元捜査二課の刑事・江口（ユースケ・サンタマリア）が殺害された事件の真相究明に努めていた香坂（長谷川博己）ら豊洲署員たちであったが、事件の鍵を握る横沢裕一（井上芳雄）の身柄と早明学園の裏帳簿を小野田捜査一課長（香川照之）率いる捜査一課に奪われてしまった。
香坂は、この事件と１７年前の事件に関係していると疑う小野田を問い詰めると、17年前に金崎玲子（和田アキ子）から賄賂を受け取り、裏帳簿に名前を記されているのは父親の敦史（木場勝己）だと打ち明けられる。
愕然とする中、留置場に入れられ、山田（岡田将生）も逮捕されてしまう絶体絶命の状況に追い込まれる。
だが、藤倉（駿河太郎）が、事件の夜に富永専務（梅沢富美男）が電話をしていた相手を調べ上げると…。
전 수사 2과 에구치 형사 살해 사건의 진상을 파헤치던 코사카는 사건의 열쇠를 쥐고 있는 요코자와 유이치의 신변과 소메이 학원의 비밀장부를 오노다 수사 1과장 쪽에 빼앗기고 만다.
코사카는 이 사건이 17년 전의 사건과 관계가 있다고 생각하고 오노다를 추궁하지만 17년 전 사건에서 카네자키 레이코에게 뇌물을 받은 인물들을 적어둔 장부에서 자신의 아버지의 이름을 목격하고 마는데...
