戦国時代、伊賀崎家を初めとする忍者たちは、恐怖による天下統一を目論む史上最悪の武将・牙鬼幻月を打ち倒した。幻月は最期に「444年後に蘇る」という言葉を残し、後に予言通り復活する。伊賀崎家最強の忍者・伊賀崎好天は、妖怪となり復活した幻月と戦い、48枚もの封印の手裏剣で祠に封じる。好天は後にラストニンジャと呼ばれる伝説の存在となった。 2015年。好天の孫である伊賀崎天晴は4年ぶりに放浪の旅から伊賀崎忍術道場に帰ってきたが、突如その道場に謎の怪人たちが出現。天晴はすぐさまアカニンジャーに変身し、その怪人たちを撃破する。そこには父の伊賀崎旋風に妹の伊賀崎風花、いとこの加藤・クラウド・八雲、松尾凪、百地霞も集まっていた。旋風は5人に幻月が言う444年後とは実は今年ではないかと告げ、幻月が封じられた祠を見せる。だが、それと同時に祠の封印が十六夜九衛門によって解かれ、妖怪たちが幻月の復活を目指して、人々を襲い始める。天晴たち5人は旋風から忍者一番刀を託され、手裏剣忍法の使い手・ニンニンジャーに変化し、手裏剣戦隊として妖怪退治に挑む。
| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S39E01 | Unknown |
February 22, 2015
TV Asahi
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March 1, 2015
TV Asahi
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March 8, 2015
TV Asahi
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March 15, 2015
TV Asahi
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March 22, 2015
TV Asahi
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TV Asahi
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April 12, 2015
TV Asahi
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April 19, 2015
TV Asahi
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April 26, 2015
TV Asahi
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May 3, 2015
TV Asahi
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May 10, 2015
TV Asahi
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May 17, 2015
TV Asahi
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May 24, 2015
TV Asahi
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May 31, 2015
TV Asahi
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June 7, 2015
TV Asahi
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June 14, 2015
TV Asahi
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TV Asahi
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June 28, 2015
TV Asahi
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TV Asahi
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July 12, 2015
TV Asahi
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July 19, 2015
TV Asahi
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July 26, 2015
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August 9, 2015
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August 16, 2015
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August 23, 2015
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August 30, 2015
TV Asahi
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TV Asahi
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September 27, 2015
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October 4, 2015
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October 25, 2015
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December 13, 2015
TV Asahi
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December 20, 2015
TV Asahi
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December 27, 2015
TV Asahi
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January 17, 2016
TV Asahi
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January 24, 2016
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January 31, 2016
TV Asahi
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Unknown
season finale
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February 7, 2016
TV Asahi
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