総人口の約8割が何らかの超常能力“個性”を持ち、政府認可の下、その“個性”によって社会を守る“ヒーロー”という存在が確立された世界。平凡な大学生、灰廻航一はかつて諦めたヒーローへの憧れを捨てきれず、「親切マン」を名乗ったヒーローまがいの人助けを密かな楽しみとしていた。 ある日、コーイチはゴロツキに絡まれ危機一髪のピンチに陥る。その時、コーイチの前に現れたのはヒーローでも警察でもなく…？
違法薬物“トリガー”の手がかりを探し、街で聞き込みを始めるコーイチ、ポップ、ナックル。ところが、手荒な聞き込みをしていたナックルは“抹消ヒーロー”イレイザーヘッドから、敵と疑われてしまう。 二人の戦いの一方、コーイチ達に仕返しに来たソーガ達が“トリガー”を使って暴れ出し、さらには超大型敵が現れ、鳴羽田の街は大混乱に！
「親切マン」改め「ザ・クロウラー」として『ヴィジランテ』活動を始めたコーイチ。 ポップ、ナックルも家に押し掛けるようになり、日々の生活も次第に賑やかになっていく。そんな中、ポップのファンが“トリガー”を使うことで暴走してしまう。狂暴化したファンはポップに迫り…。
“個性”「滑走」のトレーニング中、コーイチは“ターボヒーロー”インゲニウムに出会う。速さとチームプレーを重視するインゲニウムは、コーイチの“個性”に目を付け事務所にスカウトする。そんな中、鳴羽田には危険走行で煽り事故を繰り返す「走り屋」敵が出現。 インゲニウム、敵による「命を賭けた勝負」が行われる中、コーイチは…。
いつも強気になってしまい、コーイチに対して素直になれないポップ。実はポップには、コーイチにまだ伝えられていない過去の“ある出来事”があった。 一方、街では以前コーイチ達が捕まえた敵岩甲が再び出現。岩甲はより強化された“トリガー”で暴走しコーイチを圧倒するが、そこに突如として現れたのは…？
コーイチを救い、その志に共感を示したスタンダール。しかし彼は、己が悪とみなした人間を「断罪」と称して殺害する歪んだ信念の持ち主だった。蜂須賀の企みにより、スタンダールは次の標的としてソーガ達3人組を狙う。ソーガは仲間を守るため一人で戦おうとするが…。
ヴィジランテ活動にかまけて大学の単位が大ピンチ！そんなコーイチに救いの手を差し伸べたのは、頭脳明晰な大学の先輩・マコト。お礼にマコトの研究のボディーガードをすることになるが、研究テーマはなんと“鳴羽田のヴィジランテ”?! コーイチは正体がバレることなく、ボディーガードを遂行することができるのか…。
アメリカからトップランクのプロヒーロー、「キャプテン・“お騒がせ”セレブリティ」ことキャプテン・セレブリティが来日。コーイチも間一髪でセレブリティに助けられるが、自分の活躍を優先する戦い方や、スキャンダルだらけの女性関係など、ヒーローらしからぬ姿勢がどうにも気に食わない。さらに、セレブリティはマコトにも親しげに接してきて…⁈
コーイチにとって最恐の母、掌子がやって来た！コーイチは見栄を張ろうとマコトに彼女の振りをしてほしいと頼むが掌子にはあっさりバレてしまう。失態ばかりのコーイチに代わりマコトは浅草観光を提案するが、三人が乗った観光バスがいきなり暴走！インゲニウム達が救助に駆け付けたが、バスにはマコトが残されてしまい…。
ポップのもとにマルカネ百貨店の新装開店イベント“なるフェス”への出演依頼が届く。ポップは迷いながらも、コーイチ、ナックルに背中を押され挑戦することに。一方、ナックルは独自に蜂須賀の正体を探り続ける。その行動には、ナックルのある秘密が関係していた。
“なるフェス”に向け、特訓に励む出演メンバー達。ところが本番一週間前にアイドル「フェザーズ」の一人、美羽が怪我をしてしまう。イベントを成功させるため、動揺する一同にポップはある提案をする。 そしてイベント当日、蜂須賀が仕掛けた敵が街で暴走。騒ぎに乗じて事件を起こそうとする蜂須賀の前に立ちはだかったのは…！
蜂須賀の正体は、ナックルの娘・雄黒珠緒が「女王蜂」の“個性”に操られた姿だった。自分と向き合わなかった父への怒りが溢れ、本気の殺意を向ける蜂須賀。父と娘、激戦の行方は―？！ 一方、敵による停電で騒然となるマルカネ百貨店。イベントの続行が危ぶまれる中、なんとしても“なるフェス”を成功させたいポップが取った行動とは―？！
蜂須賀の起こした騒動に巻き込まれながらも、大成功に終わった“なるフェス”。 ポップは自分の活動に自信が持てるようになり、またコーイチも変わらずヴィジランテ活動に励む日々を送り、鳴羽田には平穏な日々が戻ったかのように見えた。しかし、依然として“トリガー”の黒幕の足取りは掴めず、またナックルは一人密かにある決意を固めていた。
ご当地アイドルのコラボイベントに参加するためコーイチとポップは大阪へ行くことに。 到着して出会ったのは、BMIヒーロー・ファットガムとご当地アイドルの「カニ子」こと蟹屋敷モニカ。 イベントが順調に進むと思われる中、裏では違法薬物の取引が行われるらしく…？ 一方、鳴羽田ではイレイザー・ヘッドが“トリガー”について調査しており...。
違法薬物の流通経路である通称“カニルート”を調べるためにカニ料理専門店「かに道化」に潜入捜査していたカニ子。捜査中、彼女の前に現れたのは...！？ 一方でカニ子の代わりに「かに道化」のステージに出ることになったポップ。宣伝のために乗っていたカニマシーンの暴発に巻き込まれ...
イレイザー・ヘッドと塚内は、「傷顔の男」の“個性”が数年前に突如活動を休止したヒーロー・オクロックと酷似していることに気づき、その正体について疑念を抱いていく。一方、鳴羽田では平穏な日々が続く中、コーイチは自身の“個性”が成長していることに気づく。
暴走する突発性改造敵と戦闘中のコーイチが、偶然にもイレイザー・ヘッドと鉢合わせる。コーイチは“個性”の不正使用を咎められることを恐れ、その場を立ち去ろうとする。しかしイレイザーは敵の攻撃を受けて負傷してしまい、2人は危機的状況に陥る…！
“トリガー”を使ったと思われる事件が多発！ミッドナイトとポップ☆ステップが、変装し潜入したのはまさかの合コン！？その頃、姿を消していたナックルダスターは香港で怪しげな取引をしていた。そこで明かされる、ナックルの驚くべき正体とは…！？
ヴィランに襲われている少女と猫を助けたコーイチとイレイザーヘッド。降り始めた雨の中、ふとイレイザーの脳裏によみがえったのは雄英高生の頃の記憶だった。白雲、山田と共にヒーローを目指しながらも自らの“個性”に悩みを抱えていた。若き日の相澤の物語が幕を開ける。
香山の取り計らいにより、ハイネス・パープルが代表を務めるヒーロー事務所「オフィス・パープル・レヴォリューション」にて相澤と白雲はインターンをすることとなった。インターンを通して自らの“個性”と課題に向き合おうとする相澤。任務遂行の過程で、二人は戦闘の相性の良さを実感し、山田を交えた3人は校舎屋上で未来を語りあう。
突如として現れた敵が街を破壊し大暴走！ハイネス・パープルをはじめとするヒーローたちが苦戦を強いられる中、相澤と白雲も現場へ向かう。相澤が敵と対峙する一方で、白雲は子供を助けようとするが...。
キャプテン・セレブリティのアメリカへの帰国が決定し、日本のファンに向けての盛大なお別れイベントを開くことに。会場となったのは高さ500メートル、収容人数5万人の“東京スカイエッグ”！有名ヒーローたちと共に“なるフェス”メンバーの出演も決定し、日夜特訓に励む面々。一方、鳴羽田で起こった自爆型の大型ヴィラン事件の陰には「傷顔の男」が関係しており…。
ファットガムとカニ子が鳴羽田にやってきた！“トリガー”の流通網を探るためカニ子はイレイザーヘッドとコンビを組み潜入捜査を開始する。 そしていよいよ、キャプテン・セレブリティのファイナルステージが幕を開ける！熱狂に包まれるイベントだが、その会場の外には“東京スカイエッグ”を狙う「傷顔の男」の姿があった…。
「傷顔の男」が爆弾敵を操り、“東京スカイエッグ”に自爆攻撃を仕掛けた！キャプテン・セレブリティはその身を挺してタワーを支える。「傷顔の男」の執拗な攻撃によって何発もの爆弾を食らう危機的状況の中、現れたのは…！絶体絶命のキャプテンの脳裏によぎったものとは...。
「傷顔の男」による爆弾敵の猛攻によりついに“東京スカイエッグ”は崩壊寸前の危機に。コーイチとキャプテン・セレブリティが満身創痍で奮闘するも、状況は悪化の一途を辿るばかりだった。そこへ、1人のヒーローが登場する――。一方、攻撃の手を止めない「傷顔の男」の前に現れたのは…！？
オールマイトの登場により“スカイエッグ事件”は無事に収束。鳴羽田には徐々に日常が戻り始め、キャプテンとのお別れの日がやってくる。事件を終えたコーイチは自身の“ヴィジランテ”活動、そして、将来のことについて考え始める…。
