オンラインゲーム「THE NEW GATE」は姿を変え、人々をゲームの世界に閉じ込め苦しめていた。そんな現状を打破すべくシンは、最後にして最強の敵である＜オリジン＞に立ち向かい撃破。囚われていた人々の解放に成功する。 シンも他のプレイヤーと同じく、見慣れた世界に別れを告げようとするが、新たな扉が突如開き500年後の「THE NEW GATE」の世界に飛ばされてしまう。 現実世界に帰る手段を探すため、かつてのホームである「月の祠」に到着したシンは、店番を任されていたエルフの女性、ティエラ・ルーセントと出会う。
ベイルリヒト王国では、王国の近くで現れた常識離れした強さを持つスカルフェイスの噂が広まっていた。噂の主であるスカルフェイスを人知れず撃破し、ギルドに報告を済ませたシンは、教会の孤児院から抜け出してきたミリーと、ミリーを探していたヴィルヘルムと出会う。孤児院に帰るミリーは「キツネさんを助けてほしいの」とシンに告げる。助けを求められ、北の森に向かったシンが目の当たりにしたのは、結界の中で苦しむ小狐の姿だった。
北の森での戦闘を終えたシンは、救った子狐に「ユズハ」と名前をつけパートナー契約を結ぶ。契約を結んだこと、名前を貰えたことにご満悦のユズハを頭に乗せ、ギルドに向かったシンは「スキル継承者の方にお願いです」と書かれた目を引く依頼書を見つける。いかにも訳ありそうな内容、そして依頼元が教会の孤児院と知ったシンは、ミリーとヴィルヘルムの姿を思い出し、依頼書を手に取り教会へと向かう。
トリアからの依頼を受け、亡霊平原の中心部へとたどり着いたシン達は、順調にラシアのレベル上げを進めていた。目標のレベルに達し安堵するシン達に、不穏な影が近づく。不気味な音が響き、空に黒い球体が浮かぶ。近くのモンスターから魔素を吸い、巨大化する球体は姿を変えスカルフェイス・ロードへと変貌。シン達に牙を剥く。そんな中、主の帰還を知ったかつてのパートナーであるシュニーが、強敵と対峙するシンのもとへと向かっていた…。
