在群山环绕的鲤鱼湖里有一条叫泡泡的淘气小鲤鱼总是闯祸，这一次，泡泡闯祸后离开了鲤鱼湖。
泡泡见到了癞皮蛇，把他误认为是真龙，非常仰慕他。
双面龟想把癞皮蛇的真面目告诉泡泡，可是每次要说都被意外的情况打断。
泡泡带来了“真龙”，鲤鱼湖沸腾了，所有村民都来瞻仰“真龙”的威仪。
泡泡遇到了魔术师阿酷，天真的他以为阿酷的魔术能救奶奶，于是一定要加入艺术团跟阿酷学艺。
泡泡的表演获得了观众喝彩，这引起了章鱼团长的注意，暂时答应他留在艺术团。
阿酷为了证明自己是真正的头牌，准备了一个既惊险又神奇的魔术，可是在表演的时候发生了意外。
泡泡伤心的离开了艺术团，路上遭遇泥石流，危急时刻章鱼团长用金色鳞片的力量保护了泡泡。
肥鲶鱼找到了水下艺术团，带着手下的泥鳅兵耀武扬威，和阿酷发生了冲突。幸亏小美美的出现，她的美貌和歌声镇住了肥鲶鱼，竟然乖乖的听小美美的使唤离开了。
水下艺术团逃跑未遂，被肥鲶鱼半道截住带到了伪龙宫。肥鲶鱼偷偷向癞皮蛇告状，说龙虾私审巨鳌，还私藏了一块神秘的地图。
小美美被逼唱龙虾为讨好癞皮蛇写的歌，众人哄笑，癞皮蛇大怒，逼着大家承认挠痒痒是高贵的行为。在泡泡变脸绝技的烘托下，阿酷上台表演魔术。
在双面龟带领下，泡泡他们救出章鱼团长和小美美。可是，癞皮蛇得到消息率领追兵已经赶到，章鱼团长身受重伤。
借助金之鳞的力量，泡泡一行人逃出了龙宫。高傲的阿酷不顾大家的挽留，一个人走了。
泡泡一行人来到金蟾乐园，被这里奇妙的游乐设施深深地吸引，他们尽情地玩了一天。
整个游乐系统的紊乱，秩序大乱，警报声四起，乐园大门封闭，所有的游人乱作一团。
癞皮蛇派龙虾到金蟾乐园收账，老蛤蟆向龙虾报告金蟾藏着一个神奇的宝贝箱子，龙虾逼迫金蟾交出箱子。
泡泡抱着宝箱吓坏了。不过，奇怪的是癞皮蛇对他竟然视而不见。原来，金鳞与宝贝箱子发生了感应，泡泡变成透明的了，泡泡在众目睽睽之下离开了龙宫。
阿酷丧失了意识完全站在金蟾一边。泡泡无奈之下和阿酷厮打起来。争斗中，蓝鳞从箱子里掉落出来，唤醒了阿酷的意识。
金蟾偷走了蓝鳞，独自去找癞皮蛇算账。龙宫里，金蟾虽然有蓝鳞的法力可是毕竟打不过癞皮蛇，危急时刻，泡泡他们赶来了，金蟾非常感动。
金蟾偷走了蓝鳞，独自去找癞皮蛇算账。龙宫里，金蟾虽然有蓝鳞的法力可是毕竟打不过癞皮蛇，危急时刻，泡泡他们赶来了，金蟾非常感动。
毒水蝎运用毒钳抓住了泡泡和阿酷，向龙虾邀功，不料龙虾出尔反尔，不但不兑现诺言，还偷袭暗害毒水蝎。
泡泡一行人在路上发现了一座神奇城堡，他非要进去不可。小美美想起了金蟾乐园的陷阱，对神奇城堡很是怀疑。双方争执不下，只好分道扬镳。
在城堡里泡泡和阿酷遇到种种怪事，深陷其中不能自拔，等他们意识到危险的时候，才发现这一切都是陷阱。
水牢里，巨鳌并没有吃掉泡泡，原来巨鳌是真龙的助手，他告诉泡泡真龙为了拯救世界已经牺牲了。
双面龟和小美美来营救泡泡和阿酷，却不幸被抓住，扔进了水牢。
泡泡和伙伴们逃出癞皮蛇的龙宫，来到了一片美丽的芦苇荡。大家都以为逃出了危险地带，高兴地玩耍起来。
癞皮蛇不甘心泡泡他们逃走，发出一道电光，击中鹈鹕，泡泡等滚落。千钧一发之时，一只金头雕飞来，用翅膀托起泡泡他们。
火山天池飘起了大雪，泡泡和阿酷被冻住了。可是，泡泡和阿酷坚持着，一定要跟三头凤学习本领。
泡泡和阿酷成功逃脱了鹈鹕的抓捕，三头凤布置了第二个任务，这个任务更无稽，那就是让泡泡和阿酷抓捕金头雕，胜利的标志就是拿到金头雕的一根羽毛。
双面龟和小美美没有死，可是被肥鲶鱼和大龙虾追杀。逃亡途中，他们忽然被一条倒流的瀑布吸向高处。
终于，金鳞和蓝鳞上癞皮蛇的毒液消失了，同时发射出耀眼的光芒。双面龟和小美美随着倒流的瀑布来到了火山天池，大家重新相聚。
告别的时刻到了，泡泡他们踏上了寻找龙鳞的征途。癞皮蛇招来肥鲶鱼和龙虾，让他们去找海怪捉拿泡泡，并面授机宜。
海怪抓着泡泡、阿酷准备送往癞皮蛇处，不料正好撞到海怪母。海怪母得知真相，非常着急。
龙虾巴不得有人快把小海怪弄走，原来小海怪天性好动，一刻不闲的闹腾，肥鲶鱼和龙虾已经被折腾得筋疲力尽了。
小美美主动和蓝蓝交朋友，蓝蓝高兴地把他们带回了家。可是当母海豚知道他们是泡泡和阿酷的朋友时，母海豚十分生气，把他们关进了石阵。
龙形云里，景色奇妙，一个小云朵精灵飘了过来，它分别告诉几人龙鳞在不同的方向。
泡泡等人团结一心得到了翡翠龙鳞，回到大海。没想到癞皮蛇养好了伤，毁灭了海族聚居地。泡泡和阿酷义愤填膺，联合起来与癞皮蛇展开大战。
螃蟹将军阿左和阿右都误认双面龟是对方的奸细，把他当作“排球”抛来抛去。泡泡和阿酷及时赶到，救走了双面龟。
泡泡从残疾螃蟹嘴里得知两个螃蟹将军本来是兄弟，可是受了癞皮蛇的挑拨，都争着要成为螃蟹王，于是分成两派，天天厮打，打死了许多亲人。
双面龟因为在螃蟹岛犯下过错，觉得自己只会拖泡泡他们的后腿。于是悄悄地离开了大家。癞皮蛇在魔镜中看到出走的双面龟，立刻派出肥鲶鱼和大龙虾抓拿双面龟作为人质，要挟泡泡等人。
“怪物”吞下了浑身捆着海草的双面龟，忽然抽搐起来，接着他吐出了泡泡一行人，痛苦地游走了。泡泡等人醒了过来，纷纷感谢双面龟的机智。
癞皮蛇不愿看到章鱼团长恢复记忆，又开始用龙角发射电波，章鱼团长在觉醒和迷失之间挣扎，十分痛苦。
丽丽是一个十分爱美的小女孩，癞皮蛇施魔法让她拥有了一头彩色的头发，但条件是让她去偷她父母守护的龙鳞。
丽丽骗取了泡泡他们的信任，把他们带进了珊瑚迷宫。丽丽找到癞皮蛇，要她把的父母变回来，赖皮蛇却没有兑现诺言。
双面龟责怪小刺豚为什么要帮助癞皮蛇，在双面龟追问下，小刺豚才说出了真相，是因为癞皮蛇把她的父母变成了珊瑚。
泡泡他们正准备离开大海，忽然四条滑稽的海鱼出现了。他们非常崇拜泡泡他们。不过，海鱼们有一个疑问，泡泡他们四人都厉害，可谁最厉害呢？
泡泡和伙伴们再次被关入幽深的水牢，癞皮蛇派了众兵把守，确保万无一失。癞皮蛇汲取以往的教训，决定乘胜追击，马上去九曲藤龙处夺取第五片龙鳞。
龙鳞被藏在了神秘的蛇匣子里，四个小伙伴团结一心，分别喊出四片龙鳞的口诀，龙鳞破匣而出。癞皮蛇凭着头上的龙角骗说是按真龙的旨意在收集龙鳞，要九曲藤龙乖乖交出龙鳞。
泡泡他们到火山天池找三头凤帮忙，三头凤说首先要把癞皮蛇的毒水清干净，于是泡泡他们去水葫芦泽找水葫芦王要神奇的水葫芦。
癞皮蛇抓住了小海怪，泡泡等人立刻出现，他们早就知道癞皮蛇的行动。海怪也摆脱了肥鲶鱼二人，三头凤把情况告诉了他，海怪表示一定会救出藤龙。
藤龙说出第五片龙鳞深藏在它的根茎尽头，要想取得十分不易，会有生命危险。泡泡他们一致表示不管多危险都要拿到龙鳞，阻止癞皮蛇继续危害世界。
泡泡把五片龙鳞一起抛向空中，一座由水流组成的龙门展现在眼前，泛着闪闪金光，壮丽雄伟。癞皮蛇忽然蹿了出来，他要飞跃龙门变真龙。泡泡他们和癞皮蛇展开了一场惊心动魄的大战。