すべての価値観は瓦解した。さあ、新世界の誕生だ。 超能力を持つ者たちに支配された首都東京。今、世界の終わりが始まる…。
「光る魚」の影響により、超能力に目覚めたリンカ。 リンカの力を「ミラクル！」と表現し彼女の前に現れた東京太郎。リンカとは半年前にすでに出会っていたという。
リンカの超能力の発生原因は「光る魚」。 超能力の原因となる「光る魚」を追い求めるなら、魚を追っている「飛行ペンギン」を探せばいい、とアドバイスする京太郎。ようやく「飛行ペンギン」を見つけたリンカだったが・・・。
紫の奪還に向かうリンカと京太郎。立ちはだかる仏田たち。 傷ついた紫を見たペギーは、怒りで覚醒、仏田に攻撃を加える。
リンカと紫の前に突如現れた謎の男。自らを「教授」と名乗り、幻覚を仕掛ける。 謎の男、「教授」は、二人に石のかけらと「光る魚」の秘密について語り始める
巨大タンカーを落とした教授たち。その光景に愕然とするリンカたち。 大勢の負傷者を救出しようとするリンカの前に現れた美奈実は、むべもなく京太郎を連れて行く。
養谷老師はリンカを鍛えるため、大空歩を呼び出す。歩と試合をするリンカ。リンカの攻撃を事もなくかわす歩。 歩との試合でなす術もなかったリンカは、もっと強くなるためにさらに特訓に励むのだった。
養谷の特訓を受ける日々のリンカ。姿を消した京太郎のことを思い出し、一人遊園地へ。 巷ではESP反対運動が激化していく。
リンカを狙って学校までやってくる能力者の弧月、リン、亜美江たち。手強い相手を前に窮地に立たされるリンカ。 その時、行方不明だった京太郎が現れた！笑顔のリンカ。しかし、瞬間、その笑顔が曇る！？
傷つきボロボロになったリンカ、さまよい歩くも京太郎の姿はない。その頃、京太郎は美奈実によって遥か彼方の南の島に連れて来られていた。さまようリンカに、超能力者を取り締まる執行部隊が取り囲む。
養谷老師の指示のもと国会議事堂を不時着させようと試みる漆葉竜胆。一方、リンカとの最終決戦に向かう美奈実。美奈実との激闘の最中、リンカは東京太郎の生存を確信する！
養谷老師の指示のもと国会議事堂を不時着させようと試みる漆葉竜胆。一方、リンカとの最終決戦に向かう美奈実。美奈実との激闘の最中、リンカは東京太郎の生存を確信する！
