銀砂糖師だった母を病気で亡くした少女・アンは、自分も一流の銀砂糖師になるという夢を抱き、砂糖菓子の品評会が開催される王都へと旅立つ。途中の町で立ち寄ったのは妖精市場。そこでアンは、見た目は美しいが口が悪い、シャルという戦士妖精を旅の護衛として金貨で買う。
盗賊たちを瞬く間に退散させたシャル。その活躍で助けられた馬車に乗っていたのは、アンを村から追ってきたジョナスだった。さらに町で助けた小さな妖精・ミスリル・リッド・ポッドが、恩返しのためについていくと宣言。いつの間にか増えた同行者たちと共に、アンはブラディ街道を進むことに……。
医者宿に泊まるアンたちは、ヒューと名乗る先客と出会う。彼はアンとジョナスが砂糖菓子職人だと知ると、宿代の提供と引き換えに砂糖菓子作りを依頼する。だが、ヒューの評価は散々なものだった。その夜、落ち込むアンを慰めるかのように、シャルは初めて自らの過去を語る……。
品評会のために作った砂糖菓子をジョナスに盗まれたアン。彼は初めから、自分も品評会に出るつもりでアンの作品を狙っていたのだ。銀砂糖師になる夢が途絶えたと絶望するアンは、シャルに片羽を返す。シャルもミスリル・リッド・ポッドもいなくなり、ひとりぼっちに戻ってしまうアンだが……。
来年の砂糖菓子品評会への参加を決意したアンは、シャルとミスリル・リッド・ポッドと3人で、勉強のために王都ルイストンの砂糖菓子店を巡る。ある店で見事な砂糖菓子を目にするが、不審な男がそれを壊して逃亡。店主のキャットはアンたちが壊したと思い、弁償として店で働けと要求する。
砂糖菓子が思うように売れず、苦心するアン。そんな時、王家に連なる血筋のフィラックス公が高報酬で砂糖菓子職人を探しているという噂を聞き、アンたちは港町フィラックスへと向かう。城で謁見したフィラックス公はアンの技術を認めると、ある妖精の砂糖菓子を作るように命じる。
アンが作る妖精の砂糖菓子の仕上がりに、なかなか納得しないフィラックス公。それでも諦めずに作り続けるアンだが、シャルとの語らいで彼の思い出の中にいる女性・リズの話を聞き、複雑な気持ちになってしまう。そんな時、ジョナスがミスリル・リッド・ポッドの羽を奪い、アンにある要求をする。
フィラックス城を後にして、偶然にもヒューと再会するシャル。そこでヒューから、王家とフィラックス公の衝突危機を聞いたシャルは、巻き込まれてしまうアンのために急ぎ城へ戻る。一方、砂糖菓子のモデルとなる妖精のことを深く知りたいと願うアンは、フィラックス公と対面する。
久しぶりに王都ルイストンを訪れたアンは、キャットから驚く事実を告げられる。今年は砂糖林檎が不作なため、収穫と銀砂糖の精製を王国各地の工房で実施。その作業に参加した職人だけに、砂糖林檎が分配されるという。アンは早速、ラドクリフ工房での作業に参加を申し込むが……。
砂糖林檎の精製作業を行うラドクリフ工房で、アンは唯一の女性職人だったが、冷たい視線を向けられても気後れせず、力仕事にも積極的に参加する。そこへ現れたのは、ペイジ工房の長代理を務める銀砂糖師・エリオットと、彼の婚約者でペイジ工房の長の娘・ブリジットだった。
シャルをモデルにしたキースの砂糖菓子を見て、品評会出品作の題材に悩むアン。王家は妖精の砂糖菓子を好むとキースが言っていたことを思い出し、その理由を調べるため、休日にシャルと一緒に教会を訪ねることに。教会の天井には、祖王セドリックと妖精王の戦いが描かれていた。
サミーの企みにより、アンはラドクリフ工房を追い出されてしまう。品評会用砂糖菓子の持ち出しは許されたため、品評会に参加できることに安堵するアン。しかし、ミスリル・リッド・ポッドはアンが自分で精製したはずの銀砂糖が、ラドクリフ工房の大量生産品にすり替えられていることに気づく。
品評会で王家勲章を授与され、銀砂糖師の称号を得たものの、シャルが去って茫然とするアン。エリオットの誘いもあり、アンはブリジットがシャルを連れ帰ったペイジ工房で働くことを決める。自分の力でシャルを自由にすることが、アンが銀砂糖師を名乗るための第一歩だから――。
シャルと再会し、助けることを約束したアンは、気を引き締めてペイジ工房での初仕事に取りかかる。作業棟でエリオットに紹介されたのは、個性豊かな4人の砂糖菓子職人だった。彼らの仕事の進め方は他の工房と異なり、戸惑いを感じるアン。しかも、砂糖菓子の注文も減ってしまっていて……。
聖ルイストンベル教会の新聖祭に納める砂糖菓子の選品に、ペイジ工房も参加したいと申し出るアン。グレンは先代の方針により参加を拒否するが、アンは工房を立て直すきっかけにしたいと考えていた。そんなアンの情熱に心を動かされ、ようやく選品への参加を決意するグレンだが……。
エリオットが何者かに襲われ、負傷するという事件が発生する。だが、選品のための作業を止めるわけにもいかず、アンはオーランドたちと話し合いながら、雪の結晶をイメージした砂糖菓子作りを進めていく。そのモチーフは雪が好きなグレンのために、皆で考えたものだった……。
選品の作品が評価され、ペイジ工房は新聖祭の砂糖菓子制作を任されることに。シャルを自由にすることができたアンだが、自分の意思でペイジ工房に留まり、新聖祭の仕事をやり遂げる決意をする。砂糖菓子制作作業のため、ホリーリーフ城へ移動したアンたちだったが、その城は怪しい雰囲気で……。
ホリーリーフ城に平和をもたらすため、自らリーダーとなって「幽霊退治」に乗り出すミスリル・リッド・ポッド。その夜、シャルが捕らえた幽霊の正体は、少年の姿をした妖精だった。ノアと名乗るその妖精は、かつての城主だったハーバートの小姓だと言い、アンたちを盗人呼ばわりして強がるが……。
季節外れの大雨の影響で銀砂糖が固まってしまい、呆然とするアンたち。湿気を飛ばして銀砂糖を碾き直す作業に取りかかるが、時間も人手も足りない。切羽詰まったアンとエリオットは、派閥に属さないキャットに手伝いを頼もうとするが、キャットはその申し出を拒否して……。
シャルの前で本性をあらわにしたグラディスは、自らを「ラファル・フェン・ラファル」と名乗る。ラファルはシャルを仲間にするためにアンを奪うと宣言し、去り際にオーランドを襲い、負傷させる。グラディスに利用され、そのせいでオーランドが怪我まで負ったことを知ったブリジットは……。
アンと羽をラファルに奪われ、命じられるままについていくシャル。たどり着いたのは、ラファルが拠点とする荒れた城砦だった。ラファルは自身の素性を語り、かつて人間王セドリックと戦った妖精王リゼルバの遺志を継ぎ、ともに妖精王となって妖精の国を取り戻そうとシャルを誘うが……。
ラファルの支配に疑問を持たない妖精たちの様子に、怒り悲しむアン。しかし羽を握られ逆らえない。シャルは銀砂糖の強奪に協力させられ、アンはラファルに捧げる砂糖菓子を作らされていた。しかも、ラファルから「人間と妖精とでは幸せになれない」と吹き込まれた二人は、どこかぎくしゃくして……。
妖精たちの裏切りに怒りを爆発させるラファルと、ラファルの凶行を止めようと剣を振るうシャルは、吹雪の中で対峙する。そして、ラファルの支配に逆らい、けれど人間から追われる身となったルスルと戦士妖精たちを憂うアンは……。砂糖菓子が幸運を招くこの世界で、銀砂糖師と黒の妖精が願う未来のかたちは―――
