滅びの道を歩む世界・シルヴァラント。その世界を救う「神子」に選ばれた少女・コレットは、天使となるために救いの塔を目指す旅へと出ることになった。旅の出発前夜、幼なじみのロイドから想いを告白されたコレットだったが、そんな彼に対してただ微笑むだけだった。そして陽は昇り、彼女の出発の朝を迎える…。
ディザイアンの手により朽ち果てた村を目の当たりにしたコレットは、世界再生の決意を再確認した。だが、旅の試練はコレットの身体に変化を生んでいった。そして、困惑するロイドたちをよそに、謎の刺客がコレットを狙う。その裏にはもう1人の「神子」の存在が見え隠れしていた。果たして、世界再生の真意とは…？
天使疾患で人間性を侵されていくコレットの姿に苦悩しながらも、ロイドは世界再生の旅を続けていくしかなかった。そんな中、ロイドたちはディザイアン五聖刃の1人・クヴァルの統べるアスカードベースに潜入する。そこでクヴァルと対峙したロイドは、母の形見であるエクスフィアにまつわる衝撃の真相を知らされて…。
ロイドたちは旅の終着地点である救いの塔に辿り着いた。既に感覚の殆どを失っていたコレットは、「心」と「記憶」を捧げる決意をする。それは天使に生まれ変わること、すなわち人としての死を意味していた…。世界再生という大儀とコレットへの想いの間で選択を迫られるロイドたちの前に、ユアンという男が現れて…。
