近未来の東京――。ベスティアと呼ばれる特殊能力に目覚めた少年少女が確認されるようになっていた。 自らの能力に飲み込まれ、暴走するそんなベスティアたち。 そのベスティアを人知れず鎮圧するためのサイボーグ部隊を擁するクーストースが暗躍する。 ある夜、ベスティアの少年が追いつめられた時、獣のようなベスティアが現れ、深手を負いながらも、少年を連れ去る。 それはインサニアと呼ばれ、クーストースがかねてから狙っている謎のベスティアだった。 翌朝、ベスティアの少年――ユーマは目を覚ます。そこはファンタジアム・ガーデン。ベスティアとなった少年少女が集う場所だった。 そしてユーマは、クオンという少年と出会う……。
人々を怯えさせる連続殺人事件。その現場にはいつも花の絵が残されていた。“能力者”がかかわっていると考えるクオンたち。 一方、サイボーグ部隊WTOCの一人、イプシロンもまた同じ事件を追う。 クオンが気付いたのは、事件現場にいつもかすかに漂う甘いにおい。デルタ（ひずる）とともに調査をしていたイプシロンは、 花にまつわるデータを検索するうちに、花が美しいだけの存在でない事実を確認する。 事件の犯人とその動機とは一体……。
能力者の少年を確保しようとしたテイとサイボーグのイプシロン（瞬）が接触する。 なんとか少年とテイの救出には成功するが、テイは意識を失い倒れてしまう。 そしてその異変はイプシロンの体にも起きていた。 イプシロンと繋がったテイの脳波を辿り、クオンたちベスティアの本拠を探ろうとするクーストース。 ファンタジアム・ガーデンの秘密を守るには、 テイを医療装置から切り離さなくてはならないが、そうすればテイは再び目覚めることはない。 テイを救うためクオンは、その心の中へと入り込んでいく。 そこでクオンが目撃したのは、瞬を「お兄ちゃん」と呼ぶテイの姿だった。 そしてクオンにも「お兄ちゃん」と声をかける存在が現れる。 それぞれの記憶が絡み合った心の迷宮から、クオンはテイを救うことができるのか。
封印していた過去に直面した瞬（イプシロン）は、クーストースのWTOC本部に帰還しても、情緒不安定のままだった。 そんな状況下で、クーストースは、ベスティアの拠点探しを着々と進行しつつあった。同じ頃、街に出たテイが若者に絡まれ、 能力を暴走させてしまう。テイのテレパシー能力によって、己の暴力衝動を跳ね返された若者たちは、争いを始める。 テイを守るために現れたインサニア・クオンと、ベスティア捕獲に現れた瞬が戦う。 だが瞬は、ともに記憶の迷宮に迷い込んだテイを見て 深い混乱に陥る。そして、思わぬ異変が瞬の体を襲う……
ファンタジアム・ガーデンから脱出したイプシロンとベスティア（能力者）たちを追ってサイボーグ部隊が出動する。 行方不明のクオンは果たして生きているのか。そして思わぬ真実が明かされる。
遠い昔に起きた悲劇。それからクオンが背負い続けた宿命と愛。そして戦う意味。 クオンだけではない。ユリが、テイが、イプシロン（瞬）が未来のために戦おうとする。 最後の戦いに挑むクオンは、その果てに何を見るのか。
