Während die New Yorker Zootiere am Weihnachten noch auf Madagaskar waren, stürzte der Weihnachtsmann mit seinen Schlitten über Madagaskar ab. Der Weihnachtsmann kann sich an nichts mehr erinnern. Alex, Marty, Melman und Gloria wollen deshalb alle Geschenke an die Menschen abliefern, die eigentlich der Weihnachtsmann bringen sollte. Doch die Rentiere weigern sich, da sie nur Aufträge vom Weihnachtsmann annehmen. So übernehmen die Pinguine diesen Auftrag, mithilfe des magischen Staubes vom Weihnachtsmann, der die Rentiere flugfähig gemacht hat. Alex, Marty, Melman, Gloria und die Pinguine liefern die Geschenke nach und nach aus. Währenddessen feiert Julian den Julianuar, ein Tag, an dem alle Lemuren ihm was schenken. Doch der Weihnachtsmann hatte kein Geschenk. Er nahm einen Zweig eines Baumes und schnitze mit den Fingern daraus eine Holzlokomotive. Als die anderen Lemuren das sahen, wollten sie auch eine. Doch als Julian das sah, wurde er wütend und nahm alle seine Geschenke weg. Als Alex & Co. fertig waren, hatten sie nur noch so viel Staub, dass sie es nur nach New York oder nach Madagaskar schaffen. Trotzdem entscheiden sie sich für Madagaskar. Doch Julian war weiterhin nicht glücklich. Der Weihnachtsmann schlägt ihm vor jemand anderen zu beschenken, was er dann auch tut. Doch nachdem er Mort eine Kokosnuss geschenkt hatte, stürzten Alex, Marty, Melman, Gloria und die Pinguine in Madagaskar ab und landeten auf dem Weihnachtsmann. Der bekommt sein Gedächtnis wieder und fliegt wieder weg von Madagaskar.
When Santa and his reindeer crash onto the island of Madagascar it's up to Alex, Marty, Gloria, Melman and those wacky penguins to deliver the presents and save Christmas.
Quand le Père-Noël s'écrase sur l'ile de Madagascar, Alex, Marty, Gloria, Melman et les pingouins sont les seuls à pouvoir sauver la situation.
Święty Mikołaj ma wypadek i rozbija się z saniami na Madagaskarze, czego rezultatem jest amnezja dlatego Alex, Marty, Melman i Gloria z pomocą pingwinów muszą rozwieść wszystkim prezenty i uratować Boże Narodzenie przed totalną katastrofą. Przy okazji zamierzają wykorzystać sanie Świętego Mikołaja, by w końcu wrócić do domu, do nowojorskiego ZOO. Tymczasem pingwiny rozpoczynają wojnę z reniferami o to, który biegun jest ważniejszy.
