宋慈屡破奇案，成为提点刑狱司。娶得唐恩与聂枫两位妻子本应美满幸福，宋慈带同怀有身孕的妻子到湖南上任，途中破了一宗孝媳为免家姑再受痛痛折磨，遂下霉了断家姑性命的命案，竟令两位妻子葬身火海。宋慈伤痛，辞官归隐，不过老天爷似要开他玩笑，途中遇上暴风雨，宋慈以为自己必死无疑，可与死去妻儿团聚。松山县捕快展杰在沙滩发现奄奄一息的宋慈，将他运到邹子龙负责看守的义庄。子龙一时贪心盗取宋慈的玉佩，反令宋慈恢复知觉。替死人化妆的纸絮铺太子女阮玉珠与子龙返义庄，见宋慈拿着菜刀走向一怀孕女尸，以为他对女尸有不轨企图，即上前阻止，原来东慈只为女尸接生，二人因误会而结下不解缘。玉珠因为与她订亲的男子皆病死而有‘劏猪凳’之名，她有一好姊妹杨丹凤，其母香姑号称可请鬼，宋慈欲与亡妻诉衷情，终因没钱而被拒。曾对宋慈有一包之恩的牛嫂被控谋杀亲夫，宋慈愿替她申冤。验尸期间，玉珠误中有毒的针昏迷。
宋慈喂玉珠吃极臭之药，令她呕吐大作，连毒也一并呕出，子龙笑指玉珠这个‘劏猪凳’敌不过宋慈这个‘棺材仔’，不知谁克谁。宋慈隐瞒为牛哥验尸一事，并不断给子龙提示，令他找出牛哥死因替牛嫂平反。宋慈欲离开义庄，子龙再三挽留他。玉珠将辛苦储来的钱购买燕窝给母补身。宋慈为救差点被米袋压伤的小朋友而推跌玉珠，令玉珠的燕窝被偷去，玉珠气结。宋慈见玉珠母王秀娴病重，遂留下来帮手打理纸扎铺生意，以还燕窝债。宋慈与玉珠到妓院收数，见妓女及嫖客狂性大发，不停地笑及跳，更弄伤玉珠，众人以为是狐狸精作怪。丹凤与香姑决定上演一幕驱赶狐狸精的法事，遂找子龙扮狐狸精上身，以取得在妓院驱妖的生意。当香姑及丹凤做完法事，子龙竟威胁要说出真相，丹凤不甘被威胁作弄他。子龙气极带宋慈去揭开客人发狂真相，几经纠缠子龙与丹凤双双中毒，大吵大闹，幸宋慈及时出现救了二人的性命。子龙到城西赌钱途中偶遇玉珠同父异母妹玉宝，被她的美貌弄致神魂颠倒。未几，子龙遇上丹凤摆买护宅神镜，因光线问题，丹凤望不见子龙，而子龙却以为她见到自己。秀秀被发现浮尸河中，宋慈与玉珠同为秀秀化妆，但宋慈发现其颈上的瘀痕，推断出秀秀不是自杀，而且怀有身孕，但其父母不信。
玉珠到衙门击鼓为女尸秀秀伸冤，为秀父温世亮所阻，世亮与玉珠公堂外纠缠，宋慈赶至替玉珠解围，争吵间惊动展杰等人，世亮反指玉珠意图勒索，宋慈和玉珠与世亮对薄公堂。公堂上，宋慈举出秀秀尸体各样疑点，但一一被世亮驳回，宋慈突感头痛未能作出回应，反累玉珠与自己被打。受刑之际，宋慈提出可解剖秀秀尸看看是否有孕，更说如果所指有错，他与玉珠一同受罚。宋慈在公堂上剖尸，终证实秀秀有孕，而宋慈再提出秀秀不是自杀而是被谋杀亦得到再验证。宋慈请玉珠吃粥赔罪，得玉珠介绍，宋慈认识粥铺老板明叔。展杰从世亮口中得知秀秀配戴的玉佩不见了，展杰与众捕快遂四出寻找失去的玉佩，竟在当铺发现子龙曾将秀秀的玉佩作抵押，子龙成为杀秀秀的嫌疑犯，不久展杰拘捕子龙。樵夫在公堂指出曾在河边见到子龙与秀秀在河边谈及怀孕一事，令子龙嫌疑更大。子龙提出在城西赌钱时曾见丹凤，但她在公堂作供却说没有，二人对骂，最终子龙受刑，一时说出见过一个手执‘美人出浴扇’的女子。宋慈与玉珠到樵夫家查案，发现樵夫是撞聋。展杰四出寻找携扇女子。得知国色天香楼的妓女白如梦曾购买此扇，遂往查探，岂料被当嫖客，更没有钱付花酒钱，其父展坚得悉此事大怒。如梦说出曾遇一位与自己拿着同一款式扇的女子，展杰等终寻到此女子——温玉宝，玉宝蒙头到公堂证明曾见子龙，子龙无罪释放。
子龙对宋慈说出玉珠与玉宝的关系，原来玉珠母秀娴被玉宝母淑兰陷害而被赶出家门。丹凤往找玉珠遇上子龙，仇人见面分外眼红，二人又起争执，宋慈以秀秀鬼魂吓到他们停止争拗。丹凤到温府打斋，见温夫人面青唇白说：‘救我！’其后更知秀秀本姓不是温，世亮砌辞说夫人忆女成狂。展杰请宋慈覆验尸体，但竟发现世亮已私自取回秀秀尸体，宋慈等在街头要求世亮交出尸，大家争持不下，惊动展坚，宋慈搬出‘捡尸法则’中如被杀者未找出真凶，不能安葬，松山县纪大人终在一堆公文中找到这法则，秀秀尸体终可再覆验。宋慈在秀秀背上找到伤痕，再加上听到丹凤所说秀秀本姓不是温，展杰、宋慈和子龙决到温府一趟，在府中书房找到杀人凶器，真凶终被捕。但凶手在公堂上继续反驳疑点，宋慈遂读出覆验纪录，凶手杀人证据确凿终被绳之于法。纪大人聘请宋慈为忤作，但遭他拒绝。玉珠、子龙等讨论宋慈为何不做忤作，凑巧外面雷电交加，宋慈想起为人伸冤令自己家散人亡一事，头痛大作，更说：‘我最憎做忤作，最憎对着死尸，最憎行雷闪电！’玉珠与人发生争执，宋慈指玉珠不应摆出凶恶样，更以自己惨事安慰玉珠，令她感动不已。丹凤为生计到国色天香楼应征做打杂，被嫖客误为妓女，幸得如梦解围。玉珠和丹凤遇上玉宝及淑兰，众争持不下，玉宝竟当众扮可怜，子龙见状为玉宝出头。玉珠煲汤给宋慈饮，宋慈推搪时展坚再亲自游说他做忤作，为尽早还清欠玉珠的款项，宋慈答允再任忤作。
断足命案令镇内人心惶惶，衙门疲于奔命仍末缉拿真凶。一夜子龙在等候玉宝时见宋慈经过，这时玉宝与淑兰突然被蒙面人袭击，幸子龙拼死相救。宋慈则在巷中遇见蒙面人，但未及擒拿。此时又一女子被割颈及斩足而死。宋慈验尸时凭凶手斩足的手法及残留的当归气味，断定凶手应是厨师，遂找全县厨师让玉宝认人，但玉宝未能认出，案件胶着。子龙从宋慈的物件中找到当归及红鞋，认为凶手是宋慈。子龙打晕宋慈后去通知展杰。此时真凶来到正欲置宋慈和珠于死地，幸展杰等及时来到，真凶终于落网。子龙在玉宝面前吹嘘捉凶手经过，玉宝知义庄多异乡客尸体，但经费不足，玉宝认为是扬名的好机会，假仁假义说要搞斋宴起义冢，得乡民赞扬。宋慈再次头痛晕倒，被诊断出脑部有瘀血，若不清除会有生命危险，需用梅花神针救之，刚好神针传人郡马夏侯国栋在附近出游。玉珠知道后决定带宋慈求医，却苦无路费。当村民知悉后，立即筹钱给宋慈上路。好不容易才找到国楝，国栋施针后表示因部分针法早已失传，他只能暂时控制宋慈病情，未能彻底根治，众失望而回。回村后珠发现粥店老板明叔竟是神针传人，但他有难言之忍，未答应医治宋慈。然在玉珠大力恳求下，明终于答允医治宋宋慈，但玉珠必须保守秘密，不能透露明的身份，玉珠为求救宋慈遂答允。
宋慈终于醒来，明叔谓尚欠数针便可医好宋慈，并劝宋慈既然天赋才能且多次不死，证明上天对宋慈另有安排，不应放弃生命，宋慈听后决心重新做人。宋慈得以不死消息传出，令国栋又惊又怒，并猜出谁懂得神针。国栋揭穿明叔身份，指出他同明叔本是师兄弟，而明叔原是太医，但在医治骁骑大将军时因落药太重令将军死亡，继而成为逃犯。国栋要求立即处死明叔，但众人力求要明叔必先医好宋慈。宋慈在听明叔的证供后，认为案件有可疑，决定为明洗冤。宋慈与子龙偷入将军墓地开棺验尸，反被少将军马伯豪与国栋捉住指二人图谋不轨。宋慈被迫公开身份并念出他所写的验尸守则，但众人仍不信，国栋更大力阻止宋慈为明叔翻案，伯豪答允给宋慈五日时间让他的验尸守则由京城送到衙门以作证明。宋慈等奇怪国栋为何阻止翻案，认为将军之死另有内情。展杰与展坚赶到驿站找送手稿的士兵，双方发生冲突，为展杰抢去手稿并送往衙门。时明叔在狱中正要为宋慈施最后数针，国栋突领兵到来捉明往处斩，幸手稿送至，宋慈冒头痛写字以证明身份。当确认宋慈身份时，紫霞郡主到并力指宋慈是假冒，要求处斩明。在最后关头送手稿士兵表明身份，竟是十皇爷。宋慈身份终于得到证实，明终于可以翻案。宋慈重新验尸，他以煮骨法发现骨中竟暗藏毒针，谋杀将军的是另有其人。
十皇爷重审骁骑大将军之死一案，宋慈在覆验将军尸时发现有芒钉留在尸身，从而推断有人插赃嫁祸明，真凶终绳之以法。就在处斩时，紫霞郡主带同紫龙袍往救之，狂风吹起紫龙袍，真凶最后难逃天谴，众人劝宋慈留下为冤案伸冤，十皇爷着宋慈留在松山县担任提点刑狱司，宋慈最终答允。宋慈见到一玉佩酷似亡妻唐诗的遗物，慨叹玉佩已失，玉珠听在耳里决为他寻找。玉珠得知玉佩在一饰物店出现，即与丹凤前去，铺中遇到玉宝，玉珠为替宋慈取回其妻的玉佩而与玉宝冲突，丹凤更间接令玉宝面部受伤。玉宝告上衙门，丹凤被逼入狱三日候判。宋慈指自己心如止水，叫玉珠不必对自己太好，玉珠大为失望。玉宝着子龙引见宋慈，并归还玉佩，宋慈代丹凤向玉宝求情。公堂上，玉宝伤势痊愈，但亦不放过丹凤，玉宝要求丹凤赔偿一百两。丹凤大感为难。斋宴举行前，富商关万福首次与玉宝见面，对她伪装的天使面孔大为欣赏。斋宴上丹凤提出以卖头发筹赔偿金，宋慈带头捐钱及富翁关万福支持，丹凤终可赔偿玉宝，丹凤向宋慈道谢他，也与子龙冰释前嫌。关府发生侍婢跌落井命案，宋慈调查证实关夫人诬蔑侍婢偷玉珠钗，侍婢看不开寻死。玉珠帮侍婢化妆时不慎弄伤手，宋慈冷淡地叫玉珠自行治理。
展母欲掫合展杰与玉珠，令二不自然。玉宝叫子龙发奋，拜宋慈为师，令子龙心如鹿撞。玉珠对丹凤诉说宋慈对自己的冷淡，丹凤说神女有心襄王无梦，玉珠帮展杰母吕氏弄干净衣服，令吕氏对玉珠留下极好印象，吕氏欲撮合玉珠与展杰，令展杰与玉珠不自然。展杰在酒楼再碰见如梦，展杰多番回避，丹凤被嫖客留难，幸得如梦解围，展杰看在眼里，觉如梦有情有义。玉宝落选秀女选举，子龙以为玉宝欲跳崖轻生，连忙阻止。玉宝叫子龙拜宋慈为师，学习验尸技巧可日后成为提点刑狱可，更说将自己的将来交给子龙，子龙听后心如鹿撞决定发奋。子龙在众人前拜宋慈为师，宋慈初拒，后要求如有命案，子龙就要在宋慈面前验尸。子龙第一次验尸先遇上玉珠，后要带村姑路而所阻延，他不但迟到，更破坏现场证据及错漏百出，子龙所提的证据更被宋慈一一推翻，宋慈拒绝收子龙为徒，玉宝得知即嫌弃子龙。玉宝遇万福，万福被其天使面孔吸引。吕氏向子龙打探玉珠的过去，宋慈在旁大赞玉珠，子龙质问宋慈为何要撮合展杰与玉珠。丹凤欲开食店但苦无资本，得如梦相助。万福向玉宝家提亲，玉宝为钱决嫁给万福为平妻，更在子龙面前撒谎说为父还债，子龙苦劝无效更被打伤。丹凤扶着受伤的子龙到河边，子龙诉说玉宝对自己如何重要。
子龙在丹凤前自责不能拜宋慈为师未能出人头地，更不能帮玉宝还债，丹凤以自己儿时惨况激励子龙。子龙着丹凤代为守秘，但宋慈竟在粥店教训子龙，子龙以为丹凤多口，即老羞成怒大骂丹凤。其实宋慈在阮家门口已目睹一切，已知子龙拜师目的。如梦见两女孩行乞，更信她们被拐子佬利用，如梦将女孩事告知众捕快，众取笑如梦愚蠢，惟独展杰相信，如梦向展杰说自己因被掳而买买落青楼，所以格外同情女孩。展杰知如梦身世非常同情，二人互生好感。吕氏与秀娴欲撮合展杰与玉珠，二人皆感不目然。玉珠撞破展杰与如梦约会而得知二人交往，决为二人掩饰。玉珠找展杰出外时遇上宋慈，宋慈在玉珠前赞展杰，玉珠故意赞同激宋慈。展杰没空与如梦去查案，叫玉珠陪如梦，二人再遇两名女孩，遂跟踪她们，被拐子佬捉个正着，二女被绑架，匪徒向国色天香楼勒索，宋慈、展杰等大为紧张，叫丹凤扮做雪姨去交赎款，众捕快布下天罗地网活捉绑匪，岂料绑匪逃脱并捉了丹凤。子龙遇上匪徒偷运丹凤，子龙救丹凤而错手打死绑匪，绑匪临死前也不肯讲出二女下落，更说要她们陪葬。如梦、玉珠下落不明，众遍寻不获。玉珠以宋慈一定会救她们去激励绝望的如梦。宋慈不吃不休意图从匪尸找出二女藏身点的线索，为差点烧毁勒索信而大怒，焉知非福，竟得知匪徒藏身地在果园附近，众至一废屋，终发现二女藏身地，玉珠与如梦亦终于获救。
商人失踪，宋慈与众捕快遍寻尸体不获，宋慈以猫食物来提点子龙，子龙再从以火炉悟出寻尸的方法，终找到商人尸体。玉珠与丹凤在宋慈面前大赞子龙，原来宋慈有心让子龙大显身手，在众人怂恿下，宋慈终答允收子龙为徒，宋慈一再叮嘱徒弟不要懒散。香姑说丹凤明年姻缘会到，虽然会有波折但不失为好姻缘。丹凤向玉珠透露自己会与属龙的男子配成一对，后来子龙送了一疋布给丹凤，更得知子龙属龙，芳心大喜。子龙不小心将证物绳结扔掉，彷徨间遇见玉珠，玉珠自告奋勇为他找绳结，子龙见状非常感动。丹凤得知绳结在垃圾堆中，即不理污糟为子龙寻物，但却一无所获，玉珠与子龙终找到绳结，二人开心不已，反而丹凤弄得一身污糟却被子龙冷落一旁。宋慈要玉珠帮助自己重组案情，着子龙抱玉珠扮吊颈，当子龙抱着玉珠时竟有异样感觉。展杰与如梦在逛街，途中遇上嫖客调戏如梦，展杰与嫖客发生冲突，二人交往一事为展坚知道，他大力反对说欢场女子不会对人真心，展杰反驳，父子吵架收场。展杰欲替如梦赎身，但苦无一千两，展杰无奈。子龙与丹凤谈论展杰与如梦的事，借题发挥说向玉珠表白追求之意，丹凤得知自己无望即大为失望。子龙送玉珠手套并借意表白，但玉珠以为子龙开自己玩笑。
玉珠向丹凤说出子龙向自己表白一事，并表示会尝试与子龙发展，但丹凤反问她不是喜欢宋慈，为何还要接受子龙，玉珠说给自己及人一个机会。宋慈要子龙穿上特厚棉衣试跌落楼以验证一死者的死因，子龙捽下楼梯撞伤头，玉珠大为紧张，而子龙则说有玉珠在旁又岂会舍身受伤，宋慈与丹凤看在眼里感不是味儿。丹凤对宋慈说玉珠想与子龙认真地发展，宋慈听后大感失落。展杰与如梦私奔，被鸨母傲雪姨所捉，展坚赶至，傲雪看在展坚面上放过二人，如梦无奈对展杰说句有缘无份。玉珠带来钱罂要子龙储钱，为未来打算，更说为子龙补习验尸个案。如梦过往曾借一百两给一客人莫振声做生意，振声赚大钱回来找如梦，遇上嫖客袁日川为难如梦，振声言今次为如梦赎身及答允娶她为妻。如梦找玉珠与丹凤倾诉，说假如没有遇到展杰，她必会高高兴兴跟振声走。宋慈与玉珠在街上遇上一乞儿婆，二人不约而同送饱给婆婆吃，婆婆说二人有缘并各送一只蝴蝶结留念。展杰单思成病，吕氏见状责怪展杰爱的如梦根本不爱他，更说出她将会嫁人，展杰知道即往找如梦，如梦为了展杰前途狠着心说自己不爱他。如梦一觉醒来，竟发现振声死在身旁。
如梦就振声命案作供时，展坚处处针对，一口咬定如梦是凶手，展杰为如梦辩护，父子大吵一场。展坚反指展杰是凶手，幸得宋慈和子龙为展杰作证。展杰无意中发现案发现场有特别香味，而宋慈和子龙亦发现尸体上的伤口有可疑，认为凶手另有其人，绝非如梦。子龙邀请玉珠同去看飞星，玉珠拒绝，子龙失望，独自前往观星，巧遇丹凤，二人渡过一个浪漫的晚上，丹凤对子龙心生好感。翌日，宋慈和玉珠发现子龙因通宵观星而未能完成振声的验尸报告，对他大加斥责。时展坚在凶案现场屋顶上发现凶器，凶器竟由如梦的丝巾所包裹，展坚马上拘捕如梦。展杰不满，父子再起争执，展杰誓言找出真凶，为如梦讨回清白。玉珠迫子龙温习，子龙因吃丹凤所煮的燕窝粥后肚泻，玉珠认为子龙说谎，丹凤为证明子龙清白而吃下粥，果真肚泻，宋慈笑丹凤为帮子龙不顾一切。明叔设法医好展杰的怕血症，终令展杰克服老毛病，众笑展杰这是爱情的力量。玉珠遗失蝴蝶结，大为紧张，宋慈看在眼内，竟把自己的蝴蝶结送给子龙，玉珠大感不满。时明叔引证振声所送的燕窝是假货，宋慈发现新线索，令案情有转机。子龙推断振声身上的血液是混合了动物的血，振声可能曾被移尸。
宋慈请玉珠、子龙、丹凤和展杰一同验血，并与不同动物血液比对，证实振声身上的血是猪血混和人血。丹凤想起振声被杀当晚粥店的猪红少了，众人于是往粥店后巷找寻证据，果然在墙壁上发现血戒指印，确认振声曾被移尸，更推断出凶手以迷香迷魂如梦及丫环，再杀害振声。根据多项证据，宋慈终于查出谁是凶手，凶手知身份败露，正想逃亡之际，展杰克服怕血腥毛病，把凶手擒获。经此案后，展杰和展坚父子关系得以改善，但展坚仍未能接受如梦。子龙难得休假，向玉珠以剃面为借口，跑到赌坊赌钱，结果大败兼忘记剃面。败北后巧遇丹凤，丹凤为免子龙被玉珠责备，答应替子龙剃面。二人独处时，不自禁对对方动心，子龙问丹凤应否继续同玉珠一起?丹凤默然赶走子龙。后子龙归还丹凤耳环时，情不自禁地拥抱丹凤，二人难舍难离，又感有负玉珠，心感矛盾。玉珠同宋慈谈感情问题，玉珠谓同子龙性格不合，与子龙一起好像凑仔，宋慈加以安慰，并告诉玉珠，从来没当她是劏猪凳，希望她不要轻言放弃，玉珠听后感到释然。宋慈在验尸时，因心情好跟子龙开玩笑，但子龙因感情烦恼而未能开怀。苦力朱顺意外堕崖而死，宋慈对死因有所怀疑，众人推断朱顺的美艳妻子李玉贞可能是凶手。
宋慈以妙计找出杀朱顺的凶手，就是其妻的奸夫。子龙慨叹朱顺与玉贞不相衬，错误结合才引致这宗情杀悲剧。子龙挂念丹凤，情不自禁往粥店探望丹凤，更偷偷以字条约丹凤见面，但字条巧合地一先一后被宋慈和玉珠看见，宋慈发现丹凤与子龙有暧昧，不欲伤玉珠心，而刻意隐瞒，可是玉珠错摸地去到约会地点。丹凤与子龙见面，子龙再次表明爱意，丹凤坚持不能有负玉珠，宁愿与子龙一刀了断。宋慈与玉珠听到二人对话，又惊又怒。玉珠找子龙质问，子龙坦然表示所爱的是丹凤，求玉珠成全。玉珠找丹凤问个究竟，丹凤表明不会为子龙而伤多年姐妹之情，玉珠反谓同子龙性格不合，彼此难有发展机会，所以没有因丹凤与子龙相恋而不快，反而祝福对方得到幸福，二人冰释。丹凤终于可以同子龙成为一对。媒人为玉珠做媒，竟当面话玉珠不嫁傻子便无人可嫁，玉珠大怒并怨自己为什么一定要嫁人，宋慈好言相劝。丹凤告诉玉珠谓宋慈暗恋玉珠，时玉珠见宋慈收起自己的东西，芳心暗喜。子龙爱情得意，努力为仵作考试用功，期望可以令丹凤过好日子。几经辛苦子龙终于成功通过，正式成为仵作，子龙在庆祝会上多谢宋慈的教导和丹凤的支持。后子龙巧遇已嫁入关家当填房的玉宝，玉宝送子龙一道平安符，令子龙心如鹿撞。
玉宝在观音庙遇上关夫人李氏，遭李氏奚落，子龙看不过眼为玉宝抱不平，李氏反指玉宝勾三搭四，子龙大怒，而玉宝假装默默承受，子龙多谢玉宝当日提点自己拜师学验尸。时邻县发生天灾，大批孤儿流离失所，如梦不忍，遂找富商关万褔捐钱兴建慈幼局，万褔一口答应并借出大屋。如梦与玉宝往大屋视察建筑进度，遇上工匠意外死亡，宋慈与子龙负责验尸。子龙表现出色，得宋慈认同又能在玉宝面前一展身手，不禁大为兴奋。时方州爆发瘟疫，宋慈和明叔奉命前往调查，宋慈把验尸重任交比子龙。宋慈一离开即发生凶案，万褔突然暴毙，子龙前往验尸，认为万褔是死于马上风，但李氏认为子龙与玉宝有私情，不接纳子龙的判断，坚持等宋慈回来再复验。宋慈和明叔在方州查案，发现死者死在牢房中，怀疑死者可能死于集体中毒，而源头来自溪边的尸体，案件真相水落石出。时经略使高云轩到疫区调查，对宋慈相当赏识。展杰发现关家案发现场有奇怪香味，调查下得悉玉宝的丫环曾买波斯香料“依兰依兰”和“到手香”，心感玉宝有可疑。时玉宝约会子龙探听案件消息，子龙安慰玉宝案件快将结案，二人见面，被路过的丹凤见到。
丹凤试探子龙，子龙隐瞒曾见过玉宝，丹凤伤心。宋慈知子龙曾同玉宝见面，怒骂他不应同案中人讨论案情，子龙认为是丹凤告发他，对丹凤心生怨恨。宋慈在研究香料时，玉珠到来探望，她因受香料影响质问宋慈为何不肯承认爱自己，更主动亲吻宋慈。宋慈谓玉珠受香料影响才会吻自己，时展杰和明叔到来，谓弄错了香料，二人亲吻是出于真情而非迷乱。明叔谓二人姻缘是上天注定。宋慈对新感情心存顾虑，便往海边问两位亡妻应否同玉珠开始，故意遗失蝴蝶结和玉佩以测试二人缘份，几番巧合，蝴蝶结和玉佩竟由玉宝交回到宋慈手中，证实二人确有缘份。玉珠见玉宝同一男子拥抱，正欲看清底蕴，玉宝情急之下伤了玉珠的面颊。宋慈正欲向玉珠表白，玉珠因失血太多而晕倒，宋慈抱玉珠跑了四条街找明叔医治。明叔谓玉珠会毁容，宋慈仍答应娶她，玉珠认为宋慈是同情她而拒绝婚事。宋慈怀疑玉宝同万褔的弟弟万安有染，设计安排丹凤与如梦试探玉宝和万安，万安果然中计。明叔同宋慈讲有草药能治好玉珠面上的伤，宋慈立即上山溪找药，不慎跌落山洞及被蛇咬伤，玉珠担心得要死，明叔谓这只是试探二人感情的苦肉计，更劝二人要珍惜眼前人，宋慈向玉珠提亲，玉珠答允，众人祝福二人。
玉宝在万褔死后即提出分家，李氏反对，其后李氏发现自己有身孕，意欲重掌家中大权，玉宝与万安觉得分家一事更难实行，玉宝心生一计，决定杀害李氏。玉宝以心情烦闷为由约子龙深夜把酒谈心，席间玉宝灌醉子龙，乘机赶往李氏所住的观音寺，展开杀人毒计。李氏在睡梦中惨被烧死，时丹凤经过观音寺，隐约见到一个貌似玉宝的背影匆匆走过后，再见寺庙起火，心生怀疑。命案发生后，宋慈请玉宝认尸，子龙主动为玉宝当时间证人，丹凤反指曾在案发现场见过玉宝，但子龙谓丹凤是因为妒忌才指证玉宝，丹凤难过。如梦无意中见到玉宝同万安因子龙而争执，众人认为二人有可疑。宋慈与展杰用狗来做实验，试出案发现场的波斯香料本身无毒，但混入益多散后会令人血脉波动，宋慈认为玉宝杀夫嫌疑最大，但子龙坚持案发当晚与玉宝一齐，玉宝无可能杀人，宋慈决定找如梦试探万安。如梦请万安食饭，并说要点起玉宝所送的波斯香料，及吃掉她送来的牛展，万安大怒，直言玉宝狠毒，并立即找玉宝算帐。在二人争执期间，宋慈等人来到，揭破二人奸计，万福命案终于侦破。子龙对众人隐瞒他调查玉宝一事大为愤怒，认为众人小看自己，但宋慈及丹凤反指子龙早已被玉宝美色所蒙蔽，不能客观调查，子龙一怒之下愤然离去。
玉宝与万安被处斩，死前悔悟。宋慈问亡妻应否再娶，答案系…‥子龙对宋慈和丹凤等人的隐瞒和嘲笑大为不满，决意离开松山县，并发誓不出人头地绝不回来。玉珠父丞昌和淑兰向玉珠母女求情，要求玉珠向宋慈代玉宝求情，免其一死，但玉珠表示无能为力，淑兰大怒，指玉珠母女自私及一定会向二人报复。玉宝终于被处死，淑兰伤心而疯癫。秀娴见玉宝惨死，内心不安，每晚梦见玉宝被吓至吐血。宋慈决定与玉珠成婚，秀娴安慰，淑兰却诅咒二人会有报应。一日淑兰放下落咒棺材在玉珠家后离去，刚好遇上往玉珠家替秀娴医病的明叔。后纸扎铺发生大火，秀娴与明叔惨死，秀娴在断气前将鸳鸯枕送给玉珠，并祝福她有好姻缘，玉珠伤心欲绝。众人在案发现场发淑兰留下的落咒棺材，逐认为命案一定是淑兰为报复所下的毒手。但宋慈替明叔及秀娴验尸后，发现明叔身上有骨折、颈有多项瘀伤及死后遭鞭尸，但秀娴身上并没伤痕，加上明叔比秀娴早断气，从而认定凶手目标是明叔而非秀，故凶手未必是淑兰，众人疑惑。玉珠在街上遇到淑兰，欲带她往衙门，淑兰反抗，二人纠缠追逐至郊外，玉珠失去淑兰踪影。失望之际，不慎撞倒老妇孙婆婆一同滚下山波。二人幸好没受重伤，孙婆婆带玉珠回家，给她换上清洁衣衫。二人谈得投契，孙婆婆更替玉珠摸骨，指她命硬一生会遇上不少灾劫，须事事小心。
淑兰尸体被发现，玉珠成嫌疑犯，展杰上门拘捕她。宋慈为淑兰验尸时发展她死前曾被奸污，案件有可疑。时高云轩巡视松山县，并带回离开已久的子龙，子龙被云轩提拔为司理，宋慈恭喜他，但子龙反应冷淡。云轩请子龙复验淑兰尸体，子龙推翻宋慈的判断，发现尸身上有榉树汁，假意做成被打伤的伤痕。宋慈表明并没涂上榉树汁伪造证据，以洗玉珠杀人嫌疑，云轩建议宋慈应避嫌，不应再调查这宗命案。宋慈再三问玉珠案发当日所发生的事，玉珠想起曾遇上孙婆婆，但众人往树林寻人时，郤找不到孙婆婆和她的木屋，宋慈更觉可疑。久别重逢，子龙一反常态对众人非常冷淡，更指责展杰没替玉珠验打斗伤痕。丹凤喜滋滋去找子龙，但子龙只是冷淡打发她，丹凤失望。子龙带人到玉珠家搜查，发现孙婆婆给玉珠所换的衣衫，衫上更染有血液，玉珠被收监。宋慈为玉珠辩护，反指孙婆婆身份有可疑，似是一个大圈套，一切有幕后高人指挥策划。后宋慈在纸扎铺调查时遇上刺客攻击，手部受伤。丹凤与香姑发觉云轩行动有可疑，逐加以跟踪，竟发现云轩往城郊与紫霞郡主会面，幕后主谋开始现形。玉珠在狱中意志消沈，为免连累宋慈，叫宋慈取消婚约，但宋慈拒绝，并安慰她说一定会找出真凶，还她清白。
宋慈求见郡主，查问她回松山县的原因，郡主淡然说只为悼念国楝死忌。宋慈推断郡主可能是幕后主谋，特意约子龙会面，向他表明一连串命案是冲着自己而来，子龙只是敌人利用来报仇的棋子。子龙听后不服，反驳宋慈是妒忌他飞黄腾达，胡说八道只想打击他的自信。宋慈无奈，决定想办法对付郡主。宋慈叫玉珠假意向郡主求情，借机试探，但未能问出端倪。全县村民都怀疑玉珠是凶手，玉珠担心，宋慈不断安慰，叫她不要轻言放弃。玉珠借机会撮合展杰与如梦，展杰感激。展坚见如梦心地善良，为孤儿请命不遗余力，终于放下成见，接纳如梦。七叔在常满粥找香姑辟邪，对丹凤说见到淑兰死前与玉珠同往紫竹林，丹凤大喜，并通知宋慈找到证人。宋慈立即去牛头山找七叔，但找到的只是七叔的尸体，时云轩手下丁副将率领展坚到来，力指宋慈杀害七叔，宋慈百词莫辩。展杰往紫竹林搜查时遇上玉珠，更发现玉珠的削竹刀和竹筒，证据对玉珠不利。公堂上，子龙指证玉珠是杀人凶手，宋慈为她辩护并加以否认，子龙反指是宋慈助玉珠杀淑兰，更杀七叔灭口，因宋慈熟悉尸体结构，深明医理，可杀人于无形。宋慈听后怒极，逐找少将军伯豪来当证人，证明自己无杀七叔。宋慈洗脱嫌疑，但玉珠郤苦无证据以示清白，须被收监，众人担心不已。
宋慈与玉珠被判死刑丹凤质问子龙为何冤枉玉珠是凶手，子龙反向丹凤表白，谓心系於她，渴望与她分享现时成就，丹凤不知所措，子龙竟迷晕丹凤成其好事。玉珠在狱中受尽酷刑，宋慈不忍，逐对子龙保证只要他能替玉珠翻案，可把官位让给他。子龙再验屍找出新证据，要求云轩代为引见郡主。子龙以新证据跟郡主交易，要求取代宋慈当提点刑狱司，郡主则要宋慈的人头。子龙答应宋慈与他合作，二人找到沾有毒液的银针与竹筒，翻案有望。公堂之上，子龙出卖宋慈谓杀七叔的凶器上有宋慈指纹，宋慈早料到他有此一著，反咬子龙一口。子龙恐吓丹凤不与他合作出卖玉珠，她与香姑便有危险，丹凤无奈答应。
丹凤替十皇爷传口讯约宋慈在渡头见面，另一边厢，黑衣人劫走狱中的玉珠，并送她到渡头找宋慈，时云轩到指宋慈劫狱杀人。公堂之上，丹凤拒替宋慈作证，结果二人被判处斩。宋慈要求在狱中与玉珠成婚，被郡主阻止。处斩当日，十皇爷与伯豪劫法场不果。当子龙献上宋慈人头给郡主，展坚到谓宋慈身上有毒不能接触，郡主与子龙中毒，时宋慈和玉珠出现，迫使郡主讲出真相。郡主临终前以刀刺宋慈，玉珠为救他而代挡一刀，性命危在旦夕。宋慈认为自己是天煞孤星会克死玉珠，毅然离开，玉珠康复後决意上路找宋慈，两人能否相遇，改变命运。