2201年、コスモクリーナーＤによって、滅亡の危機を逃れた人類は、急速な勢いで文明を復興していた。だが、宇宙の彼方より、再び脅威が迫りつつあった。星ぼしを破壊しつつ、宇宙を進撃する謎の白色彗星が、刻一刻と太陽系に接近しつつあったのだ。一方、白色彗星の到来を警告する謎のメッセージを受信した古代、相原の元ヤマトクルーは、防衛軍上層部に彗星の危険を進言するが、聞き入られない。そこで、古代はかつてのヤマトクルーを召集、防衛軍の制止を振り切りメッセージの発進源を目指しヤマトを発進させる。だが既に、侵略者の魔の手は、太陽系第11番惑星にまで及んでいた……。
In 2201, humanity escaped the brink of extinction thanks to Cosmo Cleaner D and rapidly rebuilt its civilization. However, from beyond the universe, another threat was approaching. A mysterious white comet was rapidly approaching the solar system, destroying the star-studded star and advancing through space. Meanwhile, Kodai, Aihara's former Yamato crew, receives a mysterious message warning of the arrival of a white comet and warns the Defense Force's leadership about the dangers of the comet, but is ignored. Kodai then summoned the former Yamato crew and, despite the defense forces' attempts, launched the Yamato aiming for the source of the message. However, the invaders' evil hand had already reached Planet 11 of the solar system......
