ドリフターになることを夢見る青年「カナタ」はある日、凄腕のドリフター「トキオ」と一緒に廃墟となったミュージアムを探索中、記憶を失ったメイガスを発見する。そのメイガスは日常生活に必要なスキルが欠如したポンコツだったが、そこへ突如としてエンダーズが襲撃。カナタたちが住む「ロックタウン」に危機がせまる。
「ノワール」と名付けられたメイガスは過去の記憶をいっさい失っていた。ノワールの手がかりを探るべく、彼女が眠っていたミュージアムを再訪するカナタ。そんなおり、バカラネストのマフィア「ランゲ」がロックタウンを訪れていた。そこでノワールは「シエル」という綺麗な歌声を持つメイガスと出会うこととなる。
ノワールのマスターとなり、ドリフターとしての道を歩みはじめたカナタ。そんなカナタを一人前の男にしてやると言うトキオに、歓楽都市「ディザイアネスト」に連れて行かれることに。そのことを知ったエリーとアンジェ、そしてノワールはカナタを連れ帰るためディザイアネストへと向かう。その頃、カナタは仮面を被った奇妙な人物と遭遇していたのだった。
訓練のためとある渓谷へとやってきたカナタは、ノワールの力を借りずにエンダーズと戦おうとするも、危うくやられそうになってしまう。その時、遠距離から一撃でエンダーズを仕留めるクレイドルコフィンが現れる。「クラウディア」とそのメイガス「フラム」と名乗るコンビは、カナタにある相談をもちかけるのであった。
ドリフターとして強くなるにはメイガスとの絆を深めることが必要だと教えられたカナタは、ノワールと共に迷路の遺跡「フェズ」へと向かうことに。一方、トキオはゼロ型と呼ばれるアメイジア産のメイガスを持つドリフター達が何者かの集団に襲撃される事件が多発しているという情報をキャッチしていた。
AO結晶探索の途中で雨に降られたカナタは、トキオの提案でギャンブルの街「バカラネスト」で雨宿りをすることに。そのバカラネストのラウンジで、カナタは歌を歌う一人のメイガスに目を奪われる。彼女はノワールがランゲに連れ去られそうになった時に知り合ったシエルだった。そこへ再びランゲが現れ、シエルを巡る争いに巻き込まれることになってしまう。
ノワールの手がかりを探るべく、カナタはエリーの姉であるマリアにメンテナンスを依頼することに。そのことを知ったエリーは、カナタの身の回りの世話をしようとカナタの部屋を訪れるも、そこには完璧に家事をこなすシエルの姿があった。
カナタからレジャー施設「サテライトアクア」へと誘われたエリー。デートだと思ってドキドキしながら行ってみるも、そこにはノワールやいつものメンバーの姿が…。皆でプールを楽しんでいると、突然光り輝くステージが現れ、歌姫の衣装をまとったシエルが登場するのであった。
「トレーダーズネスト」へと向かう道中、カナタは激しい雨の中を生身で行動する一人のドリフターを目撃する。トレーダーズネストで再びその人物を見かけたカナタは、彼がアメイジア時代から活動する「アルバ」というドリフターで、メイガスについて色々調べていることを聞かされる。
ロックタウン周辺のネストが何者かによって壊滅的な被害を受けていることを知らされたカナタは、その調査に志願するもトキオに制止されてしまう。カナタとトキオの間で微妙にすれ違う想い。結局マムの命令で2人一緒に調査に出かけるも、気まずい空気のまま、カナタはトキオの制止を振り切って先行してしまう。
周辺のネストからもドリフターが応援に駆け付け、シルヴァーストームを迎え撃つこととなったロックタウン。一方ノワールをつけ狙う謎の組織は、シルヴァーストーム襲来の混乱に乗じて、カナタの排除をシエルに命令する。その頃、シルヴァーストームと激戦を繰り広げていたドリフターたちにも限界の色が見え始めていた。
最後の力を振り絞りシルヴァ―ストームと戦うドリフターたち。皆が満身創痍のなか、奮起するカナタだったが、強化した「デイジーオーガ アルター」でも苦戦を強いられる。皆が必死になって戦っているなか、自分は本当にカナタの力になれているのかと思い悩むノワール。その感情がピークに達したとき、ノワールの様子に変化が起きるのであった。
シルヴァーストームとの激戦から数日後― 「ミステル」と名乗るメイガスに変貌をとげてしまったノワールは、いまだ戻っていなかった。手がかりのないなか、ノワールが目を覚ますきっかけになるかもしれないと、カナタはミステルをつれてノワールとの思い出の場所を巡るのだった。
イストワールは実在するというミステル。 ミステルはかつてマスターと旅をしていたときに、偶然イストワールのネットワークシステムと接触したことがあった。自己修復が完了すると、かつて接触した場所の正確な位置が分かるというミステルは、イストワールを目指すべくカナタを鍛えることにするのであった。
イストワールの手がかりを求め、かつて宇宙港があったというカルタゴの近傍へとやってきたカナタたち。アクセスを試みたそのとき、何者かから攻撃を受けてしまう。 攻撃のあった方向へと向かうカナタを待ち受けていたのは、本来の装備を備えた純白のコフィン「ギルボウ」と、カナタが黒仮面と呼ぶ謎の人物であった。
ミステルの自己修復が完了すると人格が消えてしまうかもしれないことを告げられるノワール。しかし、カナタのためには自分ではなくミステルが寄り添うことが正しいと、ノワールはそれを受け入れる。カナタの知らないところですれ違う思い― そんなノワールは最後にカナタのために料理をすることを思いつく。
積み重なった思いが暴走し、機能停止したノワール。ミステルの意識も浮上しないなす術のない状況で、アルバに助けを求めるカナタ。そこでアルバから2人を救うにはもう1体のゼロ型メイガスの素体が必要であることを告げられたカナタは、シエルと共にゼロ型メイガスがある可能性を求めてアメイジアの跡地へと向かう。
シエルの裏切りによって囚われの身となってしまったカナタ。 イデアールには仮面をかぶったトキオとムートンの姿もあった。 さらに追い打ちをかけるように、シエルはヴァイスハイトからカナタの始末を命じられてしまう。そして明らかになるシエルの衝撃の過去とはー
カナタを心配して後を追っていたエリーが見つけたのは、動かなくなったシエルを抱えた放心状態のカナタだった。自分のせいだと己を責めるカナタ。ノワールとミステル分離のタイムリミットが迫るなか、様々な葛藤を抱えたカナタに決断が迫られるー
遺されたパスカルのメッセ―ジから語られるミステルとノワールの過去。それはかつてパスカルが地上を冒険した途上で、偶然イストワールに接触したことから始まっていた。 一方、マハトはシュネーと契約を交わした頃のことを思い出していた。明かされる彼らの過去とイデアール創設の秘密。マハトとカナタの対決の時が迫っていた。
イデアールとの決戦に備え、カナタはデイジーオーガ アルターのさらなる強化を試みる。 一方、ノワールはシエルの献身により救われたことをいまだ受け止めきれずにいた。 シエルとの想い出を辿りながらあてもなくロックタウンを彷徨うノワールは、シエルのファンだという一人の少女と出会う。
マリアのロケットが完成し、カナタたちはいよいよイストワールへ旅立とうとしていた。 しかしそれを阻止しようと、ヴァイスハイトによりミステルの奪取を命じられたイデアールが総力戦を仕掛けてくる。 ロックタウンのドリフターたちとイデアールとの全面対決の幕がきっておとされた。
ヴァイスハイトの奇襲によりミステルを奪われてしまったカナタは、ミステルを取り戻すべく、トキオとマハトと共に残されたもう1機のロケットでヴァイスハイトの後を追う。ついに辿り着いた伝説の地「イストワール」。そこで待ち受けるヴァイスハイトの真の狙いとは―。
ヴァイスハイトの策略により、全てのメイガスが活動を停止してしまった。 ムートンやシュネーも例外ではないなか、唯一動けるノワールと共に、ついにカナタはヴァイスハイトとの最終決戦に挑む。
