鉄 刃は真のサムライを目指し、父である剣十郎たちと共にジャングルで日々修行に励んでいた。ひょんなことから剣十郎とジャングルで出会ったトラ・カゲトラと日本に戻り、父の友人である峰家に居候することに。峰家の娘・さやかは破天荒な刃に戸惑いながらも暮らし始める。ある日、さやかと共に彼女の通う学校に訪れた刃は、剣道の実力者である、鬼丸 猛と運命的な出会いを果たす。
鬼丸と勝負するため、どうにかして気を引こうとする刃。全く相手にしない鬼丸だったが、ジャングルから刃を追いかけてきたハゲタカ・庄之助に、大事にしていた鳩小屋を荒らされたことによって、ついに喧嘩が勃発する。刃のでたらめな剣により屈辱を受けた鬼丸は、悔しさの勢い余って自宅の灯篭を破壊してしまう。すると偶然にも、地下室へ繋がる階段と、魔剣・風神剣を見付けるのだった。
刃の元に、今度は鬼丸が勝負を挑んできた。ツノが生え、普段と様子の異なる鬼丸に違和感を覚えるも、戦いに奮い立つ刃。しかし、風神剣を手に入れた鬼丸の力に圧倒され、己の弱さを自覚する。鬼丸に対抗するには、もう一つの魔剣である雷神剣が必要であることを、父・剣十郎から聞かされる。雷神剣を手に入れるため、現在の所有者であり400年前から生きているという剣豪・宮本武蔵に会いに天狗岳へと向かうのだった。
雷神剣を手に入れたものの、雷神の力に呑みこまれ、暴走してしまった刃。剣を自在に操れるようになるために、武蔵から修行を受ける。一方、鬼と化した鬼丸は儀式によって八鬼を生み出す。さらに国会議事堂を襲撃して日本を乗っ取ってしまう。そして、刃が持つ雷神剣も狙う鬼丸は、八鬼のカエル男とヘビ男を刃の元へ差し向けるのだった。
武蔵の因縁の相手であり、古の剣豪・佐々木小次郎が持っていた魔剣・物干し竿を調べるため、巌流島を目指す刃たち。しかし道中、鬼丸の手下・八鬼の内の一鬼である、ナメクジ男に襲われ疲労困憊。そんな中、立ち寄ったのは下呂温泉。怪しい番頭から百万人目の通行人だと持て囃され、よく分からないまま温泉旅館に招待されることに。温泉を楽しむ刃たちだったが、雷神剣を狙う新たな魔の手が忍び寄る・・・？
ナマコ男が加わり、再び巌流島へと目指す刃たち。その道中で名古屋を訪れた一行は、のん気に味噌串カツを堪能していた。その時、何者かの声が聞こえてくる。次の瞬間、さやかの串カツが無くなっていた。突如現れたバットガイと名乗る男に雷神剣を狙われる刃は、あまりの強さに防戦一方。すかさず助けに入った武蔵だったが、バットガイに首筋を噛まれてしまう。すると、武蔵の体に異変が起こる。
ついに巌流島に到着した刃たち。一方、鬼丸の命令によって先回りしていたクモ男によって、佐々木小次郎が復活させられていた。しかし、急に復活させられたため、状況を飲み込めない様子。老いた武蔵のことも始めは認識できないようだったが、武蔵が挑発したことにより戦いが始まる。ところが、黄泉の国から舞い戻った400年前と変わらぬ姿の小次郎に武蔵は追い詰められてしまい、助けに入った刃もピンチになってしまう。
佐々木小次郎の必殺剣「つばめ返し」により、危うくやられる寸前の刃だったが、クモ男が開けた時空の穴に吸い込まれてしまい、気が付くとそこは400年前の世界。元の世界に戻るためには、武蔵が歴史通り、巌流島の戦いで小次郎に勝つ必要があった。しかし、刃の余計な一言により、武蔵の戦略が崩れ、歴史が変わろうとしていた・・・！？
武蔵の修行の成果によって、暴走せず雷神剣を操れるようになった刃。しかし今の刃では剣の力を扱うだけで、相当な気力と体力を消耗してしまっていた。そこで巌流島から峰家に帰ってきた刃たちは、何故だか家に居る小次郎や武蔵とともに、鬼丸に対抗できる新たな必殺剣を編み出すべく、さらに修行をするのだった。
修行の末、新たな必殺剣「かみなり斬り」を習得した刃は、ついに鬼丸城へ攻め入る。城を守る黒鬼たちを薙ぎ払い突き進む刃だったが、鬼丸を目前にしてクモ男の策略により、刃たち一行は城の底へとバラバラに落とされてしまう。そこで待ち受けていたのは、城の中とは思えない景色と、鬼丸が用意した新たな手下、鬼丸四天王たちであった。
鬼丸四天王を倒し、余裕を見せる刃。しかし、すでにその背後には、鬼丸が待ち構えていた。鬼丸は冷静に刃を日本征服の同志に誘うが、刃は自分は正義の味方であると主張する。力を手に入れる前から衝突を繰り返し、相容れることのない二人の運命は変わらない。さやかから雷神の玉を受け取った刃は、本来の雷神剣の力を開放する。古来より続く雷神剣と風神剣の戦いが、ついに始まるのだった――
決戦は、刃は雷神の玉を奪われ、鬼丸は風神剣を折るという痛み分けの結果となった。鬼丸軍団は消息不明となり、日本には束の間の平和が訪れていた。そんな中、近所で女性の「道場破り」が話題になっていた。いつも通り武蔵と修行をしていた刃は、さやかに買い物を頼まれ出掛けて行く。そして刃が留守の間に、噂の道場破りが峰道場へ来てしまう。彼女は、自分が刃の許嫁だと名乗っていて・・・！？
雷神の玉を鬼丸に奪われてしまった刃だが、空を飛べるという「龍神の玉」の存在を知り、手に入れるため、再び旅に出ることに。撫子の持つ古い地図によると、いくつか玉のありかは書いてあるものの、どれが龍神の玉なのかは分からないようだ。まずは刃一行は、地図が示している琵琶湖に向かうことに。一方、鬼丸は刃たちが龍神の玉を求めていることを知り、古の剣士剣豪の魂を使って新たな刺客を生み出し、刃たちの元へ差し向ける。
琵琶湖にあったのは龍神の玉ではなく、「水の玉」だった。どうやら龍神の玉の他にも伝説の玉があるようだ。次なる玉のありかを目指し、向かうは四国。剣山にはその昔、金長ダヌキが封じ込めたという伝説の玉があるらしい。玉を探す刃たちに忍び寄るは、忍者・風魔小太郎。そして、鬼丸は「鬼丸天下統一プロジェクト」を計画し、日本の全てを手中に収めようと、着々と準備を進めるのだった。
今度は四国で、変身することができる「金の玉」を手に入れた刃たち。次なる玉のありか・九州を目指す。さっそく金の玉の力でイカダに変身して、皆を乗せ向かうのだった。九州に到着した刃一行は、いつかの敵であったヒトデ男と再会する。話によると、伝説の玉が阿蘇山の火口の奥底に眠っているらしい。早速、ヒトデ男の案内で向かう刃一行。その後を、ひっそりとクモ男と天草四郎が追っていた。
