ヒーロー好きな青年ジョーと恋人のシルヴィアは久しぶりのデート。ジョーはシルヴィアと往年のヒーロー映画「キャプテン ブルー」を見に行くことにする。ところが、映画は、正義のヒーロー、キャプテン ブルーが、悪の組織ジャドーに倒されて終わってしまった。キャプテン ブルーを倒した大巨人は、スクリーンから手を伸ばし、シルヴィアをつかむと、映画の世界、ムービーランドに連れ去ってしまう。映画館に残されたジョーも、突然スクリーンから現れたキャプテン ブルーのロボ、シックス魔神に連れられムービーランドへ。ジョーが気付くと、そこは今見ていた映画の世界だった。ジョーは、突然悪の組織ジャドーの刺客ジョーカーと、ビアンキーに襲われる。必死に逃げながらも応戦するジョーだが、ビルの屋上に追いつめられ……。
さらったシルヴィアを運ぶハルク ダビッドソン。シルヴィアがトイレに行きたくなったので、チャールズ三世の館へ立ち寄る。シルヴィアを追いかけて来たジョ-もチャールズ三世の屋敷へ。ジョーに気付いたハルク ダビッドソンは、屋敷の中で、ジョーを襲う。ジョーは変身して戦うが、屋敷の奇怪なしかけと、ハルク ダビッドソンのパワーに苦しめられる。
ヒーロー復活に脅威を抱くジャドーは、ジョーを南の孤島へ転送する。そこには、水中の戦いを得意とするジャドーの幹部、グラン ブルースが待ち構えていた。ジョーは、変身し、グラン ブルース、ダイバー ビアンキーたちと戦い勝利する。だが、そこへジャドーの幹部、アラストルが現れた。突如現れたアラストルは、ビューティフル ジョーの戦いぶりを「美しくない」と批判、華麗な攻撃でジョーを襲う!!
ジャドーの基地に幽閉されているシルヴィア。身の回りの世話をするビアンキーたちは、いつの間にか、シルヴィアの尻の下に敷かれていた。それに気付いた幹部、スプロケットは、ビアンキーたちを叱責。スプロケットは、シルヴィアを嫌がらせようと、ジョーがジャドーにやられそうになる映像を見せる。それでもジョーが助けにくることを信じるシルヴィア。一方、空腹で倒れかけたジョーが入ったハンバーガー屋はジャドーのワナだった!!
ジョーは空腹のままブルータウンという街にたどりつく。街は、乗っ取りをたくらむ悪漢に襲われていた。だが、そこに一人の少年がたちはだかる。少年の名はキャプテン ブルー ジュニア。ジュニアは、キャプテン ブルーの志を継ぎ、街の平和を守るため、一人戦っているのだ。ジョーのV-ウォッチが本物だと知らぬジュニアは、ジョーを制して、ジャドーの刺客、ビアンコ ビリーと対決。だが、ビアンコ ビリーにやられてしまう。
ジュニアは、キャプテン ブルーの熱狂的なファンだという老人に、連れられて老人の家へ行った。裏の畑であるものを拾ったのだという老人は発明家で、家にはピカピカの飛行メカが。一方、ジョーは、にせシルヴィアをつかったジャドーのワナにはまってしまう。チャールズIII世の空中殺法に、空を飛べないジョーは大苦戦。そこへ、ジュニアが、老人の飛行メカに乗って来た！だが、メカはとんちんかんな動きを繰り返すばかりで……。
ジョーとジュニアが街を歩いていると、不思議なおもちゃを配っている男が。スラグンというおもちゃで、頭につけると、思ったことを何でも叶えてくれるのだという。早速つける街の子供たち。はじめは、皆おもしろがっていたが、ふとしたことから子供たちがケンカを始めた。子供たちの思うままに暴れだしたスラグンのせいで街は大混乱に!!
いつもやられてばかりの三幹部に業を煮やしたジャドーの幹部、ファイアー レオは、自ら、ジョーを倒しに出向くことにした。また、ジョーに一目をおくジャドーの幹部、アラストルも秘かにジョーのもとへ。高山でチーズフォンデュを楽しんでいたジョーを、ファイアー レオ、そしてメタルレオたちの地獄の炎が襲う。炎のたてがみから繰り出されるファイアー レオの攻撃に逃げまどうだけのジョーは……。
街でホーリィという少女と出会ったジョーたち。だがその直後、突然ジョーは警察につかまってしまう。実は、ホーリィは、王国のお姫さま。姫として国民の未来を背負うプレッシャーに負け、街に逃げ出してきていたのだ。そうとは知らず、街でホーリィと再開したジュニアは、なぜか追ってくる警察とジャドーから、ホーリィを守るため、街中を逃げ回る。だが、ついに二人は、ジャドーの怪人に追い詰められてしまい……。
グラン ブルース、チャールズIII世、ハルク ダビッドソンら、ジャドー３幹部は、ジョーにやられてばかりだった。普段はいがみあっている３幹部だったが、ジョーを倒すためにと、協力をちかう。３幹部は、それぞれのいいところをあわせたロボット「グラン チャールク」を開発した。陸海空すべてでパワーを発揮する最強のロボ「グランチャールク」が、ジョーを襲う。
