黒い新幹線、「ファントムシンカリオン」から聞こえた声は、行方不明だったイナのものだった。タイセイはショックのあまり、適性値が下がりシンカリオンに乗れなくなってしまう。
全国各地で出現したアンノウンを撃破すべく各地へとアカネ・リョータ・テン・シオンが出発する一方、未だ適性値が回復しないタイセイはメタバース内に閉じこもってしまう。
そんな彼の前に現れたのは……。
Голос, доносящийся из черного синкансена Фантом Синкарион, принадлежал пропавшему Ине. Тайсей был так шокирован, что его уровень совместимости упал, и он больше не смог сесть в синкарион. Тем временем Акане, Рёта, Тэн и Сион отправляются в разные уголки страны, чтобы уничтожить появившихся Анноунов, в то время как Тайсей, не восстановивший свой уровень совместимости, заперся в метавселенной. И вот перед ним появляется...
