国民航空に勤める恩地元（上川隆也）は先輩の八馬（板尾創路）の画策により不本意ながらも労働組合の委員長を引き受ける。同期で副委員長の行天四郎（渡部篤郎）とともに労働環境改善を目指し立ち上がった恩地は桧山社長（古谷一行）と激しく対立。一歩も譲らない恩地率いる労組に対抗するため、会社側は切り札として堂本取締役（國村隼）に労使交渉を任せる。そんな中、問題となっていた人員不足による事故が発生する。
人員不足による過重労働が引き起こした整備士・中川（徳重聡）の事故死。その現実を目の当たりにした恩地はこのような事態が続けば“空の安全”が脅かされ、大きな事故につながると危惧する。しかし、労働環境改善のための団体交渉は冷酷無比な堂本取締役を相手にして一向に妥結の糸口が見つからない。追い詰められた恩地、行天ら労働組合はついに国民航空始まって以来のストライキ権を行使することとなる。
恩地たちが決死の覚悟で挑んだ首相フライト阻止のストライキにより労働環境は劇的に改善された。労組の次期委員長は沢泉（小泉孝太郎）に引き継がれるが、常務に昇格した堂本の画策によって、恩地はパキスタン・カラチへの転勤を命じられる。組合活動に対する報復人事と憤る沢泉たちがビラをまくなど抗議活動をする中、恩地は意を決して桧山社長に直談判する。一方、行天は堂本常務の懐柔策に心が揺れ動き始める。
恩地は桧山社長の「2年で帰す」という言葉を信じ、パキスタン・カラチに赴任するが、カラチ支店では今までの組合活動を理由に駐在員たちから白い目で見られる。やがて、日本で離れて暮らしていた家族をカラチに呼び寄せ一緒に暮らし始めるが、妻・りつ子（夏川結衣）や子どもたちは慣れない異国での生活に困惑する。そんな中、労組や恩地と決別した行天は、出世コースであるロサンゼルス支店への栄転が決まった。
恩地はカラチからさらにイランのテヘランへ飛ばされた。桧山社長との「2年で帰す」という約束が守られず、2度目の海外転勤に納得のいかない気持ちだったが、テヘラン支店長・島津（永島敏行）には信頼を寄せ就航準備の業務に励む。その最中、日本から恩地に予期せぬ訃報が入り、急いで帰国の途に就く。一方、ロサンゼルス支店の行天も、堂本常務と八馬から国航労組をつぶすための極秘任務を命じられ、日本に緊急帰国する。
信頼していた島津支店長が去った後も、恩地は本社への復帰を信じテヘランでの総務の仕事に耐えていた。しかし、恩地を待つ沢泉ら国航労組の仲間もまた不当な人事異動で閑職に追いやられる。一方、ロサンゼルスでの事故処理対応で評価が高まった行天は、本社秘書課長に昇進し順調に出世コースを歩む。恩地は国航労組と今後関わらないことを条件に本社に帰任する話を持ちかけられるが、組合員のことを想い提案を断わってしまう。
会社の懐柔策に屈せず信念を貫いた恩地に待っていたのは、僻地アフリカへの左遷であった。痛々しいほど自らを孤独に追い込んでまで会社と闘おうとする恩地の姿に、りつ子たち家族は戸惑いを隠せないでいた。恩地の復帰を信じ国航労組に残っていた三井美樹（檀れい）も、差別人事による過酷な業務に体調を崩してしまう。それとは対照的に出世の道を突き進む行天のもとに、国民航空機の墜落事故発生の一報が入る。
度重なる国民航空機の事故。ナイロビ営業所の恩地も得意先の安否確認に奔走するが、事故原因が人為的ミスであることを知り愕然とする。しかし、行天をはじめ経営幹部は多くの犠牲者を出したにも関わらず、事故の責任を取らない。依然として変わらない会社の体質に加え、念願だった就航交渉を打ち切られた恩地の怒りは頂点に達する。そんな中、国民航空の安全問題が国会で追及されることになり、事態が大きく動き始める。
1985年、ホテルの大広間で国民航空創立35周年記念パーティーが行なわれていた。堂本社長（國村隼）、行天取締役（渡部篤郎）らが政財界の大物たちを出迎える中、会場には約10年の僻地勤務から日本に帰任していた恩地（上川隆也）の姿があった。パーティーのさなか、国民航空の大型旅客機がレーダーから消えたという一報が入る。すぐに現地へ向かった恩地だが、事故の惨状を前に呆然と立ち尽くすしかなかった。
体育館では鑑識の警察官や医師らによって、事故現場から運ばれた遺体の検視作業が進められていた。現地に来ていた恩地は乗客の家族のお世話係となり、身元確認をする遺族の悲嘆を目の当たりにする。事故原因が明らかにならない中、未曾有の大事故を起こした責任を取り、堂本社長は記者会見で辞意を表明。行天は愛人関係にある客室乗務員・小川亜紀子（長谷川京子）に堂本の失脚を契機に自分は常務昇格を狙うと告げる。
大阪の遺族との補償交渉を任された恩地は、初めての仕事に戸惑いつつも担当する家庭を訪ねる。夫を亡くした鈴木夏子は幼い息子を持ちながらも昼間から酒を飲むほど自暴自棄になり、姑とは補償金のことでもめていた。恩地は残された家族の苦しみに寄り添おうとするが、補償のプロの異名を持つ遺族係・古溝と意見が対立する。補償交渉が難航する中、堂本社長は弔問先の遺族の家で「誠意が感じられない」と怒りを買う。
事故から数カ月がたち、国民航空は恩地ら遺族係が見守る中、身元不明ご遺体出棺式を執り行なっていた。出棺式で初めて一堂に会した遺族たちは互いに慰め合い、幼い息子を亡くした杉内芳美（麻生祐未）の提案により遺族会が発足する。そんな中、利根川総理（平幹二朗）とその影の参謀・龍崎一清（橋爪功）は信頼を失墜させた国民航空の建て直しのため、関西紡績会長の国見正之（長塚京三）にトップ就任を要請する。
恩地が大阪の遺族と厳しい補償交渉を続ける中、利根川総理の要請に応じトップに就いた国見会長のもと、国民航空の新体制が始まる。会社再建のため絶対安全の確立を誓う国見会長は分裂している労働組合の統合が急務と考え、分裂前の組合の委員長であった恩地を東京に呼び寄せ面会する。一方、取締役の行天は国見会長から退社を迫られた堂本を見切り、新首脳陣の海野社長（佐野史郎）と三成副社長（升毅）に近づく。
国見会長は恩地を抜擢し期待を胸に会長室制をスタートさせるが、早々に側近の海野社長から旧労組委員長であった恩地の存在意義を否定される。また、国民航空再建のため労組統合を急ぐ国見会長に対して、新生労組側の八馬、岩合（陣内孝則）、轟（高嶋政伸）らは抵抗の姿勢を示していた。そんな中、行天は三成副社長の推薦で常務取締役に就任し、妻・麗子（若村麻由美）を差し置いて愛人関係の亜紀子と昇進を祝っていた。
国見会長の指示のもと国民航空・生協の不正を調べ始めた恩地であったが、利権を握る国航開発社長・岩合と同会長・八馬に呼び出され、それ以上関わるなと脅される。そんな圧力にも屈せず恩地が調査を続けると、生協理事長・畑（袴田吉彦）、新生労組OBの轟らの不正の実態があぶり出される。一方、支店長会議のためニューヨークを訪れた国見会長は国航開発が経営する現地ホテルのあまりの豪華さに一抹の不安を感じた。
新旧労組統合を急ぐ国見会長の進め方は新生労組側の大きな反発を生み、行天の策略で国見新体制批判のスクープ記事が新聞に掲載される。事情を知った利根川総理は強力なリーダーシップを見せる国見を“王道”と評し支援するが、総理の影の参謀・龍崎は組織を混乱させてまで恩地を重用する方針に不安を感じる。そんな中、生協の調査を続けていた恩地は旅行代理店への特別販促費を利用した収賄という新たな不正を発見する。
行天は自社の路線拡大のため、航空行政を担う運輸官僚の石黒（石丸幹二）にホステスの雪絵（佐々木希）をあてがい籠絡、2人の逢瀬の場をも提供する。一方、国見会長は監査役・和光（平田満）から国航開発のホテルに関する深刻な不正を指摘され、恩地を現地ニューヨークに派遣し調査させる。その特命を知った海野社長と三成副社長は不正が明かされ自身の責任になることを恐れ、恩地を抑えるよう行天を現地に向かわせる。
ニューヨークで国航開発が経営するホテルの実態を調べ上げた恩地は国見会長に会計上の不正を報告する。会社再建のためには手段を選ばない国見会長のやり方を危惧する海野社長は影の総理と呼ばれる実力者・竹丸（本田博太郎）を頼り、事態は政界をも巻き込み始める。渦中にある国航開発の八馬会長、岩合社長は国見体制を切り崩すため、広報部長の行天を使い、国見会長そして恩地に対する批判記事を雑誌に掲載させる。
国見会長と恩地は和光監査役から新たな問題の報告を受ける。国民航空の存続をも危ぶむドル先物予約に関する重大な事案で、その背後に副総理の竹丸、日本産業銀行会長・池坊（西岡徳馬）の存在があった。やがて、事態は利根川総理、永田元総理（伊武雅刀）、竹丸ら政治家の利権争いに絡み、国見会長や恩地の計り知れない方向に進んでいく。そんな中、畑や行天の裏金作りを任されていた細井（温水洋一）が海に身を投げる。
国民航空のドル先物予約問題は異例の閣議決定で幕を引く。総理の背信に憤る国見は会長辞任を申し出るが龍崎の策謀にはめられる。国見会長体制が終焉を迎え、恩地の突き止めた不正の数々が闇に葬られる中、自殺した細井の裏金作りの証拠が東京地検特捜部に届く……。空の安全のため組織と戦い続けた恩地と、頂点に立つことで組織の改革を目指した行天。数十年の時を経て、別々の道を歩んだ2人に待つ運命とは。
