塾帰りの少年・小山田まん太は、墓場で幽霊と楽しげに会話する不思議な少年と出会う。少年の名は、麻倉 葉。霊と自在に交流し、その力を引き出す「シャーマン」だった。そしてある日、まん太は「木刀の竜」の異名を持つ不良・梅宮竜之介とトラブルになってしまう。葉はまん太を救うため、伝説の侍の霊・阿弥陀丸の力を借りて、木刀の竜に挑む…！
まん太は、葉と出会った墓場でもう一人のシャーマン、道 蓮と出会う。蓮の目的は、強力な霊である阿弥陀丸を手に入れることだった。葉とまん太は、蓮が不良を返り討ちにし、殺そうとしている場面に遭遇する。シャーマンとして、悪戯に命を奪おうとする蓮を許せない葉は、蓮に決闘を申し込む…！
蓮との激戦の末、怪我を負った葉のもとに現れたのは、葉の許嫁である恐山アンナだった。アンナはシャーマンの王を決める「シャーマンファイト」が間もなく開催されることを告げる。それから数日後、葉たちの前に、キョンシーである李白竜を連れた女性・道 潤が現れ、弟である蓮の為に阿弥陀丸を奪おうと戦いを挑まれる…！
安息の地・ベストプレイスを探す木刀の竜と仲間たちだが、中々良い場所が見つからない。そんな竜に、盗賊の悪霊・蜥蜴郎が取り憑き、まん太を人質にしてしまう。阿弥陀丸に恨みのある蜥蜴郎は、竜の仲間たちを無理やり従わせ、葉たちの住む民宿を襲撃。蜥蜴郎の卑怯な策を前に、葉と阿弥陀丸が下した決断とは？
500年に1度現れるという伝説の星・羅睺（らごう）が夜空に流れ、ついに、シャーマンの王を決める戦い「シャーマンファイト」がはじまった。葉はパッチ族の男・シルバに出会い、シャーマンファイト参加のためのテストを受けるが、五つの精霊を自在に操るシルバに、葉と阿弥陀丸は、たったの一撃すら入れられない。激闘のさなか、葉と阿弥陀丸は新たなる力を導き出す！
シャーマンファイトの参加資格を獲得した葉の元に、最初の対戦相手の情報が送られてきた。高層ビルの立ち並ぶ街中、北海道からやってきたシャーマン・ホロホロと対峙する葉。雪と氷を操るホロホロの猛攻を前に、苦戦する葉と阿弥陀丸が見つけた、わずかな勝機とは……！？
ホロホロに勝利した葉。次の対戦相手は、死体を自在に操るネクロマンサーのファウストⅧ世。穏やかな佇まいで現れたファウストは、葉に己の夢を語る。次第に激しさを増していく戦いのさなか、ついにファウストの狂気と凶暴性が姿を見せ始める……！
ファウストとの戦いに巻き込まれ入院していたまん太は、葉から突然「お前は友達じゃない」と突き放されてしまう。失意の中、海外へ留学しようとするまん太だが、やはり葉のことが忘れられず家族の元を飛び出す。そんな時、まん太が出会ったのは意外な人物だった…！
ついにシャーマンファイト予選の最終戦。本戦への出場を決める運命の一戦、その対戦相手は、かつて激闘を繰り広げた因縁のライバルである道 蓮だった。すべてを破壊すると豪語する蓮の猛攻に、葉と阿弥陀丸は何度も追い込まれる。迫り来る蓮。立ち上がる葉。激闘の末、勝利を手にするのは、果たして…！？
全てをぶつけ合った葉と蓮は、シャーマンファイト本戦への出場資格を獲得。本戦出場を記念して、葉たちは蓮とホロホロを迎え、民宿「炎」で打ち上げを決行する。ある日、たまおと買い物に出ていた葉は、突然、怪しげな僧侶に襲われる。そんな２人のピンチを救ったのは、新たな能力に目覚めたあの男だった…！
過去の因縁を断ち切るため、中国の実家に戻った蓮は、キョンシー部隊を引き連れた父・道 円に敗れ監禁されてしまう。円の目を逃れ、道家を脱出してきた馬孫により、蓮のピンチを知った葉たち。囚われた蓮を救出するため、中国の歴史の陰で暗躍してきたシャーマンの一族・道家に挑む！
蓮の救出に成功した葉。自分の信念を貫くため、道家の闇との決別を決めた蓮。そして、ついに葉たちの前に姿を現した道家の長・道 円。葉たちは、人間離れした体躯と巫力を持つ円を打倒することができるのか？攻撃を受けてもビクともしない強靭な円の体に隠された秘密とは……！？
シャーマンファイト本戦に向け、思い思いに準備の時を過ごす葉たち。横茶基地を訪れた一同の前に現れたのは、未来王を名乗る少年・ハオ。不可思議な出会いも束の間、選手たちを乗せて出発した飛行機の中で、ついに、シャーマンファイト最初の試練が始まった！
パッチ族を敵視する女性・リリララによって、ハオの野望と危険性を知った葉たち。旅を続ける一同の前にリゼルグ・ダイゼルと名乗る少年が現れる。突然現れ、自分を仲間にして欲しいと言うリゼルグに対し、葉たちは警戒を強める。一触即発の空気が流れる中、葉が下した決断とは！？
アンナは、葉明から麻倉家に古くから伝わる書物「超・占事略決」を葉に届ける役目を託される。一方、新たな仲間にリゼルグを加え、パッチ族の村を目指す葉たちだったが、雪山で遊んでいたホロホロの元から、突然、コロロが姿を消してしまった……。
ホロホロと合流し、再び旅を続ける葉たちは、かつてのパッチ族の村「メサ・ヴェルデデ」へとたどり着いた。観光地化していた村の奥で見つけた、怪しげな立ち入り禁止区域へと足を踏み入れる葉たち。しかし、そこには、恐るべき強敵が待ち構えていた！！
血を媒介にするシャーマン、ボリス・ツェペシュ=ドラキュラに挑む竜は、葉の祖父・葉明との修行で手に入れた、新たなる力を解放する！一方、葉たちを追って「メサ・ヴェルデデ」にたどり着いた、まん太とアンナの前に、まさかの人物が姿を現した……。
洞窟を抜けてパッチ族の村へとたどり着いた葉たちは、シャーマンファイトの真の目的である“グレート・スピリッツ”の全貌を目の当たりにする。そんな彼らに１人の陽気なシャーマンが声をかける。彼はこの先、共に戦ってくれるチームメイトを探しているのだと言うが……。
行方をくらましたリゼルグを探す葉たちの前に現れたのは、予選で激闘を繰り広げたファウストⅧ世だった。葉たち以外に知り合いがいないファウストから意外な提案を持ちかけられる。そして、ついにシャーマンファイト本戦の幕が開ける！！
トーナメント第１試合。「チームTHE蓮」の前に立ちはだかったのは、ハオの手下である「土組」のシャーマンたち。卑劣な手段で戦うシャーマン・ペヨーテ・ディアスに追い詰められ、絶体絶命のピンチに陥ったチョコラブは、かつて出会ったある人物との日々を思い出していた……。
蓮たちの勝利を祝う葉たちの元に、シャーマンファイト第２試合の中継が飛び込んできた。打倒ハオを悲願とする「X-LAWS」のトップ「X-Ⅰ」VSエジプトの神秘を司るシャーマンチーム「ナイルズ」。そこには、葉たちの前から姿を消した、あの少年の姿があった……。
ついに葉たち「ふんばり温泉チーム」の試合が始まった。対戦相手は、極寒の地を生き抜いたシャーマンチーム「ICEMEN」。次の試合を「一撃で勝つ」と言い切った葉に敵意を向けるICEMENだが、超・占事略決により、新たな力を手にしたあの男が、ついに動き出す！！
ファウストの新たなオーバーソウルと、その圧倒的な巫力に圧倒されるICEMENだったが、一瞬の隙を狙って反撃を開始する。葉に向けて放たれた相手の氷結攻撃をとっさにかばい、氷漬けにされてしまった竜。ふんばり温泉チームの初戦の行方は……？
「ICEMEN」との試合を終えた葉は一人、リゼルグの元を訪れる。久しぶりの会話を交わす二人だったが、その様子を影から見ている者たちが……。そして翌日、トーナメント会場では、ついに「X-LAWS」のチーム「X-Ⅲ」と、ハオ率いる「星組」による対決の火蓋が切って落とされようとしていた。
「X-Ⅲ」による命を賭けた一撃すらも、ハオには全く届かなかった……。その事実を前に、無力感を味わう葉。しかし、持ち前のユルさで立ち直り、すべてを受け入れる決心をした葉は、仲間たちに麻倉家とハオとの千年に及ぶ因縁、そして己の出生の秘密を語りはじめる……。
葉によって明かされた驚愕の真実に動揺を隠せない一同だが、それでも仲間たちの絆は揺るがない。その後、葉たちと別れた「チームＴＨＥ蓮」の前に、仮面で顔を隠した怪しげな修験者が現れる。君たちはまだまだ強くなれると語る、その人物の正体とは！？
葉の父・幹久の圧倒的な強さを前に、実力の差を思い知らされた蓮だが、ついに幹久の攻撃を見極めることに成功し、新たな力を手に入れる。本格化していくシャーマンファイトの裏で暗躍するハオたち。喜ぶ幹久と「チームＴＨＥ蓮」の元に、魔の手が迫っていた！！
ハオの手下の１人、ペヨーテ・ディアスの凶刃に倒れた蓮。瀕死の蓮を連れ、なんとか逃げ切ろうとするホロホロとチョコラブ。そこへ、葉たち「ふんばり温泉チーム」が駆けつける。ファウストでも治せないほどの酷い傷を負った蓮だが、そんなピンチに葉が呼んでいた意外な助っ人とは？
蓮を救うため、ジャンヌが示した条件はあまりにも残酷な提案だった。一方、アンナ、たまお、道 潤は、幹久のチームメイトであるルドセブたちを助けるべく、ハオの手下である花組に挑む。戦いがヒートアップする中、戦いに割って入ったのは……！？
ジャンヌの示した条件を飲み、シャーマンファイトを辞退した葉。彼の決断を受け入れ、思い思いの気持ちで去っていく仲間たち。全てを受け入れ、シャーマンキングへの道を諦めた葉を前に、アンナは、2人の出会いを思い出していた。
顔も知らない許嫁に会うため、マタムネと共に旅に出た幼き葉。だが、アンナと出会った葉とマタムネの前に、鬼が現れ暴れまわる。マタムネに助けられ事なきを得た葉だったが、アンナは葉を拒絶し突き放してしまうのだった……。
ほんの少しずつではあるが、お互いの距離を縮めた葉とアンナ。年の瀬も迫る中、葉は一緒に初詣に行かないかとアンナを誘う。だが、人の心が読めてしまうアンナの能力によって、事態は急展開を迎える！
人々の念によって生まれた大鬼は、アンナを連れて逃げてしまう。彼女を救うべく、恐山へと足を踏み入れる葉とマタムネ。アンナの能力によって呼び寄せた霊を喰らい、強大になった大鬼を討つ術は果たしてあるのか……。マタムネが葉に語る、たった一つの勝算とは！？
ジャンヌによる蓮の蘇生が完了し、葉のシャーマンキングへの道が閉ざされてしまう。一方、死を乗り越えた蓮の巫力は劇的にパワーアップしていた。その頃、優勝候補たちとの圧倒的な巫力の差にショックを隠せないホロホロは、人知れず海岸を訪れていた……。
ハオの手下である、ブロッケンたちに襲われていた「ICEMEN」を助けるべく、加勢に入ったホロホロ。圧倒的な巫力を持つブロッケンを突破するため、ホロホロが秘策を繰り出すが尚もピンチが続く。危機的状況の彼を救ったのは、思いもよらない人物だった！
幹久のチームメイトであり、ゴーレムを操るルドセブとセイラーム兄妹。彼らの父を殺したのは、あの男だった。復讐のために過ちを犯そうとする二人の前に、悲しみの連鎖を断ち切るべく、葉が立ちあがる！！
ゴーレムの膨大な巫力を狙うハオに襲われ、ピンチに陥る葉とルドセブたち。しかし、葉のオーバーソウルを見たハオは、突然立ち去ってしまう。だが今度は、不足したエネルギーを求めるゴーレムが暴走を開始。迫りくるゴーレムを前に葉は、ある作戦を提案する。
突然葉たちの前に現れたオパチョ。ハオのおつかいでやって来たオパチョから伝えられたのは、葉にとって根が深い問題だった。シャーマンキングへの夢と交わした約束。自分は一体どうするべきなのか？葉が出した結論とは……？
シャーマンファイトに復帰するため、X-LAWSと交渉しに来た葉だったが、ラキストの乱入により、混戦状態へと突入する。激突するマルコとラキストを止めるべく、ある作戦を実行する葉とリゼルグ。激しさを増す戦いの中、X-LAWSのリーダーであるジャンヌが姿を現す！
ハオ一派、X-LAWSに続く、三大勢力であるガンダーラの「チーム・明王」と「チームＴＨＥ蓮」の試合が始まった。オーバーソウルを無効化するヤイナゲの不可解な技に苦戦する蓮が新たなる力を解放する！激闘の末に勝利を掴み取るのはどちらか！？
ホロホロの活躍により「チーム・明王」に勝利した「チームＴＨＥ蓮」。だがそれは「ふんばり温泉チーム」との対戦を意味するのだった。また、ハオ組勢力も着々とシャーマンファイトを勝ち上がっていく。その頃、決意を新たにする葉たちの元に、怪しげな集団が近づいていた……。
ガンダーラのリーダー・サティの手により、地獄に堕ちた葉。地獄の奥底で葉の前に現れた人物の正体とは？そして、ガンダーラが葉たちを地獄へ送った真意とは？混迷を極めるシャーマンファイトの最中、葉たちの前に、かつてない試練が立ちはだかる！！
葉たちが地獄での特訓をしている頃、現世では、ハオの差金による不意打ちに倒れたジャンヌを守るべく、マルコとたまおが必死に抵抗を続けていた。また、ハオに敗れたX-LAWS「X-Ⅱ」の最後の抵抗が、思いもよらぬ危機を招いていた。
真意の読めないハオに不信感を募らせ、離反するハオの手下たち。そして、奥の手を使いハオに傷を負わせることに成功したアンナに対し、ハオは、究極のオーバーソウルを顕現させる。一方、葉たちは決着を付けるべく、再びシャーマンファイトの舞台に立つ！！
ついに幕を開けた「ふんばり温泉チーム」VS「チームＴＨＥ蓮」。雷の如き苛烈な蓮の巫力、ホロホロの凍てつく巫力を受けた葉が、反撃しようとしたその刹那、スタジアムに意外な人物が乱入した。さらに、ガンダーラのサティが発した言葉により、事態は思わぬ方向へと転じていく……！
決戦の地へと赴く葉たちの前に、所属不明の大艦隊と、X-LAWS最強の切り札が立ち塞がるが、ハオの圧倒的な力により一掃される。そして、第２トーナメントの会場へと足を踏み入れた葉たちが下した、まさかの決断とは……！！
ついにシャーマンファイトの勝者が決定する。人類の滅亡を阻止するため、ハオとグレートスピリッツとの融合を阻止しようとする葉たちだったが、新たなシャーマンキングの誕生を守るべく、パッチ族が行く手を阻む。その中には、かつて葉を導いてくれた、あの男の姿が！？
あらゆる自然環境を再現した十のプラントと、それを守る十人の祭司の撃破。それがハオの下にたどり着く唯一の方法であった。仲間たちの尽力と犠牲により、着々と前に進み続ける葉たちだが、ついに、ハオが王の社へとたどり着いてしまう。新たなシャーマンキングの誕生まで、ほとんど時間は残されていない——！
ホロホロの担当祭司であるカリムの元へたどり着いた葉たちは、度重なる激闘により体力を消耗していた。カリムの忠告により、ひとまず体を休めることにした葉たちのもとに、思いも寄らない“プレゼント”が届けられる。それは、ハオを倒すための切り札となりえるのか！？
高原プラントで束の間の安息を終えた葉たちは、改めて祭司カリムへと挑む。再開された死闘の最中、ついにホロホロの抱えていた闇が明かされる……。そして、残りのプラントを踏破していく葉たちの前に、ついに、あの男が立ちはだかる！！
９人目の祭司であるシルバを倒し、最後のプラント『宇宙』へと足を踏み入れる葉たちの前に、最後の祭司・ラザホーが立ちはだかる。不可解にして強力無比なラザホーの技を前に、絶体絶命のピンチに陥る葉たち。そしてついに、誰もが恐れていた究極の絶望が目を覚ます……！！
ついにシャーマンキングへと至り、新たなる神となったハオ。圧倒的な力を前に、次々と倒れていく仲間たち。人類滅亡へのカウントダウンが進む中、霊と対話するシャーマンである葉たちは、まだ希望を捨ててはいなかった――。
ハオがシャーマンキングとなり、戦いの幕を閉じたシャーマンファイトから14年後のふんばりが丘。麻倉 葉とアンナの息子・花は、麻倉家の次期当主。両親の才を受け継ぎ、シャーマンの力を使いこなすも、養母のたまおから力を制限するよう言われ、鬱屈した日々を送っていた。しかし、裏麻倉家の次期当主を名乗る葉羽が現れ、その日常が一変。新たな戦いの幕が上がる。
オーバーソウルでぶつかり合った花と葉羽。これまで同等の力で戦える相手が周囲にいなかったため、喜びを覚えた花。それと同時に、葉羽から寂しさや自身と似た境遇を感じる。そんな中、今度は葉羽の姉・路菓が花の前に現れる。そのオーバーソウルは驚くべき形態を持つものだった。
葉羽＆路菓との戦いで絶体絶命のピンチに陥った花だったが、自身の許嫁と名乗る少女、アルミ・ニウムバーチに救われる。アルミが花のもとにやって来た理由は、これから起こる戦いのためだと言い……。そんな中、花が通う森羅学園に転校生として葉羽が入学してくる。
敵同士にも関わらず、学校に通ったことのない葉羽に「転校生の宿命」を教えたり、中2臭溢れる言動を注意したりと世話を焼く花。ずっと友達に憧れを抱いていた葉羽は、花にも友達がいないとわかり、勝手に「友達一号」を名乗る。再び刃を交える時まで平穏に過ごそうと決めた最中、2人の前に新たな転校生が現れ……!?
路菓の手により、阿弥陀丸が石化されてしまった。持霊がなくなった花は、竜次の必殺技「不良呂布（ワルのりょふ）」を脳天に喰らい、気絶してしまう。竜次を使い、そのまま花の息の根まで止めようとする路菓。その様子を見て姉が何かに操られていると悟った葉羽は、彼女のオーバーソウルを解除しようとするのだが……。
過去に死を経験し、ハオによって生き返らせてもらった花。その際の条件が「鬼」の力を宿すことで、花が二度と死ねないように、瀕死の状態になるとその力が発動するようになっていた。その事実を知り、落ち込む花。阿弥陀丸がいないと何もできないとわかり、自身の無力さを痛感する。
自分はいったい何者なのかと、墓地の高台で悩む花。その背後から急に話しかけてきたヤンキー風シャーマン・伊吹ガッコにケンカを売られたと理解し臨戦態勢へ。オーバーソウル・NAMA-HAGEを繰り出すガッコに、自らに宿された「鬼」で対抗する花。次第に正気を失い、花は巨大な鬼の力に取り込まれていく。
鬼化した花の力をおさめたと思ったのも束の間、再び鬼化した花を前にピンチに陥るガッコとナマハ。その瞬間にアルミが現れ…。アルミはガッコを「チームハオ 対鬼師団長」と呼び、合流した葉羽をガッコに「チームハオの仲間」だと紹介。何が何やらわかっていない花と葉羽に対し、アルミは『フラワーオブメイズ』の説明を始める。
花の姿を見て、突然襲い掛かって来た道 黽。ガッコと葉羽が応戦するが、強大なシャーマンの力を持つ黽に手も足も出ない。それを見ていた花は、 あれほど止められているにも関わらず鬼を発動させ「闇鬼」となる。黽の持霊・シャマシュに強烈な一撃をくらわすも、その際、花の頭に“ある記憶”の断片が流れて来る……。
「お前には決定的に欠けているものがある」――グレートスピリッツの中で葉からそう言われた花。「無無明亦無」を喰らって気絶し、目を覚ますと知らない島の海岸に横たわっていた。そこで、敵機に撃墜されてこの島に不時着した桜井咲太郎という男と出会う。
自身が死んでいると理解した桜井は、現実世界では海に沈んでいる戦闘機と己の遺骨を「国に届けてほしい」と花に願う。無理だと断る花だったが、そこにハオが送り込んだタリムが現れ……。その頃、現実世界では黽が竜之介に母の媒介「アイアンメイデン」を見せるよう言うのだが、何者かにニセモノにすり替えられていた。
戦時中、敵軍パイロットの間で「デスゼロ」という異名がつくほど恐れられていた桜井。そんな桜井を花の持霊にしようとするハオの策略を読み、阻止すべく羊介がグレートスピリッツまでやって来る。奇妙なカードを使い、花の能力をコピーしたり、心を読み取ったりと力を見せつける羊介。花はまったく反撃できず……。
羊介に吹き飛ばされた後、気が付くと整然と戦闘機が並ぶ飛行場にいた花。そこで、これまで一緒に過ごしたときとは風貌の異なる桜井と出会う。花がたどり着いたのは、桜井が特別攻撃隊として出撃する前日だった。しかし、出撃する前に基地が敵襲を受けてしまい――。果たして花は、無事にこの「プチ修羅地獄」から抜け出すことはできるのか!?
