帰省した霧恋さんに会いに行く途中、いつもの不運。いきなり空から何か襲ってきた。気がついたとき、目の前に奇麗なオネエサンが……。えっ！ 天地先輩のお知り合いなんですか？
いきなりやってきてしまった大宇宙。そして、俺がいるのは宇宙船の中。なんかよくわからないけど、まぁ面白そうだし、いいか。……なんて思っていたら…え!? 海賊？
海賊たちから助けてくれた大艦隊。そして中央に浮かぶ木の船「水鏡」。そして銀河最強の軍事力を持つ大国の、裏の権利者「神木瀬戸」。…一体、どんな人なんだろう？
やっとのことで入国審査ステーションに到着することができた俺たち。そこにいた管理官という人が……霧恋さん!? なんで霧恋さんがここにいるんですか!?
ケラス、ラジャウというルームメイトに囲まれて、GPでの寮生活が始まった。何とかやっていけそうだな、と思ったのも束の間。……はぁ？ 夜はこれから？ それってどーゆー意味？
GPアカデミーの入学式が厳かに行われ、さっそく業が開始されることになった。基礎訓練カリキュラムの担当教官は天南先生。……何も、そんなに睨まなくてもいいのに……。
生体強化直後は、何も特別なことをする必要はない。日常生活そのものが一番の訓練になる。……それは分かるんですけど……でも、なんで同居……？
怒涛のように流されて、始まってしまった雨音さんの家での生活。訓練と称されて手渡された物は……雑巾とバケツ……？ 床掃除……ですか……。それにしても雨音さん！ その格好は。あぁ絶対遊ばれてるぅ！
ついに宇宙に出ての航海訓練が行われることになった。初めての実地訓練、初めてのまともなカリキュラム。面白い訓練だと嬉しいな。霧恋さんも雨音さんも何も無い平和な訓練なんて言ってたけど、……この海賊は訓練？
実務研修。GPアカデミーの中でも修学過程の大半を占めるカリキュラム。どこに配属されても、とにかく頑張らないと。……って思っているのに、ここはどこ？ ってまた海賊に遭遇！ そこに霧恋さんが……。
宅配便業務課、囮輸送部門で、一応、艦長という役職についての研修が始まった。けど、すごいな、GPって。研修中なのに、給料まで貰えるんだ。初めての給料はお世話になった人にプレゼントを買おう。
研修の最中、俺たちはボロボロになった一隻の救命艇を回収した。そこに乗っていた人たちから渡された小さな箱。これを瀬戸様に渡してくれ？ 箱を狙って、海賊達が守蛇怪に襲いかかってくる。
何とかして危機を脱して、樹雷に辿り着いた俺たち。頼まれていた荷物も無事に届けたし、ホント肩の荷がおりたって気分。けど、そこで明かされた箱の中身、そしてリョーコさんの秘密。
瀬戸様から頂いたプロフェッサー鷲羽の造ったという新造戦艦。その処女航海でネージュちゃんを、とある場所まで運ぶことになった俺たち。ネージュちゃんって、何か新しい妹って感じがするな。でも雨音さんたちはあまり歓迎していないみたい……。
守蛇怪のコンピュータ兼エネルギージェネレーターの福。生まれたばかりのせいか、戦闘を怖がってしまって訓練もままならない。サブシステムを霧恋さんたちが作ってくれたけど福は何か寂しそう。でも福のためなんだから…って何で守蛇怪が動いているの？
校長先生の言葉もあって、久々に地球へと帰ることになった。でも何か、雨音さんとリョーコさんは異様にはしゃいでいるし……。そんでもって何か山田家はすごく立派になっているし…。俺がいないとそんなに店も繁盛するのかなぁ？
福を造ったという鷲羽さんに挨拶するため、天地先輩の家に向かった俺と福。天地先輩、魎皇鬼、鷲羽さん、砂沙美ちゃん、ノイケさん、魎呼さん、阿重霞さん、美星さんが総登場！ ……天地先輩ん家って男は天地先輩だけなんですよね!?
樹雷領宙内を荒らし回る海賊艦隊の報告が届いた。その名も幸運艦隊。悪運に対しての幸運？ その追撃指令を受けたのはいいけど……もしかして、目の前に出てきたのが、そう？
天南先生が幸運艦の艦長に就任!? ……はぁ、海賊に出向なんですか？ そうですか……。そんな折、雨音さんのお母さんが再びGPにやってきて、雨音さんにファッションショーのモデルを頼みたいと言ってきた。
幸運艦の快進撃は、宇宙の勢力分布図を塗り替えるまでになっていた。打開策を練るGP、そして瀬戸様。一方幸運艦の正式艦名を名付けた天南先生。でも船の名前、それだけは止めておいたほうがいいんじゃ……。
幸運艦を打破すべく、挙げられた案は福と皇家の船との融合。守蛇怪のコアと霧恋さんの船・第2世代艦「瑞輝」がいまひとつになる。……でも、俺は、霧恋さんが遠い存在の人になってしまったようで……。
海賊ギルド「ダ・ルマー」が壊滅。これで宇宙は一安心……と思っていたら、問題は、そう単純じゃないらしい。なにより、まだあの幸運艦は健在だし。そこで瀬戸様が出した策というのが……。
突如、銀河軍から守蛇怪の接収指令がおりてきた。それに不服を唱える霧恋さんたち。でも、そうしている間にも、守舵怪は強制的に運び出されて……。そんな福を渡せるかよ！
タラントの軍勢に攻撃され、神殿に逃げ込んだ俺たち。そこにある神像は、村に危機が訪れたとき、雄叫びと共に蘇るって長老さんは言うけど……でも動かないじゃん。
実地研修が終わり、雨音さんの家から寮に戻ることになった。これからしばらくは通常のカリキュラムだ。……それが、どうして俺がこんな偉い人たちと一緒にいるの？
ついにGPアカデミーを卒業。これで俺も正式なGP隊員だ。それで俺の初任務はっと……ってええ!? ちょっと待って下さいよ！ これって、本気……？
無限に広がる大宇宙＜おおうなばら＞に航行宙域からワープアウトし、現れた一隻の宇宙船、「守陀怪」＜かみだけ＞。その艦長である「山田西南」は、ついに念願の故郷へ帰ってきた。 これから身に降りかかる不幸が待機して待つ、太陽系地球へと向かう。 久方ぶりに地球へと足を踏み入れた西南たちだったが、「実家」周りの様相は彼の記憶とは様変わりしていた。そして地球に着き、出迎えた天地たちとあいさつを交わした早々、爆弾話しを聞かされることになった。 親友で霧恋の弟である「正木 海」は妹の吉子と婚約しており、実家山田商店は、巨大ショッピングモールへと進化しようとしていた。 そんな中で、実家への帰省は海からは歓迎されず、鷲羽たちの計らい（姦計）もあり、海と霧恋の母の「正木月湖」の家に滞在することになった。 …幼き日に霧恋や海そして月湖たちと過ごしたことのある家には思いひとしおであったが、憧れの人である、霧恋の母に対して西南は懐かしくも複雑な心境を抱くのであった。
地球に戻り、月湖の家で夜を明かした次の日、正木村の集会場では西南たちの帰還を祝い、美希たち嫁の歓迎会が開かれることになった。 正木村のご婦人たちは美希たち女性陣やジョビアの事も興味津々、そして子供だった西南が大人の「男」として戻ってきたことに…村での生活に期待も高まっていた。 もちろん月湖の心も…。 まだ地球に戻ってきていない霧恋たちもだが、美希たちが正木村で生活していくため、村の作業を手伝うことをかって出る。 それから数日後、帰省先から戻ってきたジョビアだったが…。
「地元で正体がバレた」ジョビアからの告白に不安に駆られる西南たち。 ジョビアからの説明口調に、語られるその顛末に怒りを覚える月湖。諦め半分、瀬戸へ報告と謝罪をする西南。 その後、盤上島基部が完成したことで、その受け取りと造成に西南たちとジョビア、そして月湖とで、対応することを瀬戸から命じられる。 ”島流し！”と泣きじゃくるジョビアは、鷲羽に言いくるめられ、無事？隔離されることとなり、”盤上島”の基となる航宙母艦を受領するため、再び宇宙へと上がり太陽系外縁近くへ赴くのであった。
宇宙船に突如現れた現象の正体は真沙希。樹雷真皇・妹のアストラル体が西南たちの前に現れる。 ジョビアの魔法により受肉して、盤上島母艦に現出したアストラルクローンは、その状態の観察と、真沙樹の接ぎ木の現状を確認するべく、去っていった。 その後、洋上に着水し、島の形を成していく盤上島。西南はその間、月湖に守陀怪の魔樹ユニット内での生活を提案をする。 環境に馴染んで魔法が使えるようになる、と月湖は心躍らせるのであった。
盤上島の最終調整の中で訪れた“夢”の体験中に魔素風邪の兆候が現れた月湖は、朦朧とする意識の中で夢を見ていた。 しかしそれらは関わり初めであったにもかかわらず、月湖の持つ"魔法"へのポテンシャルを引き上げていく。 夢か現実かがあやふやななか、魔素“システム”の記憶を垣間見るが、それは月湖の懐かしい思い出でもあった。 時を同じく正木村月湖宅にひとつの影。“昨夜の情事”確認のため潜入した海であったが、その“痕跡はなく”拍子抜けする。 ふと周囲を見ると西南宛にGP宅配で届けられた“パンフレット”が否応なく目に入るのであった。
瀬戸たちからの要望で西南たちはなんとか盤上島を形にし、海賊たちギルドの面々を受け入れるところまで持ってきた。 だが、施設までは間に合わず、日々作業に追われている地球へと戻ってきた正木の人たちと西南たち。 引き続き、盤上島の維持、海賊の受け入れ・監視を続けることになるが、地球からの監視者もやってきて、慌ただしい毎日が始まる。 だが、そこに何を間違ったか、地球人の一家が移住してくるというハプニングまで付いてきた。 少年だけが先にやってくると聞き、調整に右往左往する監視者“南田”の姿がそこにあった。
