Baxter Stockman leads a swarm of flies in an attempt to conquer New York and prove his worth to Shredder and Krang so he can become human again.
Baxter Fly ha vuelto, y esta vez ha reunido un ejército de moscas para infestar la ciudad, poniendo en peligro a millones para que Stockman pueda llegar a Shredder, (que todos sabemos que fue la causa de la mutación de Baxter en un insecto) Baxter localiza el Technodrome siguiendo Rocksteady y Bepop, pero su plan de venganza falla cuando Shredder lo atrapa, quien congela a Stockman y su armada de moscas. Krang decide poner su "" activo congelado "" a su favor. El señor de la guerra de la dimensión X libera a Baxter y le ofrece la oportunidad de volverse humano nuevamente, siempre que, por supuesto, lidere el ejército de moscas en un ataque contra Nueva York, y derrote y capture a las tortugas. Los TMNT, sin embargo, son rápidos en eliminar a Baxter, y el científico solo es rescatado gracias a Rocksteady y Bebop, quienes esperan que si Baxter tiene éxito debido a su "" misión de rescate "", Shredder los convertirá en humanos nuevamente.
