はるか昔、戦争があった。破壊神の力は世界を暗黒に包み、すべての文明を闇に葬ろうとしたが、〈セブンナイツ〉と呼ばれる英雄たちは人の世を存続させることに成功した。時は流れ、破壊神を崇拝する教団〈ピュシス〉は、かつて果たされなかった“救済”を成し遂げるため、破壊の怪物たちを世に放ち、人々はその脅威によって飲み込まれ、死んでいった。〈ピュシス〉に立ち向かうため、はるか古代の英雄たちをその身に宿して戦う〈セブンナイツ〉の少女ファリアは、魔獣の襲撃によって焼け落ちた村でネモという少年に出会う。危機の中、覚醒したネモの力。それはファリアすら瞠目させるものだった――！
〈グランシード学園〉。〈大いなる種子〉と呼ばれるこの学園こそが、英雄をその身に宿し戦う少年少女たちを育み、そして破壊の軍勢と戦わしむる場所だ。 〈セブンナイツ〉の少女ファリアに導かれ〈グランシード学園〉を訪れたネモは、〈ピュシス〉を憎悪する少年剣士ジョウ・ツルギと出会う。 ネモを〈セブンナイツ〉に組み入れようとするファリアに反発するジョウ。 個性あふれる〈セブンナイツ〉と出逢うことで、ネモもまた変わり始める。だが、闇の魔手はそんな平和な学園生活をも飲み込もうとしていた――。
