In einem anderen Teil der Galaxie setzen sich ein paar Widerstandskämpfer seit Jahren gegen die Metarex zur Wehr. Dr. Eggman gerät zufällig in diesen Krieg und wehrt die Angriffe der Metarex erfolgreich ab. Aus Dankbarkeit wollen die Widerstandskämpfer ihm einen Chaos Emerald schenken. Allerdings befindet sich der auf ihrem verwüsteten Heimatplaneten Cascade. Molly will zusammen mit Shadow und Rouge den Emerald holen. Dabei geraten sie in einen Hinterhalt.
While traveling through space, Dr. Eggman and his forces come across a group of humans battling the armada of Pale Bay Leaf. The two groups talk, and Shadow and Rouge get to know a human girl named Molly. After seeing Shadow in battle, Molly comes to believe that Shadow is a hero of folklore named Black Wind. Shadow, Rouge and Molly infiltrate an old factory where they find the White Chaos Emerald. Eggman is then taken prisoner by the humans, revealing that they have made a deal with the Metarex. Molly flees in shame*, while Shadow uses the Chaos Emerald to devastate the Metarex forces. Despite the damage, Pale Bay Leaf survives, and communicates with Dr. Eggman.
Mientras viaja por el espacio, el Dr. Eggman y sus fuerzas se encuentran con un grupo de humanos que luchan contra la armada de Pale Bay Leaf.
