In the musical Major Land, a fairy named Hummy is due to sing the Melody of Happiness, which is to spread cheer throughout the land. However, the land is attacked by the evil Baron Mephisto and his assistant, Siren, who plans to turn it into a Melody of Sorrow. The goddess of Major Land, Aphrodite, scatters the Notes that make up the melodies throughout the land to keep them safe, and sends Hummy to Kanon Town to seek out two best friends to become Pretty Cure. Meanwhile, Hibiki Hojo and Kanade Minamono, two girls who used to be best friends, have not gotten along with each other for a while. Siren attempts to steal the Golden G-Clefs within their hearts; the power within them prevents it, but she instead discovers a Note inside their favorite record and transforms it into a monster known as a Negatone. Noticing their hearts sync up perfectly, Hummy gives Hibiki and Kanade the ability to transform into the Suite PreCures, Cure Melody and Cure Rhythm.
きょうは、幸せな音楽の国メイジャーランドの大音楽会の日。
世界の人々の平和をねがい、歌のようせいハミィが「伝説のがくふ」で
「しあわせのメロディ」をかなでようとしている、その時・・・
悲しい音楽の国・マイナーランドの王メフィストが、
世界中を悲しみであふれさせようと、「伝説のがくふ」をうばいにやってきた！
ぜったいうばわれてはならない！
そのとき、メイジャーランドの女王アフロディテはあることを思いつく。
それは、「伝説のがくふ」の中のおんぷたちを人間界へばらまくこと！
「さぁ伝説のがくふのおんぷたちよ、飛びちれ！しばしその身をかくすのだ！」
ここは人間界の私立アリア学園中学校。
幼なじみの北条響(ほうじょう ひびき)と南野奏(みなみの かなで)が、
今日もいつものようにケンカをしていたわ。
2人はとってもなかよしだったのに、ケンカしたまま仲なおりできないでいるの。
小さいころを思い出す響(ひびき)。
「奏(かなで)はいちばんの友だちだったのに…」
そのとき、エレンという女の人がちかづいてきた。
「友だちなんかいらないじゃん」
そう言うと、エレンはクロネコの姿に変身した！
エレンはマイナーランドの歌の妖精セイレーンだった！
するとと今度は「ダメだニャー！！」と空からネコがふってきた！そう、ハミィだ！
そこへばったり、響との思い出のレコードを持って奏(かなで)がやってきた。
なんと、そのレコードに「伝説のがくふ」のおんぷがかくれていたの！
ハミィがそのおんぷをとろうとしたとき、セイレーンは
レコードを不気味な音をまきちらす怪物、ネガトーンに変え
