死武専の生徒「魔鎌」の少年・ソウル＝イーターとそのパートナー「鎌職人」の少女マカ。クールで皮肉屋のソウルと優等生気質なマカは、性格の違いはあれど、努力の甲斐もあり遂に99個の“鬼神の卵と化した魂”を得る事に成功する。ラスト1個「魔女」の魂を狙いに行くソウル達だが、標的の魔女・ブレアはお色気満載な外見に反し、とんでもなく強力な魔力の持ち主だった！果たしてソウルは無事デスサイズになることができるのだろうか！？
「魔暗器」椿には大きな悩みがあった。それはパートナーのブラック☆スターが、暗殺者のくせに極度の目立ちたがり屋だということ。その為自分達はまだ一度も敵を倒せていないのである。そこへ”鬼神の卵と化した魂”の持ち主アルカポネ一味百人が魔女アンジェラを狙い、動き出したという情報が。奴らを一網打尽すれば一気に椿をデスサイズに！喜び勇んだ彼らだったが、そこにはカポネ達よりも恐ろしい、凄腕用心棒「ミフネ」の存在があった…。
死神様の息子・デス・ザ・キッド。……「完璧」を、そして「左右対称（シンメトリー）」をこよなく愛する少年。非対称のものなど許さない、左右対称こそすべて！左右対称こそ俺の美学！！…そんな彼がパートナーの「二丁魔拳銃」リズ＆パティ・トンプソン姉妹と共に赴いたところは、左右対称の古代遺跡アヌビス。死霊使いの魔女退治が目的であったが、そこにはキッドにとって致命的な弱点を持つ敵の姿が…。
ソウルとマカ、ブラック☆スターと椿のコンビは、ある日死神様より「補習授業」を命じられてしまう。その内容とはかつて死武専の教師であり、何者かの手によりゾンビ化してしまったシド先生を倒せというもの。早々にシドの墓場にて急襲を受けた4人だったが、シドは生前、「職人」の中でも最高ランク「三つ星」の持ち主であった。マカたちは無事ミッションを完遂させることができるのだろうか…！？
かつてマカの父・デスサイズのパートナーであったフランケン・シュタイン博士。そんな彼にマカたちは闘いを挑むが、全職人の中で最強と謳われる彼の前にはことごとく攻撃が通用しない。そしてついにブラック☆スターが倒されてしまう。さらにマカの目には絶望的なものが。それはシュタインの魂の姿。絶対的に超えられない巨大な力の差がそこにはあった…。
今日は死神様の息子であるデス・ザ・キッドの初の死武専登校日。学校は朝からその話題で持ちきりだ。自分が一番のブラック☆スターにはそれが面白くない。そこでソウルと組み、登校早々のキッドに決闘をしかけることに。マカやシュタイン達が見守る中、今ここに3人の壮大なる闘いの火蓋が切って落とされた…！
課外授業先にて、マカとソウルは突如何十もの魂が一気に消えるという不思議な現象に遭遇する。駆けつけた先の教会で、彼らは１人の子供を発見。だが奇妙な事に、その子供には魂反応が２つもあった…。子供は言う―「知ってる？僕の血は黒いんだ…」。狂気の産物「黒血」と、魔剣「ラグナログ」を体内に秘めた魔剣士・クロナ。マカとソウルは戦いを挑んでいくのだが…！
絶体絶命に陥ったマカとソウル。しかしそこへシュタインとデスサイズが助けに現れる。死神様の命を受け、魔剣を倒しに来たのだ。「ここで止めないと奴は確実に鬼神になる！」…ここに死武専最強の職人と武器が再びコンビを結成した！そして魔剣との激戦の中、ついに「進化」を望みしあの魔女が姿を現す…。
魔剣騒動が一段落。だがマカの気は晴れない。自らの非力さが原因でソウルを危険な目に遭わせてしまったと落ち込んでいるのだ。一方、ブラック☆スターとキッドは偉大なる聖剣の話しを耳にする。手にしたものは「勇者」と称され「勝利」と「栄光」を手に入れるという伝説の剣。「俺こそ勇者だ！」－大いなる野望を胸に秘め、聖剣を取りにいく２人だったが、そこに待ちうけていたものは２人の予想を大きく、遥かに超えたものだった…。
「針の村」を訪れたブラック☆スターと椿。彼らは、恐怖を持った魂を食うという魔武器「妖刀」を狩りに来たのである。今までと違い妖刀は、もはや鬼神になりかけているという強敵。そして今回は椿自らが志願した事だった。だが、村に到着するや少年・リョクをはじめとする村人達に「星族出てけ」と追い出されてしまうブラック☆スター達。星族とは一体何か？椿がこの戦いにこだわるワケとは？様々な思惑が蠢く中、ついに妖刀が動き出した…。
明かされた妖刀・マサムネと椿の関係。精神世界の中、二人は互いの魂を吸収し合う戦いへ突入する。一方、外では針の村人達から罵倒されながらも、ただ黙って椿を見守るブラック☆スターの姿があった。果たしてマサムネは何故妖刀の道を歩んでしまったのか？「所詮おまえは香りのない陳腐な花だ」－そう言い、魂を奪おうとするマサムネに対し、椿が見せた答えとは…？
魔女ミサ終了後、メデューサは同じ魔女のエルカとミズネに絡まれていた。彼女達は、魔女の敵・死武専へ単独潜入しているメデューサを危険視していたのだ。一方、ソウルは頻繁に現れる謎の小鬼の夢に、そしてマカは今の自分の弱さに焦りを感じていた。それぞれの思いが交錯する中、エルカとミズネはついにデス・シティでメデューサを急襲するが…。
自らの弱さを克服するため「特別授業」を受けるマカとソウル。だがそれは、失敗すれば二度とパートナー同士の魂の波長が合わなくなるかもしれない諸刃の授業でもあった。次第に魂の波長がズレ始める二人。一方、メデューサはエルカを使い、魔女牢獄より魔眼の男・フリーを解放する。ソウルの黒血を促進させるべく、彼女は課外授業先でフリーをマカやブラックスター達にぶつけるが、マカは魂の波長がズレ、鎌となったソウルを持つことができない、果たして！？
年に一度行われる武器と職人の共通試験「超筆記試験」。“一位をとった者がデスサイズを作る”というジンクスのあるこの試験に、マカをはじめ他の生徒たちはみな俄然ヤル気を燃やす。懸命に勉強する者、なにやら怪しげな動きをする者、陰よりこっそり娘の勝利を祈る者…。果たして一位を掴むのは誰か！？大いなる信念と野望が渦巻く中、いよいよ試験が開催される…！！！
何者かに街ごと魂が飲み込まれる事件が起きた。犯人はまことしやかに囁かれる伝説の「黒龍」。手がかりを求め、海へ出たキッドとトンプソン姉妹は早速謎の幽霊船を発見するが、そこには大量の人間の魂と、幽霊船・ニーズヘッグの船長がいた。さらに船長の罠により、なんとリズが何処かへとばされてしまう事態に。左右非対称スタイルを恐れ一転攻撃できなくなるキッドとパティ。一方超ビビリのリズは、はぐれた先で一人の少女の霊に出会ってしまっていた…。
激突するキッドとクロナ。凄まじい魔剣の攻撃は幽霊船を破壊し、キッドを追いつめる。そしてキッドもまた死武専と父死神に一抹の不信を抱いていた。一方死武専では、メデューサに血液を調べてもらうマカの姿があった。ソウルの時と違い、何故か消えているマカの黒血。その原因を探るメデューサをシュタインとシドは疑惑の目で見つめる。「魔女」たる証拠を掴もうと、シドは彼女のアジトへ乗り込むが…。
諸君！私が聖剣エクスカリバーである！！私の伝説は１２世紀から始まった！まず私の家族の話からしよう。私がまだ若かった頃、町は荒み、若者達は暴力の日々に明け暮れていた。血で血を洗う抗争の日々、かくして私は一座の命運を担い満員のオペラハウスでダンスを披露することになったのである！そんな中、突如起きた殺人事件。奇想天外・複雑怪奇な内容に私の世紀の推理力が試される！…そして渇ききった私の心に一筋の潤いを与えてくれた永遠のマイラバー・キャシー。さあ聞くがよい、より一層輝きを増した我が歌を！！！
死武専創立記念前夜祭。死神様もデスルームより現れ、全校挙げたお祝いをするその日、メデューサたちは自らの計画を実行しようとしていた。ついに明かされる彼女の陰謀。それは、自ら開発した黒血を使い、死武専の地下深くに封印されている「鬼神」を復活させること－。
フリーの魔法により、隔離された空間へ閉じ込められた死武専一行。その場所で死神様は、「阿修羅」という名の、一人の職人が起こした狂気の物語を語り始める。一方、鬼神復活を阻止するため死武専地下を急ぐマカたちの前に、あのメデューサが立ち塞がる。一気にカタをつけるべく大量のベクトルアローを放ち攻撃してくるメデューサ。マカたちは無事突破する事が出来るのか？！
死武専地下攻防戦・第二防衛ライン。マカはありったけの力でクロナを攻撃するが、クロナには魔女狩りすら通用せず、逆に圧倒されてしまう。一方、ソウルも「強さを得るため理性をとばせ！」と小鬼の強い誘惑を受けていた。そして、どんな絶望的状況に陥っても決して諦めないマカの姿を見て、クロナの心にも変化が起き始める。果たしてこの戦いの行方は？！･･････その鍵を握っていたのは、やはり「黒血」であった。
「狂気」に身を任せたマカ。クロナと互いの魂を否定した戦いへ突入する一方、黒血の力を使い、クロナの魂と同調しようとする。初めて感じるクロナの魂。それは潤いひとつない、ひどく渇いたものだった。マカはそこで、すべてのものを遮断して小さな領域に自らを閉じ込める幼きクロナの姿を見つける･･･。
凄まじいスピードでエルカとフリーたちを追いかけるキッド。そこへ、何故か先に進んでいたはずのフリーが立ち塞がる。自らの不死の性質を利用し、時間稼ぎに徹した戦闘スタイルで攻めてくるフリーに、思わぬ苦戦を強いられるキッド。しかも周囲の雑然さに、なんと持ち前のシンメトリー癖まで起こしてしまい、戦えなくなってしまう事態に。はてさて？！
封印の社－死神様により封印されし「鬼神」が眠る場所。狂気と幻覚が渦巻くその場所で、鬼神に黒血を注入せんとするエルカ・フリー達と、それを阻止しようとするキッド・ブラック☆スター達の最終攻防戦が始まった。一方、シュタインとメデューサの死闘もついに佳境に。果たして勝つのはどちらか？戦いは今、誰も予想だにしない結末を迎える･･･！
ついに復活した鬼神。キッドとブラック☆スターは死に物狂いで倒そうとするが、呆気なく戦闘不能にされてしまう。絶望的な状況下、最後まで諦めずに鬼神にしがみつく存在が――マカだ！そして地上へと出現した鬼神を待っていたものは･･･。デス・シティー上空にて人知を超えた決戦が今始まる！！！
死武専にマリー、梓、ジャスティンら3人の「デスサイズス」達が集まった。鬼神復活後の世界に対応するため死神様が召集したのだが、肝心のデスサイズは「ひょっとして人事異動？→俺僻地に飛ばされる→もうマカの側にいられない！！！」と戦々恐々だ。果たして、デスサイズの運命は如何に？？！
死武専に“体験入学”することになったクロナ。極度の自閉的な性格なため、溶け込むのは至難のように思えたが、マカやマリーたちの協力で少しずつ周囲になじんでいく。そんな中、死武専に「世界最古のゴーレム」が暴れだしたとの情報が。課外授業も兼ね、クロナと共に発生地・レーフ村（レーフビレッジ）に入るマカとソウルだったが、そこの村人たちは何かを隠している様子。マカ達は知り合った人形技師（エンチャンター）・ギリコの案内で暴走したゴーレムの元を訪れるが･･･。
クロナとの共同戦線でギリコを止めようとするマカ。だが突如、一切動けなくなってしまう事態に。なんと彼女の体に無数の“糸”が絡み付き、動きを封じ込めてしまったのだ。一方、独自にゴーレム騒動の原因を調べるシュタインは、800年前、レーフ村を中心に起きた集団幻視事件、そしてその背後に潜む異端の魔女・アラクネの存在を突き止める。そのレーフ村では、マカ達を救うべく、デスサイズスの一人・ジャスティンが姿を現していた･･･。
復活した巨大組織アラクノフォビア。彼らが、その昔歴史に名を馳せた“大魔道師エイボン”の技術を使い、魔道具「道徳操作機」を開発しているという。早速シド・ナイグス・梓たちが動き出し、ブラック☆スターもマカ達の仇を討つべく秘密裏にその研究施設へと向かうが、彼の前には、魔女アンジェラの庇護を条件に、アラクネ達へ力を貸すことになった用心棒・ミフネが立ち塞がった･･･。
何故こんなことになってしまったのだろう･･･。テレビを見ていた時？あの野良犬に触った時？･･････わからない。でもある瞬間から娘は変わってしまった、まるで何者かに体を乗っ取られてしまったかのようにすっかり別人に･･･。そして今日娘は私の元を去った－「隙があるから入り込むのよ、蛇も蜘蛛もね」という言葉を残して･･･。 ――あの滅びし希代の魔女・メデューサが今ここに蘇る！
レールのない砂漠の上を、100年間一度も停まらず走り続けているという伝説の暴走特急。その動力である魔道具をアラクノフォビアが狙っているという情報を受け、回収に向かったキッド一行。しかし一足早くそこにはアラクノフォビアの刺客・フィッシャーキングとメデューサ一味の一人・ミズネがいて･･･。砂漠の中、暴走列車を舞台に三つ巴の魔道具争奪戦が始まった！
死武専に仮入学中のクロナ。まだぎこちなさは残るが、マカ・ソウルをはじめ、周囲の者たちがパーティを開いたりと積極的にクロナと関わることで、ようやく周りに笑顔を見せ始める。だが、そこへ忍び寄るメデューサの影。彼女はクロナに死武専へのスパイと、シュタインの現パートナー・マリーに盗聴器を仕掛けることを持ちかけた･･･。
ある日ある時死武専に、一人の職人がおりました。彼は一見どこにでもいる普通の少年。でも、ただ一つ他とは違うところが･･･彼は並外れた「へっぽこ」職人だったのです！いつもみんなにパシらされる日々。どうしても断れない自分にすっかり嫌気がさした彼は、ある日一冊の文献を見て決意します･･･「自分を変えるため、僕は絶対に聖剣を手に入れる！！！」と。――己を変えたい少年・ヒーロの野望が、今死武専に大嵐を巻き起こす！
アラクノフォビアへの“対抗授業”の一環として、“チームでの魂共鳴＝共鳴連鎖”を練習するマカ組・ブラック☆スター組・キッド組。だが、彼らの魂はなかなか共鳴しない。ブラック☆スターの波長が先行し過ぎて、周りが追いつかないのだ。焦りより「みんなに合わせろ」と責めるマカに、強くなることへの苛立ちから「クソみたいな馴れ合いはゴメンだ」と返してしまうブラック☆スター。二人の間には不穏な空気が流れ、ついにマカはブラック☆スターを殴ってしまう。
大魔道士エイボンの最高傑作・魔道具“BREW”。「波乱」の名を持つその魔道具を巡り、ロスト島にて死武専とアラクノフォビアが激突した。各所でジャスティンとギリコ、シドとミフネらが死闘を繰り広げる一方、シュタインとマリーはBREWを獲得すべく、島の中心部にある特殊な磁場の嵐の中へ突入する。磁場の中にいられる限界は２０分。だが約束の時間になっても彼らは戻らない。様子を見るべく磁場の中へ入るマカ・ブラック☆スター・キッド達だったが、そこには今までとは違う世界が広がっていた･･･。
混戦極めるＢＲＥＷ争奪戦。磁場内の世界で、マカ達はマリーと、狂気に囚われて苦しむシュタインを発見する。彼らに代わり、ＢＲＥＷを見つけようとするマカ達だったが、一足早くＢＲＥＷを持ち出したアラクネの執事・モスキートと遭遇、戦闘になる。だが、時を遡り、「一番硬かった」時代の身体を取り戻したモスキートの猛攻の前に、マカ達の攻撃は全く歯が立たない。勝機が見えない状況の中、ソウルの耳に再び、あの小鬼の声が聞こえ始める･･･。
黒血の力を借りた７人の「共鳴連鎖」が始まった！ソウルのピアノに合わせ、威力の増大した技を次々とモスキートに炸裂させるブラック☆スターとキッド。その圧倒的な攻撃はモスキートを確実に追い詰め、破壊していく。そして最後、マカの“魔女狩り”は新たなる姿へと変わり･･････。果たしてＢＲＥＷは誰のものになるのか？！ 激闘のＢＲＥＷ争奪戦、ここに完結！
BREW争奪戦後の死武専。マカは死神様に、戦いの最中で出した“魔人狩り”について尋ね、そこで自分の母親が持っていたという力“退魔の波長”を知る。一方、なんの説明もなく魔道具回収を進める死神様に不信の感情が拭えないキッド。一体、父上は何を考えているのか？大魔道師エイボンと父上の関係は？？その謎を解明すべく、キッドは独自に調査を開始するのだが･･･。
死武専に現れた一人の男―死武専技術開発部顧問Ｂ・Ｊ（ぶっ叩きジョー）。その男に死神様は、魔道具を使ったある計画を秘密裏に遂行するよう申し伝える。一方、鬼神戦以降の度重なる敗北の数々に、ブラック☆スターの焦りと苛立ちは極限にあった。「神を超えるべき自分が何故負ける？！」―思い余った彼が取った行動は、なんと神であるキッドに決闘を挑む事だった･･･。
魔女アラクネが鬼神・阿修羅と接触した。彼女は阿修羅に「死神を倒すため共に手を携えよう」と言葉巧みに誘惑する。その頃死武専では、いつもの様に優しく接してくるマカ達の笑顔に、日に日に罪悪感を募らせるクロナの姿があった。母か友か、裏切りか贖罪かーそしてついにクロナは･･･。
突如死武専に投降してきた魔女メデューサ。その行動は、クロナを想うマカや狂気感染が進んだシュタインに大きな衝撃を与える。メデューサは言うー「私は取り引きに来たの」。魔道具ＢＲＥＷと引き換えに、死神様との直接対談を果たしたメデューサはその取引内容―鬼神・阿修羅の居場所の情報提供と自らの保身の確約を持ちかける。時同じく、アラクノフォビアにて阿修羅に取り付けられた「狂気増幅装置」が発動。世界中にその強力な狂気の波長が蔓延する。
突如消えたシュタイン。彼の前には数々の、奇妙で異様な世界が繰り広げられる。番犬のデスサイズ、自らを誘う謎の少女、そして屋根より飛び降りようとするマリー。これは夢か現（うつつ）か幻かー帰るべき場所へ戻るため、出口を求めて扉を開け続けるシュタインだったが、彼を取り巻く不思議な世界は尽きない。やがて彼の前に、一人の少年が現れる。
アラクノフォビアの本拠地ババ・ヤガーの城への死武専総攻撃が始まった。だが、マカの心は晴れない。死武専、引いては大人達の真意がわからないのだ。死武専のやっている事は正しい、だがどうしても、クロナやメデューサに対する死武専の対応は納得いかない！…そんな彼女の元へ、なんとクロナがマリーと共に死武専を出て行ったとの情報が入る。このまま自分はクロナやシュタイン【博士】を放っておいてよいのか…迷いに迷ったマカは、進撃への道すがら、遂にある一つの決断を下す…。
死神様の命により、鬼神掃討作戦から外れて“魔道具”回収に向かったキッド一行。向かった先は「石棺」と呼ばれる謎のエリア。ある日突然暮らしていた人間が全て消え、原因究明に向かった者達も誰一人戻らなかったという死の村だ。人間が入れないエリアなため、リズとパティを外に置き、一人魔道具が眠る遺跡へ向かうキッド。予想に反し、いとも容易く魔道具を手に入れるが、その瞬間遺跡内がサーカスの如く変化し、魔道具を守る敵・ピエロが現れた…。
死武専を出たクロナとマリー。行き先はシュタインを連れ去ったメデューサのアジトだ。裏切った者と裏切られた者の二人旅。その心情は複雑だ。アジトにて早速メデューサの急襲を受けるクロナ達。だが「もう友達を裏切りたくない」というクロナの固い決意は、今まで逃れられなかった母の呪縛をもはねのける。…ここにクロナの戦いが始まった！
間一髪、クロナを助けたマカ。ソウルの黒血が奏でるピアノにのせて、マリーと共に４人で共鳴連鎖を始めるが、どうしても少女レイチェルの体を持つメデューサやシュタインを前に、劣勢へと立たされてしまう。そして、ついにメデューサのベクトルアローがマカを襲った！だがそれをクロナが身を呈し庇ってし まい･･･。
ミフネとブラック☆スター、因縁の戦いが始まった。勝つため、命の危険すら顧みず妖刀を使いまくるブラック☆スターの姿に、ミフネは過去に出会ったある男の姿を思い出す。ーその名はホワイト☆スター、ブラック☆スターの父でありミフネにはじめて恐怖という感情を教えた男。一方、最後の魔道具を持って死武専に帰還したキッドは、その魔道具の名前が「エイボン」であること、そして魔道具と伝説の大魔道師にまつわるすべての過去について知る。
妖刀に捕らわれたブラック☆スター。そこは、志半ばで倒れた武人達の魂が集う、妖刀の世界であった。多数の亡者の魂に飲み込まれるブラック☆スター。そして彼の前には再びあの大鹿が姿を現す。一方、エイボンの協力で遂に起動した魔道具BREW。BREWの能力とは、使った者の欲望を具現化するものだった。それを手にした死神様の願いとはなんと･･･。
デスルームへ捕獲された鬼神・阿修羅。キッド達が見守る中、封印のブランクを脱した阿修羅と、デスサイズを持った死神様の戦いが始まった。熾烈な戦闘、その最中阿修羅は、封印されていた時に考えていた事―想像から来る底知れぬ、無限の不安と恐怖について語り出す。「死神が築く秩序などとても脆いもの。足を引っ張る道具でしかない」―その言葉の真意が体現された時、死神と阿修羅、そして世界が大きく変わった。
アラクネの魂を食らった阿修羅。彼はその場に巨大な結界を張り、その中へ引き篭もろうとする。結界が完成すればもはや誰も阿修羅と接触することはできない、そのまま狂気は世界に蔓延し続けてしまう･･･。だが完成直前、３つの影がそこへ飛び込んだ。マカ、ブラック☆スター、キッドたちだ。それぞれの決意のもと最後の戦いに赴いた３組だったが、そこにいたのは余りにも大きく変わり果てた阿修羅の姿。ソウルの黒血を媒介に共鳴連鎖で攻撃するマカたちだったが、そこには黒血がもたらした思わぬ落とし穴が待ち受けていた･･･。
阿修羅に猛攻をかけるキッドとブラック☆スター。だがダメージを与えるどころか、逆にキッドを戦闘不能にされてしまう。しかしその時彼の体に変化が･･･。一方、ソウルを取り戻すべく黒血の中へ潜ったマカは、そこでニヒルに笑うソウルと出会う。ソウルは一つの箱を示して言うー「黒血から戻るためには、この箱を開ければいいんだ」。けれどもその箱の中には、ギリギリ黒血の侵食より逃れた本物のソウルの心が入っていてー。
倒れ果てた仲間たち。頼りにすべき大人たちもおらず、そこには自分と相棒、そして真の姿を現した神クラスの化物のみ。それでも彼女は立ち向かう、たとえすべての切り札が覆され、腕ごと武器を吹き飛ばされ、あらゆる恐怖に襲われようとも。――「鬼神阿修羅、お前の魂いただくよ！」果たしてマカたちの運命は？そして世界の行く末は？？
