を見つめる美哉。 結たちとの平和な日々がずっと続くことを望む皆人。 それそれが想いを掛ける中、不気味な静けさの中で、鶺鴒計画は再び動き始める。 そして遂に、新たなステージの幕が上がろうとしていた――。
ある日の朝、いつものように出雲荘のみんなで朝食を食べていると、 神妙な顔をした松が突然、外出する際は十分に警戒するよう皆に伝えた。 現在の帝都は、今まで平和主義だった葦牙達も、 戦いに参加する程の不安定な状況なのだという。 そんな中、皆人の元に妹のユカリから久しぶりに連絡が入り、 外で一緒に夕飯を食べることに。 護衛を勤めると言ってついてきた月海と皆人、 そんな二人を不穏な姿が見つめていた――。
ユカリとの待ち合わせ場所に向かう途中、懲罰部隊の二人に襲われ、さらわれてしまった皆人。 月海は帝都を必死になって捜し回り、松は監視衛星へのハッキングにより皆人の探索をしていた。 そんな中、いち早く皆人達の居場所に気づき、皆人の元に駆けつけたナンバー03の風花。 そこで風花は、自分の置かれた状況を省みず、 自分のことを守ろうとする皆人の姿に、心打たれ――!?
怪我も順調に回復し、出雲荘へと帰ってきた皆人。 その無事を祝い、出雲荘では皆人のセキレイ達が楽しく宴会に興じていた。 そんな中、寂しげな表情を忍ばせながら、振り切るように出雲荘を後にする鈿女。 皆人のことが気になり、なぜか無性にイラつく篝。 それぞれの想いが揺れ動く中、『鶺鴒計画』を新たなステージへと移すため、御中はとある行動を起こす。
御中より全葦牙を煽るように送信された“羽化前最後の一羽”を知らせるメール。 その知らせが自分のことを記していると気付いた篝は、 危険を顧みず、御中を殺すためM・B・Iを目指して出雲荘を飛び出した。 篝が置いていった携帯の着信に気づいた皆人は、 電話の相手・高美より、篝をなんとしても止めるよう頼まれる。 突然の出来事に戸惑いながらも、皆人下した決断は──。
No.06焰を巡って戦闘状態に入った、 御子上のセキレイ・秋津と比礼のセキレイとして現れた鈿女。 一方、状況を見守る御子上と陸奥のもとには、 氷峨の命を受けた柿崎と複数のセキレイが現れた。 そんな中、徐々に力の安定を失い始めた焰は、 自らメルトダウンすることを選ぶ。 炎に包まれ、最期を覚悟した焰は──。
焰を無事に羽化させ、出雲荘へと連れ帰ることに成功した皆人達。 これまでの無理がたたり２日間眠り続けた焰だったが、その心と体は安定し、出雲荘はいつもの日常へと戻ったようであった。 だが皆人は、『鶺鴒計画』のことを何も知らずに大切なセキレイ達を戦わせている自らの未熟さを再確認し、『鶺鴒計画』について深く知る覚悟を決める。 そして、その決意を受け止めた松より語られたのは、“始まりの懲罰部隊”の存在、そして“鶺鴒計画”と“M・B・I”の深い繋がりを示すとある出来事だった──。
焰の羽化で108羽全ての羽化が完了したことにより、大きな進展を迎えた「鶺鴒計画」。 そんな状況下、御中より全葦牙に向け「未だに勝ち星のない葦牙は、２週間以内に勝ち星を得ない場合、 手持ちのセキレイを強制的に機能停止とさせる」といった文面のメールが送られる。 それを見た葦牙たちは、それぞれの思惑を胸に活動を活発化させるのだった――。
皆人とデートをした帰り道、草野は目の前に現われた猫を夢中で追いかけてしまい、皆人とはぐれてしまう。 迷い込んだ先は、とある病院の庭。 そこで草野は、名前も知らない一人の女性と出会う。 一方、月海は帰りの遅い皆人と草野に業を煮やし、二人を捜すべく出雲荘を飛び出した。 その途中、立ち寄った公園でセキレイ同士の戦闘に遭遇した月海だが、片方のセキレイは“戦わず”の姿勢で――。
草野が落としてしまったぬいぐるみを探しに出掛けた皆人、結、草野、月海の４人は、立ち寄った病院で出雲荘から姿を消していた鈿女と再会する。 しかし喜びも束の間、葦牙である千穂の命を守るため、鈿女は“比礼の鶺鴒”として結と月海に鶺鴒戦を申し込む。 互いに譲れぬ想いを持つ一進一退の激闘が繰り広げられる中、その闘いを監視する人物もまた、動き出し……？
容態が急変した千穂を心配し、病院に駆けつけた皆人。 そこで皆人は遂に、鈿女を操っていた張本人である東の氷峨と出会う。 氷峨は、皆人にとあるものを渡すと共に、千穂の病気が現代医学では治らないものであり、救うための選択肢はたった一つだと告げる。 その可能性を求め行動を起こそうとする皆人。 そんな折、M・B・I社長・御中の思惑により、皆人はとある提案をされるのだった――。
M・B・I社長、御中の待つ帝都タワーになんとか無事に辿り着いた皆人たち。安心したのも束の間、どこからともなく聞こえてきた御中の声は「ここから制限時間60分とする」と無情にも彼らに告げた。エレベーターが作動しない中、皆人たちは階段で頂上を目指すことに。 一方、皆人たちの支援をしようとサーバールームに乗り込んだ松たち。幾多の罠が待ち受ける帝都タワーの中、果たして皆人は頂上に辿り着くことができるのか──!?
帝都タワーに仕掛けた爆弾を起動させ、システムをロックした御中。サーバールームでは、そのロックの解除に奮闘する松と、松を守る草野にガードロボットが迫る。いよいよ二人が絶対の絶命のピンチを迎えた時、そこに意外な人物が現れる。 一方、結と共に頂上に到達した皆人は、御中より千穂の治療データを受け取ることに成功する。だが既にタワーは限界を迎え、倒壊を始めていた……！ 果たして彼らの運命は──!?
