妖邪界の襲撃から35年、ナスティ柳生を中心に発足した「防衛特殊事案対策本部」通称DSTは、防衛力の強化と次世代を担うサムライトルーパーの育成に尽力していた。再び妖邪界が侵攻してくるかもしれないその日に備えて……。 そしてついにその日がやってきた。突如妖邪界と人間界を繋ぐ門が現れ、妖邪による人間界への侵攻が始まる。北条武蔵ら現サムライトルーパーたちはこの有事に勇敢に立ち向かう。 しかし、懐メロを口ずさむ残忍な妖邪には全く歯が立たず……。
上杉魁人は祖母の芳江を殺した妖邪の後を追う中で武装ギアを盗み出す。 その後、祖母を弔うために向かった火葬場で居場所のない死者たちが“カイライ”となり魁人に襲いかかってきた。 他の生存者を守るためアンダーギアになって戦おうとするも、人間だったカイライたちを前に攻撃を躊躇ってしまう。
新たにサムライトルーパーの一員となった魁人。 と、勝手に加わった北条大和。
それぞれがヨロイギアを発動し、新生サムライトルーパーとしての形が出来始めた凱たちの前に、突如現れた元サムライトルーパーの石田紫音。
遂に凱たちの前に姿を現した妖邪帝王、羅真我(らまが)。その圧倒的な力の前に凱たちは近付くことすら出来ない。
羅真我は凱たちに対して、7日間の猶予を与えるという。 凱が大人しく羅真我のカイライとなるか、代わりのカイライを見つけるかの選択を迫られる中、魁人たちは龍成を失った悲しみと戦いの非情さに打ちひしがれていた。 紫音は龍成が遺した想いをひとりで背負い、「俺が新生サムライトルーパーを創る」と要塞列車を乗っ取って――。
羅真我を倒せるという伝説の鎧“覇皇帝(はおうてい)”の情報を持つ山野純(やまのじゅん)は、少年の頃の写真とは似ても似つかない姿となっていた。 覇皇帝完成のためには覇道(はどう)の鏡(かがみ)を手に入れる必要があり、紫音が新たに加わった新生サムライトルーパーが鏡を探しに調査に向かう。
宇治原施設長の遺した衝撃の事実により、魁人は自身の境遇をうまく受け入れられずにいた。そんな中、覇皇帝の完成にはただ三種の神器を揃えるだけでは足りず、制覇の剣が本来の輝きを取り戻す必要があるという。そのためにある聖獣の力が必要だと知った凱たちは、純と共に聖獣を探すため動物園を訪れるが、カイライたちが不気味に目を覚まして――。
ナスティは秘密裏に何者かと繋がっていた！ その謀略により紫音は断腸の思いで傷ついた仲間たちを妖邪界に残してしまったことに、やり場のない怒りを感じる。一方、次々と犠牲になる十勇士の苗字組たち。残りのカケイとモチヅキは遂に反旗を翻す。そして約束された期日を迎え、妖邪城へと乗りこむ凱たちの前に立ちはだかるのは――。
妖邪城に突入した凱たちの前に現れた５つの門。羅真我は美麗を人質に奥義習得のための試練を５人に与える。そして門の先の世界で待ち構えていた十勇士は「仁義礼智信」の心を凱たちに問う。正義とは何か。戦う理由とは何か。美麗を救うために奮起する凱たちは奥義を習得して覇皇帝を発動することが出来るのか――。
遂に覇皇帝を発動させ、圧倒的な力で残酷な運命を乗り越える凱たち。犠牲になった仲間を想い、自分たちの戦いに疑問を抱き始めるサスケ。羅真我を目前にした凱たちに突き付けられる35年前の衝撃の事実。そして盛大な宴の幕が開き、羅真我との直接対決が始まる――。
凱と真田遼さなだりょう。灼熱と烈火。二人の炎の使者が並び立ち、念願の覇皇帝を手にした羅真我と対峙する。サムライトルーパーに最凶の覇皇帝に対抗しうる力は残されているのか――。鎧が照らす！闇夜を照らす！若き五人のサムライたちが最終決戦に挑む！
