高校生・春日アラタは、けしからんオッパイの美少女に生命を狙われる。 生命を救う代わりに記憶を消すという魔道士リリスにアラタは第三の選択をする「俺は、魔王になる！」と。しかし、行き着いた魔道学園の男風呂には、なぜか、全裸の美少女が？
魔道士になるためには、7つの大罪をアーカイブする研究テーマが必要だ。 寮でテーマを考えているとき、アラタたち４人は結界に閉じ込められる。出口はどこにもない。その時、リリスたちがオシ○○をもよおしてきた。大変だ！ 美少女たちのオシ○○の危機だ！
夏の海、南国の島、水着姿の美少女たち。 なぜかアラタは焼きそばを焼いている。仕方がない。彼のせいで崩壊した学園を、学園長が修復しているらしい。美少女たちと混浴温泉を楽しみながら、魔王候補アラタはテーマを決定する「支配」だ！
学園の地下から強大な魔力が流れ出てきた。その崩壊現象から学園を守るため、アラタたちは、巨大迷路に向かう。 モンスターどもを倒し、最深部にたどり着いたとき、異変が起こる。「ぐあああっ！ なんだ、この力は!?」アラタの背にドラゴンの翼が！
体操着姿の美少女たちのランニング。揺れる胸。アラタの心はときめく。 学園生活をエンジョイしているとき、図書館に幽霊が現れる。調査に向かったアラタたちは「永劫図書館」に強制移動させられた。そこには、行方不明になっていたトリニティセブンの一人が！
永劫図書館の中に現れた最後のトリニティセブン、リーゼ！ 彼女は魔王の刻印を受けた魔王候補だった。 そして聖を救うなら、悪の道を選べとアラタを誘惑する。ためらうアラタに突然のキス！「ぐわあああっ」アラタの魔力が吸い尽くされる！リーゼはビブリア学園に襲い掛かる。
学園長の魔道書『ソロモンズゲート』が発動した。高位の魔道士でも長く見すぎれば、発狂する。 しかし、リーゼは学園長との戦いを潜り抜け、アラタたちを襲った。そして究極の「秘奥義」ラスト・クレストを発動させる！ 時間が止まった――その時、西の学園が消滅した。
なんと、なんと、なんと！ アラタが検閲官セキュリティセカンドに任命される。 そしてリリスたちと消滅した『王立リベル魔道学園』の近くに空間転移される。しかし、そこには、アラタが捜し求めていた従姉妹の姿が……!?
アラタたちの着いた場所は、多元宇宙の狭間を浮遊した異世界だった。次々と魔物たちが襲ってくる。 現れた伝説の魔道書『イーリアスの断章』が、『アスティルの写本』に戦いを挑んできた。時間も空間も止まった世界で『アスティルの写本』は封じられ、消滅！？怒りに駆られたアラタの邪悪な力が目覚める！
究極の魔王アストラル･トリニティが現れる。それはアラタが変身したその異形の姿――。目の前に現れた聖は高位魔道士だと判明する。しかし、聖の目的はアラタを殺し、魔道学園を消滅することだった。「なぜ――!?」困惑。危機。崩壊。「福音探求会」イシュ・カリオテがビブリア学園へ攻撃に向かう。
学園にルーグが襲ってきた。アラタやミラたちは遠い地で足止めされている。学園を守るため、ユイは皆を夢の世界に避難させ、ただ一人、レヴィだけが戦いを挑んだ。しかし、相手は魔王因子を得た魔王候補だ。レヴィは、斬られ、打たれ、倒される。そして巨大な魔力を持った、聖が現れた！
最終回！ ついに聖とアラタは直接戦う！ ルーグが参戦し、リリスが、レヴィが、アリンが、ミラが、アキオが、ユイが、リーゼが、トリニティセブン全員が参戦する。いったい何のために聖はアラタを襲うのか？ 強大な魔力と魔力がぶつかり合い、ついに魔王候補アラタの秘密が解き明かされる！
春日アラタは、アーカイブを理解できていないという理由で退学の危機となる。そのため、トリニティセブンのみんなから話しを聞いて、レポートを8時までに提出する課題を出されるのだった。
ある日、“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタが、トリニティセブンの一人・浅見リリスの魔道書『ヘルメス外典』に何の気なしに触れた瞬間、眩い光に包まれ、目の前には謎の少女が姿をあらわす。 「リリム」と名付けられ、アラタとリリスを親と慕う少女。だが、 少女の出現と同時に、世界に異変が――。 目覚める禁忌の“悠久図書館”。 そこには、錬金術の究極の産物―― 人の手によって造られし”白き魔王“が封じられていた。 “白き魔王”は、真の魔王へ至るため、アラタとトリニティセブンたちの抹殺を企てる。 かつてない強大な力を持つ”白き魔王“を前に、世界の崩壊と、絶体絶命の危機がアラタたちを襲う――。 アラタとトリニティセブンたちは、この世界を守れるのか？ 彼らの最後の戦いが今、始まる――！
世界を崩壊させるという“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタは トリニティセブンの一人である浅見リリスらと共に遺跡調査を行っていた。 アラタの力に反応した強い力により、辺りはまばゆい光に覆われ、 気づけばそこは古より天空に存在する、全世界の英知を司る場所・「天空図書館」だった。 すると突如、紅い稲光とともに、顔がアラタにそっくりなある男が現れる―。 名は紅の魔王“アビィス・トリニティ” 彼は、魔王を滅ぼすための魔王であり、街を一瞬で消し飛ばす強力な力の持ち主故、 長く「天空図書館」に封印されていた。 アラタの魔王因子に反応してその封印を解かれた彼は、 魔王としての力を取り戻し、世界を、すべてを無に還すことを目論んでいた。 そのカギとなるのが、彼の娘・リリス─── なんと、リリスは最強魔王の娘だったのだ……っ！ アビィスの危険すぎる力により囚われたリリス。 アラタたちは、リリスを救い、最強魔王を打ち倒すべく魔王兵器を探すことに……。 しかし、それを使えば、人の心を失い、完全に魔王化してしまうというが……。 魔力を支配するか、それとも支配されるか──。 アラタの最大のピンチが訪れる──！
