頼み事を断れない極度のお人よし少年・鈴木入間（いるま）は、ある日突然、悪魔たちの住む魔界へと連れてこられてしまう。大悪魔・サリバンの屋敷に着いた入間は、そこで信じられない“頼み事”をされる…。それは“サリバンの孫になる”こと！ 早速、溺愛される入間は、彼が理事長を務める悪魔学校・バビルスに入学することに…。人間の正体を隠しながらの、魔界のドキドキスクールライフがいま、始まる！
バビルスに通うことになった入間は、人間だとバレないよう、平穏に過ごしたいと考えている。しかし、入学式や入試主席アスモデウス・アリスとの一件により、すでに生徒の注目の的となってしまっていた！ １年生の入間たちは、悪魔の位階（ランク）を決めるための行事「使い魔召喚の儀式」に参加することに。担当はバビルスでもひときわ厳しい教官、ナベリウス・カルエゴ。入間が召喚する使い魔とは、いったい…？
「入間とクララ」：入間とアスモデウスがバビルスで新たに出会ったのは、変わり者の女子悪魔、ウァラク・クララ。珍獣扱いされているクララは、他の生徒からいいように利用されているようなのだが…？ 「悪魔のお友達」：アスモデウス、クララとすっかり打ち解けた入間。通学のお迎えから始まり、悪魔の文化に戸惑いつつも学生生活を送っていた。そんなとき、食堂で他の生徒からイタズラをされるが…！？
入間のクラスはアスモデウス、クララと同じ「問題児（アブノーマル）クラス」に決まった。その名のとおり問題児ばかりのクラスで、入間は次期魔王を目指す巨体の悪魔、サブノック・サブロにいきなりライバル宣言される。 早速始まった授業では「飛行レース」が行われることに。レースの舞台となる谷には、「囀（さえず）り谷」と「金剪（カナキリ）の谷」という異なる難易度のコースがあるらしい。そこには危険な怪鳥もいて…。
悪魔の位階（ランク）決めのための試練「飛行レース」。飛ぶことができない入間は怪鳥のヒナの背に乗せられ、どこかへ連れていかれてしまう。一方、単身危険な金剪（カナキリ）の谷コースへ向かったサブノックは、凶暴な谷の長（おさ）と死闘を繰り広げていた。「魔王になるまでは死ねない！」と心に誓うサブノックの“魔王を目指す理由”とは？ 入間とサブノック、果たして二人は無事、谷から生還することはできるのか！？
魔力をためることができる“悪食（あくじき）の指輪”を手に入れてしまった入間。常日頃から、人間だとバレないように生活していきたいのだが、指輪の力を知らずに、授業でまたもや生徒たちの注目を集める事件を起こしてしまう。そんな入間を「人間ではないか」と疑う悪魔がいた。その悪魔とは、生徒たちから尊敬を集める生徒会長のアザゼル・アメリ！ 女傑のアメリだが、入間を疑っているのには、ある意外な秘密があって…？
入間が廊下でぶつかったのは、入間のことを人間だと疑ってやまないアメリだった！ 入間はぶつかった拍子に、アメリが人間界の少女漫画『初恋メモリー』を所持していることを知ってしまう。『初恋メモリー』は、魔界では禁書扱い。しかし、そのトキメキあふれる内容への興味を抑えきれないアメリは、正体を突きとめることを言い分に、入間に漫画の朗読をさせることに！ 入間とアメリの、ナイショの朗読会が始まる！
入間が頻繁にアメリに呼び出されることをおもしろく思っていないクララ。入間の気持ちを自分へと向かせるため、サキュバス族であるライム先生の誘惑授業を受けることに。入間を夢中にさせようと意気込むクララだが、クララの「イロケ度」はライム先生も驚くほど壊滅的な数値を記録。それでもめげずに、あの手この手を使って入間を虜（とりこ）にしようとたくらむクララ！ 果たして、入間をメロメロにすることはできるのか！？
「全部拾いたい」 入間が目を覚ますと、すでに一連の騒ぎは収まっていた。入間はサリバンからキリヲが逮捕されたことを知らされる。巨大花火が上空に打ち上がったあと火花降り注ぐ地上で起きたこととは…？ 「家族との時間」 バビルスの危機も一件落着。いよいよ師団披露（バトラパーティー）本祭の始まりだ！優秀な師団に贈られる『特賞』を目指し披露に力が入る生徒たち。見学に来た生徒たちの家族も加わり祭りは一層にぎやかに！
アメリとの約束で、位階（ランク）の昇級を目指すことにした入間。 １週間後に開催される昇級試験「処刑玉砲」を受けることに。「処刑玉砲」は、入間もよく知る人間界のあの球技によく似ていて…！？ 他の問題児クラスの生徒たちとの力の差を感じた入間は、特訓することを決意。魔術に頼らず自分の力で勝負したいという入間に、屋敷の執事・オペラによるスパルタ特訓が待っていた。特訓に特訓を重ねた入間が得たものとは…！？
位階（ランク）昇級試験、「処刑玉砲」当日。 気合い十分で試合に臨む入間だが、チーム分けでアスモデウスと敵対するチームになってしまう。入間を勝たせるべく、策を練るアスモデウス。その間にも、クラスメートたちはおのおの得意とする魔術を使って容赦なくゲームを進めていく。 果たして入間は、特訓の成果を見せることはできるのか！？そして入間とアスモデウスの、勝負のゆくえは…！？
「使い魔といっしょ！」 無邪気で怖いもの知らずの新任教師、バルス・ロビンがバビルスにやって来た！彼による初授業は『使い魔との交流』。使い魔としてカルエゴを召喚してしまった入間は授業内容に青ざめるが…？ 「師団（バトラ）の挑戦」 位階（ランク）上げの次なる目標を探す入間。バビルスには共通の趣味を持つ者同士で交流する団体活動、師団なるものが存在するらしい。師団に興味を持つ入間の元に、謎の足音が…！？
新入生を巡って、上級生が師団（バトラ）へと勧誘する１年生争奪戦（ルーキーハント）が始まった。 優秀な新入生を獲得しようと、力ずくで襲いかかってくる上級生たち。そこで繰り広げられる、すさまじい攻防戦！１年生争奪戦をなんとか乗り切った入間たちは、学内のさまざまな師団を見学して回ることに。 そんな中、突然入間の指輪が暴走し始め、とある上級生に激突してしまう事態に！？
「魔具研究師団（バトラ）」 魔具研究師団の部屋の前で、再び上級生のアミィ・キリヲに出会う入間。魔具研究師団の部屋には不思議な器具や装置など怪しいものがいっぱい。入間はそこでキリヲの野望を聞く。 「１３冠の集い（サーティーン・ディナー）」 バビルスでは新入団員お披露目の『師団パーティー』が行われる。入間の晴れ姿を楽しみにするサリバンだが、魔界の有力者が集う「１３冠の集い」に出席しているようで…？
人間界への渡航の疑いで、サリバンが魔関署に拘束されてしまった！ 入間のためにも、師団披露（バトラパーティー）にはなんとか駆けつけたいところなのだが…。一方、そんな事情を知らない入間は、魔具研究師団の披露の準備を進めていた。みんなのやりたいことを集めた結果、人間界で言うところの「花火」を作ることに。泊まりがけで作業をすることにした入間たち。魔具研究室で、楽しいお泊まり会がはじまる！？
師団披露（バトラパーティー）の準備を着々と進めていく入間たち。 花火の砲台が完成に近づきつつある中、姿の見えないキリヲを探しに行く入間。入間は指輪に強引に導かれ、バビルス校内にある謎の隠し部屋にたどり着く。そこではキリヲが、秘密裏に“ある計画”を企てていた！ さらに、キリヲが連絡を取っていた相手も明らかに！ キリヲのたくらみとは！？ そして、隠し部屋で入間が見たものとは、いったい…！？
キリヲが語った「野望」。魔力が弱い悪魔も強い悪魔も関係ない、上下関係のない世界――に共感した入間は師団披露（バトラパーティー）で特賞を狙おうと宣言。自分たちが特賞をとれば、ハイランクの悪魔から魔具研究師団、そしてキリヲの努力も注目されるはず…。 ついに始まった前夜祭では、屋台や出し物など、お楽しみが盛りだくさん！ しかしその裏で、入間たちが準備していた花火の玉がなくなっていて…？
突如としてバビルス全体が見えない壁で取り囲まれてしまった！ さらに、外部との連絡は取れず、校内のあちこちにも見えない壁が出現。バビルス中が大混乱に陥る中、カルエゴたち教師陣は、前夜祭を続行しつつ生徒を中央広場に避難させようと策を練る。 行方の知れないキリヲの身を案じた入間は、アスモデウス、クララと力を合わせてキリヲを探しに行くことに。 果たして入間は、キリヲのもとへたどり着けるのか！？
刻一刻とキリヲによるバビルス爆破計画が進む。何とか隠し部屋までたどり着いた入間。魔具研究師団（バトラ）の花火を使ってバビルスの爆破をもくろむキリヲは、ふだんの姿からは想像もつかないものだった…。 キリヲは入間に、幼き日のある出来事を語る。 キリヲの悪魔としての本性を悟る入間。バビルス絶体絶命の危機を回避することはできるのか！？
「栄えある表彰」 優秀な師団（バトラ）の表彰が行われる、師団披露（パーティー）後夜祭。入間たち魔具研究師団も『特賞』を狙う！それは、入間がキリヲと交わした約束でもあった。果たして、賞の行方は…！？ 「人間の処遇」 花火の一件で、またまた目立ってしまった入間。そんな入間を「人間ではないか」と疑う魔関署の警備長、アザゼル・アンリがバビルスにやって来た！あれ…？この感じ、前にも見たことがあるぞ？
魔界で大人気のアクドルくろむの、朝昼晩のいちにちライブが魔苦針（まくばり）ドームで開催！ アクドルとは、悪魔たちの『悪周期』の悪意を発散させる重要な職業。中でもくろむは若手の有望株で、チケットは即日完売するほどの人気ぶりらしい。しかしくろむには、人には言えない秘密があった…。幸運にも、くろむのライブチケットを手に入れた入間はアスモデウス、クララと一緒にライブへ行くことに！
くろむの正体は、問題児（アブノーマル）クラスの生徒、クロケル・ケロリだった！ケロリは入間と話をするうちに、入間の人気ぶりに嫉妬。感情が高ぶり、ついには倒れてしまう！とてもライブができる状態ではないケロリだが、ケロリには、どうしてもライブを中止にしたくない、ある理由があった。そんなくろむの魔苦針（まくばり）ドームライブを成功させるため、入間たちは驚きの行動に出る！！
すっかり魔界での生活になじんだ入間。いつもどおり、クラスメートたちと楽しく過ごしていたが、ふと「このまま魔界に居続けていいのか？」と考え始める。一人悩む入間の姿を見たアスモデウスとクララは、入間を元気づけるため、手料理をふるまうことに！しかしクララの母直伝のレシピには、アスモデウスでも知らない要素が満載。ライバル心むき出しの二人は、いつの間にかお料理対決へと発展！？入間が選んだのは、果たして――？
