頼み事を断れない極度のお人よし少年・鈴木入間（いるま）は、ある日突然、悪魔たちの住む魔界へと連れてこられてしまう。大悪魔・サリバンの屋敷に着いた入間は、そこで信じられない“頼み事”をされる…。それは“サリバンの孫になる”こと！ 早速、溺愛される入間は、彼が理事長を務める悪魔学校・バビルスに入学することに…。人間の正体を隠しながらの、魔界のドキドキスクールライフがいま、始まる！
バビルスに通うことになった入間は、人間だとバレないよう、平穏に過ごしたいと考えている。しかし、入学式や入試主席アスモデウス・アリスとの一件により、すでに生徒の注目の的となってしまっていた！ １年生の入間たちは、悪魔の位階（ランク）を決めるための行事「使い魔召喚の儀式」に参加することに。担当はバビルスでもひときわ厳しい教官、ナベリウス・カルエゴ。入間が召喚する使い魔とは、いったい…？
「入間とクララ」：入間とアスモデウスがバビルスで新たに出会ったのは、変わり者の女子悪魔、ウァラク・クララ。珍獣扱いされているクララは、他の生徒からいいように利用されているようなのだが…？ 「悪魔のお友達」：アスモデウス、クララとすっかり打ち解けた入間。通学のお迎えから始まり、悪魔の文化に戸惑いつつも学生生活を送っていた。そんなとき、食堂で他の生徒からイタズラをされるが…！？
入間のクラスはアスモデウス、クララと同じ「問題児（アブノーマル）クラス」に決まった。その名のとおり問題児ばかりのクラスで、入間は次期魔王を目指す巨体の悪魔、サブノック・サブロにいきなりライバル宣言される。 早速始まった授業では「飛行レース」が行われることに。レースの舞台となる谷には、「囀（さえず）り谷」と「金剪（カナキリ）の谷」という異なる難易度のコースがあるらしい。そこには危険な怪鳥もいて…。
悪魔の位階（ランク）決めのための試練「飛行レース」。飛ぶことができない入間は怪鳥のヒナの背に乗せられ、どこかへ連れていかれてしまう。一方、単身危険な金剪（カナキリ）の谷コースへ向かったサブノックは、凶暴な谷の長（おさ）と死闘を繰り広げていた。「魔王になるまでは死ねない！」と心に誓うサブノックの“魔王を目指す理由”とは？ 入間とサブノック、果たして二人は無事、谷から生還することはできるのか！？
魔力をためることができる“悪食（あくじき）の指輪”を手に入れてしまった入間。常日頃から、人間だとバレないように生活していきたいのだが、指輪の力を知らずに、授業でまたもや生徒たちの注目を集める事件を起こしてしまう。そんな入間を「人間ではないか」と疑う悪魔がいた。その悪魔とは、生徒たちから尊敬を集める生徒会長のアザゼル・アメリ！ 女傑のアメリだが、入間を疑っているのには、ある意外な秘密があって…？
入間が廊下でぶつかったのは、入間のことを人間だと疑ってやまないアメリだった！ 入間はぶつかった拍子に、アメリが人間界の少女漫画『初恋メモリー』を所持していることを知ってしまう。『初恋メモリー』は、魔界では禁書扱い。しかし、そのトキメキあふれる内容への興味を抑えきれないアメリは、正体を突きとめることを言い分に、入間に漫画の朗読をさせることに！ 入間とアメリの、ナイショの朗読会が始まる！
入間が頻繁にアメリに呼び出されることをおもしろく思っていないクララ。入間の気持ちを自分へと向かせるため、サキュバス族であるライム先生の誘惑授業を受けることに。入間を夢中にさせようと意気込むクララだが、クララの「イロケ度」はライム先生も驚くほど壊滅的な数値を記録。それでもめげずに、あの手この手を使って入間を虜（とりこ）にしようとたくらむクララ！ 果たして、入間をメロメロにすることはできるのか！？
アメリとの約束で、位階（ランク）の昇級を目指すことにした入間。 １週間後に開催される昇級試験「処刑玉砲」を受けることに。「処刑玉砲」は、入間もよく知る人間界のあの球技によく似ていて…！？ 他の問題児クラスの生徒たちとの力の差を感じた入間は、特訓することを決意。魔術に頼らず自分の力で勝負したいという入間に、屋敷の執事・オペラによるスパルタ特訓が待っていた。特訓に特訓を重ねた入間が得たものとは…！？
位階（ランク）昇級試験、「処刑玉砲」当日。 気合い十分で試合に臨む入間だが、チーム分けでアスモデウスと敵対するチームになってしまう。入間を勝たせるべく、策を練るアスモデウス。その間にも、クラスメートたちはおのおの得意とする魔術を使って容赦なくゲームを進めていく。 果たして入間は、特訓の成果を見せることはできるのか！？そして入間とアスモデウスの、勝負のゆくえは…！？
「使い魔といっしょ！」 無邪気で怖いもの知らずの新任教師、バルス・ロビンがバビルスにやって来た！彼による初授業は『使い魔との交流』。使い魔としてカルエゴを召喚してしまった入間は授業内容に青ざめるが…？ 「師団（バトラ）の挑戦」 位階（ランク）上げの次なる目標を探す入間。バビルスには共通の趣味を持つ者同士で交流する団体活動、師団なるものが存在するらしい。師団に興味を持つ入間の元に、謎の足音が…！？
新入生を巡って、上級生が師団（バトラ）へと勧誘する１年生争奪戦（ルーキーハント）が始まった。 優秀な新入生を獲得しようと、力ずくで襲いかかってくる上級生たち。そこで繰り広げられる、すさまじい攻防戦！１年生争奪戦をなんとか乗り切った入間たちは、学内のさまざまな師団を見学して回ることに。 そんな中、突然入間の指輪が暴走し始め、とある上級生に激突してしまう事態に！？
「魔具研究師団（バトラ）」 魔具研究師団の部屋の前で、再び上級生のアミィ・キリヲに出会う入間。魔具研究師団の部屋には不思議な器具や装置など怪しいものがいっぱい。入間はそこでキリヲの野望を聞く。 「１３冠の集い（サーティーン・ディナー）」 バビルスでは新入団員お披露目の『師団パーティー』が行われる。入間の晴れ姿を楽しみにするサリバンだが、魔界の有力者が集う「１３冠の集い」に出席しているようで…？
人間界への渡航の疑いで、サリバンが魔関署に拘束されてしまった！ 入間のためにも、師団披露（バトラパーティー）にはなんとか駆けつけたいところなのだが…。一方、そんな事情を知らない入間は、魔具研究師団の披露の準備を進めていた。みんなのやりたいことを集めた結果、人間界で言うところの「花火」を作ることに。泊まりがけで作業をすることにした入間たち。魔具研究室で、楽しいお泊まり会がはじまる！？
師団披露（バトラパーティー）の準備を着々と進めていく入間たち。 花火の砲台が完成に近づきつつある中、姿の見えないキリヲを探しに行く入間。入間は指輪に強引に導かれ、バビルス校内にある謎の隠し部屋にたどり着く。そこではキリヲが、秘密裏に“ある計画”を企てていた！ さらに、キリヲが連絡を取っていた相手も明らかに！ キリヲのたくらみとは！？ そして、隠し部屋で入間が見たものとは、いったい…！？
キリヲが語った「野望」。魔力が弱い悪魔も強い悪魔も関係ない、上下関係のない世界――に共感した入間は師団披露（バトラパーティー）で特賞を狙おうと宣言。自分たちが特賞をとれば、ハイランクの悪魔から魔具研究師団、そしてキリヲの努力も注目されるはず…。 ついに始まった前夜祭では、屋台や出し物など、お楽しみが盛りだくさん！ しかしその裏で、入間たちが準備していた花火の玉がなくなっていて…？
突如としてバビルス全体が見えない壁で取り囲まれてしまった！ さらに、外部との連絡は取れず、校内のあちこちにも見えない壁が出現。バビルス中が大混乱に陥る中、カルエゴたち教師陣は、前夜祭を続行しつつ生徒を中央広場に避難させようと策を練る。 行方の知れないキリヲの身を案じた入間は、アスモデウス、クララと力を合わせてキリヲを探しに行くことに。 果たして入間は、キリヲのもとへたどり着けるのか！？
刻一刻とキリヲによるバビルス爆破計画が進む。何とか隠し部屋までたどり着いた入間。魔具研究師団（バトラ）の花火を使ってバビルスの爆破をもくろむキリヲは、ふだんの姿からは想像もつかないものだった…。 キリヲは入間に、幼き日のある出来事を語る。 キリヲの悪魔としての本性を悟る入間。バビルス絶体絶命の危機を回避することはできるのか！？
「全部拾いたい」 入間が目を覚ますと、すでに一連の騒ぎは収まっていた。入間はサリバンからキリヲが逮捕されたことを知らされる。巨大花火が上空に打ち上がったあと火花降り注ぐ地上で起きたこととは…？ 「家族との時間」 バビルスの危機も一件落着。いよいよ師団披露（バトラパーティー）本祭の始まりだ！優秀な師団に贈られる『特賞』を目指し披露に力が入る生徒たち。見学に来た生徒たちの家族も加わり祭りは一層にぎやかに！
「栄えある表彰」 優秀な師団（バトラ）の表彰が行われる、師団披露（パーティー）後夜祭。入間たち魔具研究師団も『特賞』を狙う！それは、入間がキリヲと交わした約束でもあった。果たして、賞の行方は…！？ 「人間の処遇」 花火の一件で、またまた目立ってしまった入間。そんな入間を「人間ではないか」と疑う魔関署の警備長、アザゼル・アンリがバビルスにやって来た！あれ…？この感じ、前にも見たことがあるぞ？
魔界で大人気のアクドルくろむの、朝昼晩のいちにちライブが魔苦針（まくばり）ドームで開催！ アクドルとは、悪魔たちの『悪周期』の悪意を発散させる重要な職業。中でもくろむは若手の有望株で、チケットは即日完売するほどの人気ぶりらしい。しかしくろむには、人には言えない秘密があった…。幸運にも、くろむのライブチケットを手に入れた入間はアスモデウス、クララと一緒にライブへ行くことに！
くろむの正体は、問題児（アブノーマル）クラスの生徒、クロケル・ケロリだった！ケロリは入間と話をするうちに、入間の人気ぶりに嫉妬。感情が高ぶり、ついには倒れてしまう！とてもライブができる状態ではないケロリだが、ケロリには、どうしてもライブを中止にしたくない、ある理由があった。そんなくろむの魔苦針（まくばり）ドームライブを成功させるため、入間たちは驚きの行動に出る！！
すっかり魔界での生活になじんだ入間。いつもどおり、クラスメートたちと楽しく過ごしていたが、ふと「このまま魔界に居続けていいのか？」と考え始める。一人悩む入間の姿を見たアスモデウスとクララは、入間を元気づけるため、手料理をふるまうことに！しかしクララの母直伝のレシピには、アスモデウスでも知らない要素が満載。ライバル心むき出しの二人は、いつの間にかお料理対決へと発展！？入間が選んだのは、果たして――？
ひょんなことから魔界に連れてこられた少年、鈴木入間。彼は、人間であることを秘密にしながら悪魔学校バビルスに通っている。魔力を持たない人間であるため、魔術の授業は、魔力を保管できる魔具「悪食（あくじき）の指輪」を使って乗り切っていた。そんなある日…突然！その指輪がしゃべりだした！？一体なぜ…？入間は、アリクレッド、通称「アリさん」と名乗る指輪の化身と初めての対面を果たすことに…！
先輩キリヲの不在により活動休止となってしまった「魔具研究師団（バトラ）」。活動を再開させる条件として生徒会長のアメリから課されたのは、他師団での研修！アスモデウスは「魔術開発師団」、クララは「遊戯（ゲーム）師団」、そして入間は「生徒会」で研修を受けることに。目まぐるしい生徒会活動と厳しい鍛錬に励む入間！…そんな中、アメリに魔の手が忍び寄ろうとしていた…。
何者かの仕業により性格を変えられてしまった生徒会長アメリ！いつもに比べておしとやかなアメリに生徒会メンバーたちは動揺を隠せない。そんな中、自称生徒会のライバル「風紀師団（バトラ）」団長のロノウェ・ロミエールが会長の座を狙い乗り込んできた！ロノウェはチャンスだといわんばかりに、アメリに現生徒会の解散選挙――＜タイマン＞を申し込む！アメリを襲った犯人は誰なのか？そして、決闘の行方は…！？
ロノウェが生徒会長の座を奪うため突きつけた宣戦布告――「解散選挙（タイマン）」は投票日が迫っていた！しかし、何者かにかけられた魔術により、いつも通りに振る舞うことができないアメリは、期待に応えられないと弱気に…。そんなアメリに入間は、かつてアメリから言われた言葉を返し勇気づける。生徒たちの注目がロノウェに集まる中、アメリはどんな演説をするのか…？そして、彼女が心の中で見つけた気持ちとは…？
生徒会での研修を無事に終え、久々に帰宅した入間。入間が帰ってきてうれしくてたまらないサリバンは、お祝いのパーティーを開催！招待されてやって来たアスモデウスとクララも一緒に、みんなで楽しい時間を過ごす中、ダンス対決で最下位になってしまったサリバンは、入間にかっこいい姿を見せるため「暗黒大行進」なるものを提案して…？
悪食の指輪の化身、アリさんにより「悪周期」にされてしまった入間。ふだんではあり得ない強気な立ち居振る舞いに、クラスメイト達は困惑しつつも感心。そんな中、アブノーマルクラスの教室が、劣悪な環境であることに気が付いた入間は、担任カルエゴにある提案をする。それは、悪魔学校バビルスにおいて、最高の価値を持つ、王の教室――ロイヤル・ワンへの移動だった…！突然の無茶な提案に対して、カルエゴは一つの条件を出す。
王の教室（ロイヤル・ワン）への移動条件として「学校の教職員全員の許可書を３日以内に集めること」となった、アブノーマルクラス一同。「悪周期」の入間は、なかなか許可書に判を押さない教師たちに対して、クラスメイトの能力を生かした作戦を立てる。その作戦の第一歩として強敵カルエゴと対じするのは、アンドロ・Ｍ・ジャズ！はたして入間たちの作戦は成功なるか！？
クラスメイト一同で協力し、ようやく教員たちの許可書を集めた入間たちは、「自分以外の全てを集めれば判を押す」と言っていた、担任カルエゴの元を訪れる。しかし、カルエゴは判を押そうとしない。計画の欠陥に気付かされ、土壇場での形勢逆転に万事休すとなる入間たち…。だがロイヤル・ワンへの教室移動を諦めかけたその時、職員室のドアをノックする音が聞こえた！そこにいたのは…？
もうすぐ悪魔学校の長期休暇、「終末日」がやってくる！浮かれるアブノーマルクラスの生徒たちだが、終末日の前には座学の一斉テスト「終末テスト」が…。「終末日」を補習で終わらせないためにも、赤点は絶対に避けたいところ。だが、人間の入間にとって魔界の知識は皆無に等しい。どうにか成績を上げるべく、アスモデウスとクララの協力のもと、入間はあの手この手でテストのための勉強を開始する！
生きものを見ると生徒でもお構いなく「触り癖（スキンシップ）」が出てしまう空想生物学の担当教師、バラム・シチロウ。見た目の恐ろしさも相まって、生徒たちからは怖がられている存在だ。そんなバラムが授業中、入間の背中に悪魔の羽がないことに気付いてしまう！魔界で人間だとバレるとどんな目に遭うか分からない。だがピンチにも関わらず、入間はバラムに思わぬことを口走ってしまい…！？
「終末テスト」：いよいよ終末テストが返却される！果たして入間そしてアブノーマルクラスの生徒たちは赤点を回避し補習を免れることができるのか！？ 「ガールズトーク」：入間との読書会の支度をするアメリ。そこにいきなりクララが乗り込んできた！クララはアメリを連れ出すと、エリザベッタとケロリを交え突然の女子会を始める。世間話あり禁断の恋バナありで盛り上がる中、一同はだんだんおかしなテンションになっていき…？
サリバンに命じられ、アブノーマルクラスの生徒たちの家庭訪問をすることになったカルエゴ。さっさと済ませてしまいたいところだが、アスモデウス邸やクララの家をはじめとする各家庭では生徒同様、個性豊かな面々に出迎えられ、一筋縄ではいかない！そしてたどり着いた入間宅、つまりサリバンの屋敷で、誰かを異常なほど警戒するカルエゴ。どうやらその相手とは、学生時代からの因縁があるらしいが…？
待ちに待った終末日に突入し、魔界屈指の遊園地「ウォルターパーク」に遊びにやってきたアブノーマルクラスの生徒たち。護衛として付き添うことになったカルエゴ、バラム、オペラと、入間とのデートだと勘違いしてやってきたアメリも加わって一行は大にぎわい。３つのチームに分かれて、どのチームが一番遊園地を楽しんだか勝負をすることに！
ウォルターパークには楽しいものがいっぱい！どのチームが一番遊園地を楽しんだかを競うため、全力で遊ぶ一同。かわいい衣装に着替えて大はしゃぎのクララたちオペラチームや、射的勝負をするジャズたちカルエゴチーム。一行はそれぞれの行先で「ウォルタースタッフ」と出会い、楽しい時を過ごす。入間たちバラムチームもロノウェが加わって盛り上がるが、浮かれた入間は一人迷子になり、怪しい小道に迷い込んでしまう！
入間たちが出会ったウォルタースタッフは、遊園地の破壊をもくろむ集団「六指衆（むさしのしゅう）」だった！六指衆の手により、ウォルターパークの各エリアで３体の巨大魔獣が出現。遊園地は一気に恐怖と混乱の渦に巻き込まれてゆく。ジャズたちカルエゴチームは、「バビルス教師心得」にのっとり、実地訓練として青牛（マウンテン・ブル）と戦うことに！？一方、地下の監獄ではキリヲによる脱獄計画が着々と進行していて…？
ウォルターパークに３体の巨大魔獣が出現。楽しかった遊園地の惨状をまのあたりにした入間はアスモデウスたちと共に状況を打破するべく立ち上がる！黄鼠（パンサー・ラット）の出現したエリアでは、オペラ、アメリが戦闘を開始。一方、青牛（マウンテン・ブル）を相手にジャズたちは苦戦を強いられていた。リード、カムイをはじめ、戦闘向きでない家系能力を持つ者ばかりだが、ジャズの考えた作戦で起死回生の一撃を狙う！
逃げ遅れた子供を救出し、安全な場所に避難しようとする入間たちバラムチーム。だが、アスモデウスとサブノックが勝手に赤龍（カーマイン・ドラゴン）と戦闘を始めてしまう！張り合う２人は使い魔を召喚し、戦闘はさらに過激に。そのさなか、巨大な赤龍を目の前にしたアスモデウスを最大のピンチが襲う。アスモデウスとサブノック、２人の赤龍との戦いの行方は…！？
３体の巨大魔獣が合体し強力な「合成魔獣」が誕生。大量の魔力をため込み始めた合成魔獣の攻撃の軌道をそらすため、ロノウェは家系能力「カリスマ」を発動させるが…！？そして合成魔獣の強力な一撃が放たれようとする時、入間はアリさんとともに眼前に飛び出す！入間のむちゃな挑戦に高まる緊張。果たして、決着は――？そしてウラボラス監獄からの脱獄に成功したキリヲ。その手引きをしていた悪魔の正体も明らかに…。
ウォルターパークを救った英雄として世間の注目を集めた入間は、連日詰めかける大勢の取材陣のせいで帰るに帰れなくなっていた。そこで、アスモデウスと一緒にクララの家にお泊りすることに。クララの家は、不思議な生きものや植物が生息するガヤガヤ森にある。いつものようにウァラク家の大歓迎を受けたあと、一同は森に食材探しへ。マミーによると、ガヤガヤ森には「究極の食材」なるものが存在するらしいが…？
ガイドブックや憧れの漫画「初恋メモリー」を参考に、なにやら入念に計画を立てるアメリ――。ついに、念願の入間とのデートへ出かけることになったのだ！水族館とプールを併せたレジャー施設「アクアケース」で待ち合わせ、水着に着替えたら…いよいよデート開始！お手製の極秘デートプランを元に、なんとかして「初恋メモリー」のようなドキドキの展開に持ち込みたいアメリだが、やることなすこと全て裏目に出てしまい…！？
終末日も終盤。宿題を無事片付け終えた入間は、サリバンに誘われて、魔界の繁華街「マジカルストリート」へオペラと３人で買い物に出かけることに。新学期で使う教科書や魔具などの商店を楽しく巡る入間たち。そこで町の悪魔たちの会話を耳にした入間はふと、魔王の有力候補でありながらバビルスの理事長を続けるサリバンに「魔王」について問う。魔界における絶対的な存在「魔王」とは――。
アブノーマルクラスの生徒たちに、特別指令が下された。それは、クラス全員が２年生に上がるまでにランク４（ダレス）に昇級すること！さもなくば苦労して手に入れた「王の教室（ロイヤル・ワン）」から退去しなければならない。位階（ランク）アップのための次なる行事は「収穫祭」。短期間での実力アップのため、学校側は超強力な特別講師陣を用意した。新学期早々、入間たちの、まさに規格外な特訓の日々が始まる！
ロビンの親戚、バルバトス・バチコから特訓をつけられることになった入間＆リード。バチコはサリバンから直々に頼まれて、ロビンの助っ人として講師に着任した実力者だ。さぞハードな特訓の日々を送るはず……と思いきや、バチコから命じられるのは、使い走りや雑用ばかり。音を上げたリードは、ロビンのもとへ戻ることに。ひとり、悔しさに燃える入間。アスモデウスやクララが特訓に励んでいることを知り、ある行動に出る！
入間は、ようやくバチコに特訓をつけてもらえることになった。魔界きっての弓の名手バチコから出された条件は、自分だけの弓を作ること。魔具研究師団（バトラ）で見つけた、金剪（カナキリ）の長（オサ）の羽根に魔力を込め、弓を作る入間。しかし、出来上がった弓はバチコからことごとくダメ出しをされてしまう。大事なのは、「自分の欲しい弓」をイメージすることだとバチコは言うのだが…。
「クララのおもちゃ箱」クララの魔術で着ぐるみの中に捕らえられた入間は、その中に広がる不思議なメルヘン空間へ閉じ込められてしまう！入間は心身ともに子どもになって、クララと一緒に思いっきり楽しく遊ぶ！「叫び声の響く夜」収穫祭１日目の夜。ジャングルでの過酷な環境に、リタイアする生徒が続出。そんな中、へとへとになったコナツ、ハルノ、アヅキ、ドサンコの４人がたどり着いた場所とは……！？
「悪友」新しく買ってもらったゲーム機を持って、リードの家に遊びに行く入間。２人がゲームで遊んでいると、突然リードの姉・シャッキーが部屋に乱入してくる！なにやら機嫌の悪そうなシャッキーだが……！？ 「真心クッキング教室」アメリは入間と一緒に、クッキーを手作りすることに。しかし２人とも、まともに料理をしたことがない。２人はオペラも戦慄するほどの、とんでもない調理を繰り広げる！
